HTML

DNS a fazékban

A blog célja kettős: egyrészt magamnak tárolok feljegyzéseket, másrészt ha valakit érdekel, bepillantást nyerhet a kutatásba, a kutatók hétköznapjaiba.

Friss topikok

  • VasMacska: Köszönöm - a többi olvasó nevében is - az információt! Igen, a Google "Scholar" elég sok mindent i... (2012.01.05. 00:11) Adatbázisokról
  • VasMacska: @pottyosgaloca: Örülök, ha segítettem. Azt azért fontos látni, hogy az itt leírtak koránt sem hely... (2011.11.26. 23:53) Immuncitokémia, western blot és társaik
  • VasMacska: @karvajfog: Köszönöm, jogos, javítva... Ilyen, amikor az magyaráz, akinek fogalma sincs róla... :-... (2011.05.04. 23:18) Sejttenyésztés
  • VasMacska: Köszi a novellát, érdekes. Nem gondolnám, hogy kiléptünk az evolúcióból, sőt! A technológiai vívm... (2011.04.07. 20:28) Egy elméletről - szigorúan szubjektíven

Linkblog

Témaváltás

VasMacska 2015.04.22. 22:52

Szép, jó napot Mindenkinek!

Eléggé inaktív volt a blog az elmúlt nem is tudom, mennyi időben. Sok változás történt, emberek jöttek, mentek, ide-oda, ki-be. Én is mentem, jöttem, munkahely változott, miegymás. A kutatás természetesen maradt. :)

Az ok, amiért ismét írok, elsősorban nem a kutatással, kutatási eredményekkel kapcsolatos, de talán majd ilyeneket is csempészhetek bele.

Talán nem sok mindenkit érint közvetlenül, és talán közvetve azonban mégis sokakat: az elektromos cigaretta kérdésköre. Azt gondolom, nagy baj nem lehet belőle, ha megosztok néhány gondolatot a dologgal kapcsolatban. Már csak azért sem, mert többen is megkértek erre - no nem közvetlen módon.

Sajnos, azt nem tudom, hogy egy "átlag" ember mit gondol erről, mert ebből a szempontból már nem tartozok közéjük. Igen, ez az a mondat, ahol azt lehet mondani, hogy bármit is írok innentől, az már nem lesz objektív. De ez nincs így.

Nagyjából 12 évet dohányoztam "klasszikus" dohányosként. Az első slukkom olyan 8 éves korom körül lehetett, ez tényleg csak egy slukk volt, mert borzasztónak találtam. Olyan 12 éves korom körül elszívtam pár szálat - azt hiszem, sokaknak ismerős lehet a történet - mivel valakinél volt cigi, és ugye az volt a kemény csávó aki elszívta, így leplezett kínok között hősiesen elpöfékeltem ezt a pár szálat. Később már tudatosan vettem egy doboz cigit, majd egy zacskó dohányt, papírt, füstszűrőt, és elkészítettem az első saját alkotásokat. Whiskeyt ittunk, cigiztünk, és borzasztó "fílingesnek" találtuk. Tisztán emlékszem egy, az ablakban elszívott szálra, melyet el kellett dekkelnem, és kifejezetten rosszul lettem, le kellett feküdnöm. Hát, lehet, hogy gyenge legény voltam, de inkább azt gondolom, a szervezetem markánsan próbálta jelezni tiltakozását a füst tüdőbe szívása ellen. (Milyen csodálatosan is működünk!) Az egyetemi évek alatt aztán kialakult a szokásos dohányzási forma: napi egy doboz. Ez a szükséges mennyiség sokaknál azért alakul ki, mert a nikotin felezési ideje miatt (felezési idő az az idő, amely alatt egy anyag koncentrációja a felére csökken) ilyen gyakran kell utántölteni. (A vérben a felezési idő átlagosan 2 óra, de ez sok dolog függvénye). Ezt sikerült jó 10 évig tartanom.

Az utolsó doboz cigimet (saját használatra) tavaly október elején vettem. Ekkor álltam át elektromos cigarettára. Az átállás viszonylag egyszerű volt: nem gyújtottam rá többet cigire (azért ez nem teljesen igaz!), csak az e-cigit használtam, és használom is azóta.

