A hétfő reggelek általában kaotikusak. És éppenhogy túlélhetők. Ma nekem nem ilyen volt. A sejtek, melyekkel dolgoznom kellett volna, nem nőttek fel annyira, hogy elkezdhessem a munkát. Ezért ma csak megetettem őket. A nemrég indított tenyészet nem indult el, mindenki kidöglött, így kuka lett. Majd lesz új szövetminta, abból megint lehet próbálkozni.
Egy időben statisztikát vezettem a sejtkultúrák indításának sikerességéről. Mindent felírtam. Az eredmény az lett, hogy ha egy szövetből akar tenyészet lenni, akkor lesz. Akkor is, ha a szövetet ledobjuk a földre, a cica felnyalja, kivesszük a szájából, lesavazzuk, és úgy folytatjuk. Ha pedig nem óhajt a szövet sejttenyészetté válni, a legnagyobb odafigyelés, kímélet és sterilitás ellenére sem fog elindulni. Összességében 70%-os hatásfok jött ki, azaz 10 próbálkozásból 7 sikerül. Átlagban. Tehát lehet, hogy 10-ből 10 nem sikerül, majd 70 igen. :-) Vagy valamit nem vettem számításba, ez mindig benne van...
A sejtek ezzel eldöntötték egyben azt is, hogy a hétvégén munka lesz. A legjobb lett volna, ha ma tartom meg a hétvégét, hétvégén meg dolgozok. De sajnos meg kell felelni a főnöknek, aki szerint hétfőtől péntekig dolgozunk, és a sejteknek, akik szerint bármikor.
Génexpressziós vizsgálatok kedvelt módszere a (q)RT-PCR. A vizsgálat során azt nézzük, hogy adott körülmények között, adott sejtben éppen mely gének működnek, és mennyire. Erről már írtam korábban. Összefoglalva még egyszer, röviden. A centrális dogma szerint az információ terjedésének iránya a sejtekben: DNS→RNS→fehérje. A DNS-en minden információ ott van. Amire éppen szükség van, annak a kódjáról készül egy (m)RNS-másolat, és az RNS alapján készül el a sejtek plazmájában (azaz a sejten belül, de a magon kívül) a fehérje. Ha megnézzük a sejtben található RNS molekulákat, akkor képet kaphatunk arról, hogy a sejt éppen mit csinál. Durva példával: ha kajál, akkor az energianyerő folyamatokhoz szükséges enzimek (minden enzim fehérje) RNS-eit találjuk, ha a DNS károsodott, a javítófehérjék RNS-ei jelennek meg (ha a javítófehérje DNS-en található kódja sérült, akkor cumi van???*), ha pedig öngyilkos program fut, akkor ennek végrehajtására szakosodott fehérjék felépítéséhez szükséges információt tartalmazó RNS-eket találunk. (Hangsúlyozom, a példa nagyon nagyon szélsőséges. Bizonyos fehérjékre folyamatosan szükség van; a fehérjék folyamatosan keletkeznek és bomlanak. Amikor azt mondjuk, hogy a sejtben valami állandó, azt úgy kell érteni, hogy ugyanannyi keletkezik, mint amennyi lebomlik. Ezt később fontos lesz tudni.)
Tehát a sejtekből már kinyertük az RNS molekulákat, már csak meg kellene tudni, hogy melyikből mennyi van. Erre szolgál - többek között - a ma igen divatos, de tényleg nagyon jó RT-PCR. A PCR (polimeráz láncreakció, részletek később) egy DNS-darab felsokszorozására képes nagyon egyszerű reakció. Ahogy a sejtekben sejtosztódás előtt egy enzim megduplázza (azaz lemásolja) a DNS-t, ha elhitetjük az enzimmel, hogy a sejtben van, biztosítjuk számára az optimális munkakörülményeket, egy műanyagcsőben is meg tudja duplázni a DNS-t. Ha egy darabot megduplázunk, 2 lesz. Ha kétszer duplázzuk, négy, ha 30-szor, akkor 1 073 741 824 darab. Ennyi DNS-sel már kényelmesen lehet dolgozni, lehet méregetni. A baj csak annyi, hogy a PCR-t működtető DNS-polimeráz csak DNS-t tud másolni, nekünk meg RNS-ünk van. A centrális dogma szerint viszont RNS-ből nem lesz DNS.