Mi is ez az e-cigi? Talán sokan találkoztak a kis barna-fehér, cigi formájú elektromos cigivel. Én is találkoztam vele, nagyjából 2005-2010 között több ismerősöm is próbálkozott ennek a segítségével leszokni. Én szkeptikusan fogadtam a jelenséget és - sajnos - igazam is lett. Egy barátom arra panaszkodott, hogy nem nagyon füstöl, a felépítése elég rozoga. Nevetve hozzátette: "Az az érzésem, hogy az embernek nem csak a nikotin, hanem a kátrány is hiányzik!" Bár én azt a fajta "készüléket" sosem próbáltam, azt hiszem, már értem, mire mondta.

Egyre gyakrabban látok az utcán embereket, akik elég komoly méretű (ehhez mért tömegű, és árú) vasakkal mászkálnak, és fújják a gőzt. Úgy tűnik, hatalmas fejlődés következett be az elektromos cigaretta világában. Kicsit ezt a történetet szeretném kibontani, illetve szólni néhány szót néhány más dologról.

Az elektromos cigi úgy tudom, kínából származik (mint oly sok minden), talán egy gyógyszerész szabadalmaztatta és talán ultrahanggal történt a porlasztás. Ma a porlasztást a lényegesen olcsóbb fűtőszálas megoldás végzi. Az elektromos cigaretta lelke tehát egy vékony, spirálba csavart fűtőszál, mely a közelébe kerülő folyadékot felforralja, vagy inkább elpárologtatja. Ezt a párát lehet aztán slukkolni, letüdőzni, majd kifújni. A látvány nagyon hasonlít egy hagyományos cigaretta szívásakor képződő füstre. A különbség talán annyi, hogy amikor nem slukkol az ember, akkor nem füstöl, végül a keletkező "füst" egy világosabb, gyakran tömöttebb, dúsabb gőzfelhő. Illata nincs, vagy kellemes. Az illat függ a folyadék aromásításától. A fűtőszál többnyire egy viszonylag zárt térben kap helyet, és egy tartályból jut ide a fogyásnak megfelelően a gőzképzésre szánt folyadék. A működéséhez szükséges áramot kisebb-nagyobb akkumulátor biztosítja. Röviden talán ennyi. Nem kívánok részletes bemutatót írni, akit ez érdekel, számtalan ennél megfelelőbb oldalt találhat az Interneten.

Áttérnék néhány kényesebb "részlet"-kérdésre. Az e-cigi használók döntő többsége (értsd: szinte mind) a hagyományos cigarettáról történő leszokás miatt vált (tér át!) elektromos változatra. A két cigarettaformában egyetlen egy közös dolog van: a nikotin. A lényeg tehát, hogy az elektromos cigarettázással a "szükséges" nikotinbevitel egy egészségesebb formáját választhatjuk. Állítólag. Aki utánanézett már az e-ciginek, találkozhatott olyan információkkal, melyek az e-cigi "egészséges" vagy "egészségesebb" mivoltát támadják. Vannak ilyenek bőven. Amennyiben lenne rá igény  - de talán akkor is, ha nem - én ennek néznék utána a következő néhány írásban.

Az e-cigi töltőfolyadékának összetétele (alap esetben) glicerin és propilén-glikol változó arányú elegye, ehhez adható nikotin (opcionális) és aroma (opcionális, de ha nincs ez sem, akkor tényleg minek az egész?). Esetenként szemét, akár egy felvágottban vagy "reggeli italnak" nevezett tejszármazékokban. Ide nem írom, hogy opcionális, mert nem kellene legyen benne, de nem zárható ki, hogy van. (Mielőtt a nagy e-cigi-pártolók felháborodnának: erre még visszatérek, olvassunk tovább!)

Tudomásom szerint ma Magyarországon a nikotin gyógyszernek minősül (igen, gyógyszernek minősül...), így nikotin tartalmú e-cigi folyadék hazánkban nem állítható elő és nem forgalmazható (a külföldről történő behozatal azt hiszem, nem tilos). Ezt azért találom fontos dolognak, mert azok az emberek akik  szeretnék a cigizést abbahagyni (amit feltehetően nem gyógyszertárban vettek), és e-cigizésre váltani, bizony ők bajban lesznek a nikotinéhség csillapítását illetően. Rossz esetben vissza is térnek a cigarettához...

Ez talán csak 2012 óta van így, akkor eltűntek a kereskedések polcairól a nikotin tartalmú utántöltő-folyadékok. Nem régen tudtam meg, hogy az egyik gyártó (vagy csak forgalmazó?) megnyert a Magyar állam ellen egy pert (arról volt szó, hogy a nikotinos utántöltő gyógyszer-e), így ők visszakapták a lefoglalt "likvideket" (így hívják az utántöltő folyadékot, amikor nem "leves"-nek, vagy "lötty"-nek hívják), és egy ellenőrzött gyártó által készített, ellenőrzött összetételű likvid-család forgalmazására engedélyt kaptak. (Remélhetőleg nem ezek kerültek most ki a polcokra :) ) Gondban vagyok vele, hogy leírjam-e itt a cég és a likvid nevét, mert az reklám lenne, és én nem akarok senkit reklámozni, ugyanakkor minden tiszteletem a cégé, hogy - tudomásom szerint - egyedüliként ki mert állni az igazáért, és meg is tudta védeni azt.

Az első általános kérdés tehát ez a nikotin-"para" lehet. Következő összetevőként vegyük a glicerint. Az e-cigisek nyelvén gyakran "VG", mint "vegetable glycerine", azaz növényi glicerin. Bár nem tudom, a "stock" hány %-os, de ha 100 akkor nem értem, miért fontos, hogy növényi-e, de lehet, hogy fontos. Én olyan 95-99%-os alapanyagra tippelek, itt szerepe lehet a maradék növényi eredetének. Talán ez a legismertebb összetevő, ez egy víznél sűrűbb, átlátszó folyadék, szaga nincs, igen széles felhasználási területtel rendelkezik. Szerves anyag, 3 értékű alkohol (cukoralkohol, képlete: CH2OHCHOHCH2OH, vagy egyszerűbben C3H5(OH)3). Higroszkópos (szereti megkötni a vizet). Akit érdekelnek további részletek, valószínűleg úgy is tudja, akit nem, azoknak meg nem írom le, mert nem érdekli. 1779-ben fedezte fel egy svéd vegyész (K.W. Scheele), mikor olivaolaj és ólom-monoxid keverékét hevítette. Több tisztasági fokozata van (mint mindennek...), gyógyszerészeti, élelmiszeripari, stb. Itt meg is állnék, ha van élelmiszeriparban felhasználható glicerin (gyógyszerészeti is, és nem csak a szintézisek közegeként!), akkor már olyan veszélyes nem lehet, de ha már DNS a fazékban: rengeteg mindenben van, szinte naponta esszük és kenjük magunkra (különösen a hölgyek), nem veszélyes anyag. A likvid összetevőjeként főként a gőzképzésért, a gőz mennyiségéért felelős. (70% körüli glicerintartalommal a folyadék jelentős mennyiségű "füstöt" képez.)

Propilén glikol ("PG"): a neve alapján ez már egészen veszedelmes összetevőnek tűnik. Konyhai magyar nevéről nem tudok (a glicerin egyébként propán-1,2,3-triol!) CH8O2 az összegképlete, főként felületi, orális vagy injektált hatóanyagok oldószere, tehát az egészségügyben használják, de az élelmiszeripar is jelentős mennyiséget alkalmaz. Összességében: ez sem mérgező, biztonságos (alap)anyag. Nagyjából 50 éve alkalmazzák. Allergia azonban ismert (pl. contact dermatitis). Ez a hatása az e-cigi használat esetén is jelentkezhet. Az e-cigiben is aromák oldószere, elsősorban az ízek visszaadásáért felelős (70%-ban adva a likvidhez igen kiváló ízek érhetők el).

Ezzel tehát tisztáztuk is az e-cigizés lehetséges veszélyeit. Valóban? Nem teljesen. A nikotinról tudjuk, hogy méreg (talán megér egy külön fejezetet!). A szőlőcukor is méreg és a kobra toxinja is méreg (pedig természetes anyag!). Sőt, a desztillált víz is (igen tiszta víz!), a sóról nem is beszélve (a gyilkos húsleves...). Hogy is van ez? Igen, a mennyiségeken lesz itt a lényeg.

Általában az e-cigikben használt nikotinmennyiséggel nem lehet ölni. Tankönyvek és adatbázisok adatai szerint az emberre halálos nikotin-dózis 30-60 mg. Orálisan adva ez 0,8 mg/kg adag (75 kg-nak véve egy embert). Egy szál cigarettában 10-14 mg nikotin van (3-6 cigi tehát halálos!), az e-cigi likvidek nikotintartalma 1,8-24 mg/mL koncentráció között változik, a halálos dózis tehát a legerősebb utántöltő folyadék 1,25-2,5 mL-ében lehet benne. Azt gondolom, hogy a legkomolyabb elérhető / építhető készülékből is nehéz ezt a másfél millilitert pillanatszerűen elszívni. Ezek számok, ez elmélet. Egy másik kutatás szerint a korábban elfogadott és ma is használt adatok nem valósak, e szerint orálisan adva fél gramm nikotin szükséges a halálhoz. 5 mg vénásan adott nikotin (25 mg orálisan) minimális nem kívánt hatást váltott ki (köhögés és émelygés, 1983. és 1997.) Az egyszerűség és hitelesség kedvéért maradok a ma elfogadott adatnál, így biztosan nem lesz baj.