Szerencsére mindig akadnak "nemnormális" kutatók (vagy szerencsések), akik szembe mernek menni az elfogadott tényekkel. Egy Howard Temin nevű kutató leírta (1975-ben Nobel díjat kapott), hogy bizonyos vírusok (ilyen pl. a HIV is) genetikai állománya nem DNS hanem RNS, és rendelkeznek egy enzimmel, amely az RNS-ből képes DNS-t írni. Ez a DNS aztán képes beépülni idegen elemként a gazdasejt DNS-ébe is. De ez már nem tartozik ide. A lényeg, hogy van enzim, ami megoldja a problémánkat, lehet RNS-ből DNS-t írni. Az enzimet reverz transzkriptáznak nevezzük. Természetesen a centrális dogma ezzel meg is dőlt, de legalábbis a hatásköre jelentősen lekorlátozódott. A laborokban természetesen nem vírusból kiszedegetett enzimet használunk, hanem fehérjemérnökök által tökéletesített, nagy mennyiségben termeltetett mesterséges reverz transzkriptázt, ami az RT-PCR-hez lett tökéletesítve. Tehát nincs más dolgunk, mint az enzimnek optimális körülményeket biztosítva az RNS alapján DNS-t íratunk, azt PCR-rel felszokszorozzuk, és lehet méregetni, majd meghatározni, hogy mi folyt a mintavétel időpontjában a sejtben. Az RT rövidítés tehát jelentheti, hogy Reverz Transzkriptázt használunk. Jelentheti, hogy Real Time, mert biz. PCR reakció kivitelezésekor a reakció során nyomon tudjuk követni, hogy éppen hogy áll a sokszorozás. Ha egy RNS-ből sok volt a sejtben, a sokszorosítás intenzívebb, ha csak egy példány volt, akkor a sokszorozás lassabb, ha az adott RNS nincs jelen, nincs sokszorozás. És ha nem működik, akkor Rohadt Tetű PCR... (Ezt a "poént" egy PCR-reagenseket és eszközöket áruló értékesítési képviselőtől (=kofa) hallottam).
És ha már szóba került a munkaidő. A kutatók alapvetően ugyanolyan dolgozók, mint az autószerelő, pincér, pilóta, portás. Valamennyit dolgozniuk kell, és ezért valamennyi pénzt kapnak. Nem olyan sokat, mint azt gondolják az emberek. Engem egyszer a csempéző melósok kiröhögtek (pontosabban azóta, mióta beszélgettünk, ha újra találkozunk mindig kiröhögnek, és joggal amúgy), miután kiderült, hogy én mennyit kapok, és ők mennyit kapnak. Végülis, ha komolyan belegondolunk mi is van? Ők is mi is kávézgathatunk, cigizgethetünk, lófrálgathatunk munkaidőben. Ők néha 25-30 m magasságban deszkákat hurcolnak az épülő tetőn, hegesztenek, ásnak egész nap; mi vérmintákkal dolgozunk, mínusz 194 fokos nitrogénben turkálunk, vagy vírusokkal játszunk. Ha ők elrontják, az életekbe kerülhet, ha mi elrontjuk, a főnök leszid, mert elment 2 év és pár millió Forintnyi anyag. Na, mindegy is, nem erről akartam írni (de még írhatok). Elvileg tehát fix munkaidő van. Van olyan főnök, aki ezt be is tartatja. Ha a főnök esetleg maga is kutat(ott), akkor tudja, hogy a munkaidőt nem kell szigorúan venni. Az igazi kutató úgyis, magától többet dolgozik a heti 40 vagy akárhány óránál. Az élő rendszerek nem 8-tól 4-ig működnek. Én utálok reggel 8-ra bemenni, csak azért, mert mindenki 8-ra jár. De sosem húzom a szám, ha este 8-ig, 10-ig bent kell lennem (a "rekordom" reggel 8-tól éjjel 2-ig, de ez még simán megdönthető és megdöntendő), vagy be kell menni hétvégén, vagy ünnepnapon.
Időnként lehet úgy intézni (ha az objektumok is úgy érzik), hogy hétvégén ne kelljen bemenni. De amikor hajtás van, vagy csak elkapja az embert a "csináljuk!" akkor simán becsúszik egy pár hétvége, vagy későig tartó bent maradás. Ugyanakkor azt gondolom (és ez a "kisfőnökömnek" nem tetszik, de nem érdekel), hogy ha két nap egymás után 8-tól este 10-ig csináltam, de a harmadik napra "semmi dolgom" (azaz fizikai teendő nem maradt) akkor nem megyek be. (Dögfáradtan, lógó béllel és aggyal már inkább csak kárt okoz az ember, mint munkát végez.)
Aztán számításba kell venni azt is, hogy attól még, hogy az ember letette a pipettát, vagy a lombikot, esetleg a geológuskalapácsát, az agya még lehet a "munkahelyen". Agyalás, elemzés, utánaolvasás, grafikonok szerkesztése, tervezés, átértékelés, összehasonlítás, magyarázás. Néha, mikor csinálok valamit, valaki megkérdezi: "Mikor leszel kész?". Hát, azt hiszem, erre a korrekt válasz az, hogy "Soha". Soha nem lesz olyan, hogy "Igen, most már mindent tudunk".