(A cikk írója egyébként nem tartja jónak, hogy ezt a fenti 60 mg-os értéket vesszük alapul mindenféle kockázatbecslés alapjaként.)

A gyakorlatban ez a mennyiség akkor lenne "elég", ha mondjuk vénába adnánk. Biztosan akadt már ember, aki viszonylag hamar elszívott egymás után 6 szál cigit, mégsem halt meg. A dohányzás során átlagosan 1-1,5 mg nikotin kerül a szervezetbe (a 10-14-ből). A nikotin bejutása a sejtekbe a pH függvénye. Mivel a nikotin enyhe bázis, savas pH-n lassabban jut a sejtekbe. A szájüregben például csak igen kis mennyiségű nikotin kötődik meg (bár egy kutatócsoport szerint az európai cigik alkalikusabbak, így itt jelentősebb lehet a szájüregi nikotinfelvétel). A tüdőbe jutva azonban más a helyzet, itt már gyorsan felszívódik. Egy szippantást követően kb. 10-20 másodperc elteltével jelentős mennyiségű nikotin jut az agyba (gyorsabban, mintha intravénásan adnák). Ez azzal is jár, hogy a dohányzó a bevitt mennyiségre gyorsan tud reagálni. Ennek következménye, hogy cigi (vagy e-cigi) szívásával meglehetősen nehéz elképzelni a túladagolást. Viszont a lecsökkent nikotin-szint is, hamarosan kérni fog egy újabb adagot. Mivel a cigizés egy meglehetősen komplex folyamat, nehéz általános érvényű szabályokat felállítani vagy következtetéseket levonni. A bevitt nikotin mennyisége függ:

        - slukkolt mennyiség

       - belégzés mélysége

       - mellé légzett levegő mennyisége

       - a slukkolás gyakorisága.

Ilyen dolgokkal természetesen nem kell számolni gépesített/injektálásos kísérletek, nikotinos rágó ill. tapasz esetében, de ez most minket nem is érdekel. Talán még néhány számadat és tény, csak hogy érzékeljük a dimenziókat: A vérben (pH 7,4) a nikotin 69%-a ionizált és 31% nem (savas pH-n az ionozált forma a domináns, ez tud kevésbé jól felszívódni). kb. 5% kötődik a vér plazmafehérjéihez. Dohányzók boncolásából nyert adatok szerint a nikotint leginkább a máj, vese, lép és a tüdő köti meg, legkevésbé a zsírszövetek. Jelentős mennyiséget köt meg az agy is, és az agyi nikotinreceptorok nikotin-kötő kapacitása dohányosokban magasabb. Akkumulálódik a gyomornedvben és a nyálban.

Egy cigi elszívása után az artériás vér nikotinszintje igen magas lehet (100 ng/mL), átlagosan 20-60 ng/mL (az átlagosan 5 liter vérünkben tehát kb. 100-300 mikrogramm). A kiürítést több szerv végzi, a májban 6 metabolitot ismerünk, a legfontosabb a kotinin (emberben a nikotin 70-80%-a erre bomlik). A különböző utakon képződő bomlástermékek jelentős része a veséken keresztül, vizelettel távozik.

A nikotin lebomlását több tényező is befolyásolja. Mivel főként a máj végzi a bontást, így ennek sebessége a máj vérellátásától függ. Evés, testmozgás, vagy a máj vérellátására ható drogok értelemszerűen lassítják a folyamatot. Ilyen anyag a menthol is (fogkrém, ételízesítő). A mentholos cigarettát szívók esetében gátoltnak találták a kotinin keletkezésének ütemét a sima cigarettát szívókéhoz képest. Hasonló hatású a grapefruit leve is. Ezek az anyagok a nikotin kotininná alakításában részt vevő enzimet gátolnak. Nincsenek hatással azonban ezek a gátlások a vér nikotin szintjére, mivel a vesén keresztül ilyenkor emelkedett mennyiségű nikotin távozik. Nem: a nőkből gyorsabban távozik. Érdekes módon a dohányzókból lassabban ürül a nikotin, mint a nemdohányzókból; 4 napnyi "nemdohányzás" 14%-kal növeli a tisztulást, 7 nap pedig 36%-kal. Ezek az adatok arra utalnak, hogy a lebontás gátlásában a cigaretta egy (v. több) más (nem azonosított) összetevője lehet a felelős.

Mint említettük, a vérplazmában a felezési idő kb. 2 óra, de ennél pontosabb, ha a vizelet nikotin-tartalmát mérjük, itt a felezési idő 11 óra. Ha egész nap cigizünk, jelentős mennyiség marad meg az éjszaka folyamán is.

Én itt az adatokkal meg is állnék (épp ideje volt?). Vissza fogok térni - de talán egy másik írásban - a cigaretta "egyéb" összetevőire (rengetegen vannak!). Tanulság legyen egyelőre annyi, hogy az e-cigi "alapleve" (VG+PG) amennyiben ellenőrzött minőségű, tiszta alapanyagokból készül, ártalmatlan, ha tartalmaz nikotint, akkor tartalmaz nikotint, de halálos dózist semmiképp, és ennyit egyszerűen nem is lehetne elszívni (a halálos adag töredékénél elég kellemetlen tüneteink lennének, és nem is kívánnánk).

A sztorim: külföldről kaptam egy "eGo" típusú (mint utólag kiderült, hamisítvány) akkumulátort egy "Helix" (szintén hamisítvány) patronnal, hozzá némi jó minőségű likviddel, így aztán a cigizés mellett már e-cigiztem is. Néhány hét múlva szembesültem pár videot megnézve azzal, hogy ez az "e-cigi dolog" akár hatékony is lehetne, csak az eszközöm talán nem megfelelő. Viszonylag kis összegből némi utánajárást követően beszereztem egy komolyabb készüléket (7-8 doboz cigi ára lehetett), összeraktam, és láss csodát: dőlt a "füst", finom íz, nem volt büdös a hajam, kezem, ruhám, és adta azt a hatást, mintha cigiznék (Igazából nehéz összehasonlítani a kettőt, inkább azt mondom, ez jobb). A továbbiakban tehát nem kellett rágyújtanom. Lassan bő fél éve, hogy átálltam. Azóta vásároltam egyéb eszközöket, kipróbáltam pár porlasztótípust. Elszívtam vagy fél liter likvidet (ki tudja mennyit?). Hatalmas pozitív változásokról nem tudok beszámolni, de a füst és annak kellemetlen velejárói eltűntek az életemből. Hamus és hamusborogatás nincs, szőnyegkiégetés nincs, esőben/fagyban "kintcigizés" nincs, "van-e nyitva valahol dohánybolt para" nincs, gyújtóhiány nincs. Hízás nincs, javuló ízérzékelés nincs, ugyan olyan gyorsan felszaladok a 6.-ra mint eddig. Na jó, köhögés sincs. Buli után reggeli "hamutartónak és cafatosra szakadnak érzem a tüdőmet" sincs. Autóvezetés közben csak a füstfelhő méretét kell kordában tartani, de az e-cigi bármikor egy üres ülésre dobható, tűz keletkezésének a veszélye nélkül.

Ami veszélyes lehet (de kinek a pap, kinek a papné): vannak elvetemült elektromos cigarettázók, akik nekiállnak mindenféle lehetetlen füstgyártó eszközöket faragni. Hát, ez már szerintem inkább hobbi, én azóta is elvagyok az "alap" (de azért komoly gyártótól származó, jó minőségű) e-cigivel. El lehet veszni az elektronika csodáiban, és van aki nem átváltott cigiről e-cigire, hanem gőzgéppé változott. Balesetekről is tudunk, ezeket azonban inkább írom a szakbarbárság, mint az elektromos cigaretta számlájára. Készítettem már saját "tekerést" (a fűtőszál cseréje egy újra különféleképp megváltoztatott paraméterekkel), meg lehet csinálni, ha van jó eszköz, nem látok benne kihívást. Persze nem ismerem még a műfaj minden dimenzióját, de én inkább fizetek egy új porlasztóért havi 1500 Ft-ot, mintsem töltsem az időmet izzításokkal, tekergetésekkel, ellenállás-mérésekkel, stb. Amire vissza akartam még térni: azt gondolom, hogy a legfontosabb az az elszívott folyadék minősége. Én személy szerint nem hiszem el feltétlenül azokat a dolgokat, amik rá vannak írva egy jött-ment termék dobozára. Igen, ne higgyek akkor el semmit... Inkább fizetek kicsit többet, és megbízható(bb) nagy cégek termékeit vásárolom meg, mert hosszú távon nem biztos, hogy megéri fillérezni. Vannak cégek, akik az előállított likvideket független, akkreditált laboratoriumokkal vizsgáltatják be, a likvides flakonon LOT szám van, a gyártásra és gyártási folyamatra megannyi szabvány, bizonyítvány, engedély stb. Én ilyet javasolok mindenkinek, ha már mindenképp el kell szívni valamit. Ami azonban biztos, hogy tény: még ha van is egy kis nehézfém, vagy nyomnyi ez-az a likvidben, még mindig nagyságrendekkel kevésbé káros, mint a hagyományos cigaretta. Mellesleg ki tudja, mennyi olyan anyag van az ivóvízben, kenyérben, levegőben, paradicsomban, amiért egy e-likvidet már kivonnak a forgalomból...

 

Azt gondolom, még írok egyet a nikotin, glicerin és propilén glikol élettani hatásairól, talán egy szubjektív gondolatsort az e-cigizés kultúrájáról és irányairól, de az már kevésbé az én asztalom. Kommenteket természetesen továbbra is szívesen fogadok (az a 3 mellé ami van!), esetleg ha valakit valami érdekelne, nyugodtan jelezze (itt elsősorban a biológiai vonzatokra gondolok), és ha valami tévedés lenne az itt leírtakban,kérem, mielőbb tisztázzuk!

Nem terveztem, hogy a blog arculatot váltson, hiszen igazából nem terveztem folytatást, de mivel érintett lettem az e-cigi ügyében, és mivel ez egy sokak által - talán tévesen, vagy alul-tájékozottság miatt - félreértett dolog, és mert néhány "nagy" e-cigis kérte, hogy ha lehet, mindenki tegyen valamit azért, hogy az emberek reálisan láthassák az elektromos cigaretta kérdését, azt gondolom, ennyit megtehetek. Politikába, üzletbe és e-cigik berhelésébe nem kívánok belefolyni, ha csak nem muszáj.

Nem lenne jó, és demokratikus, ha azok az emberek hátrányba kerülnének a többiek alulinformáltsága miatt, akik a "rossz" helyett a "kevésbé rossz"-at választják.

Irodalom:

Nicotine Chemistry, Metabolism, Kinetics and Biomarkers
Neal L. Benowitz, Janne Hukkanen and Peyton Jacob
Nicotine Pharmacology, Handbook of Experimental Pharmacology, Volume 192., 2009. 29.-60. old.

 

How much nicotine kills a human? Tracking back the generally accepted lethal dose to dubious self-experiments in the ninteenth century
Bernd Mayer
Arch. Toxicol. 2014. 88(1) 5.-7. old.

 

Címkék: blog kutatás nikotin elektromos cigaretta dnsafazekban tudományos folyóirat e-cigi e-liquid propilén-glikol

Szólj hozzá!

Uncsi

VasMacska 2013.04.02. 14:34

Jó régen írtam ide... Most nem is fogok. Történt néhány változás, jó néhány; de majd igyekszem írni. (Írjak?) Most csak legyen elég annyi, hogy mindig mindent dokumentálni, és ha valaki azt mondja, hogy nem kell alapos dokumentáció, akkor is igen alapos (ha nem még alaposabb!) dokumentációra van szükség. Sok kellemetlenségtől óvhatja meg magát így az ember. Jó munkát!

Sci-fi

VasMacska 2012.04.21. 16:02

Reggel 6:30. Pontosabban hajnal. Legalább is nekem most hajnalnak tűnik. Teljesen mindegy. Fel kell kelnem egy olyan időpontban, amikor még nem akarok felkelni. Már felkeltem. Első utam oda vezet, ahová legtöbbünknek. A művelet félálomban is elvégezhető.

Reggelizni kellene. Nem, nem kell. Vagyis kellene, de most nem megy. Majd veszek valamit. Laza zuhi, ébresztőnek nem rossz, felöltözök, miegymás. Elindulok. A ház előtt veszek egy bódéból egy kakaós csigát, begyömöszölöm a laptop és papírok közé. Indulás a munkahelyre. Minden rutinból megy, nem történik semmi, ki is esik az egész...

Megérkezek. Ocsmány, nagy, régi szocreál épület a városon kívül. Az ablakokon a víz által lemosott rozsda csíkjai, vízkő, de legalább is valami fehéres bevonat. A ki- és belátást egyaránt megnehezíti. A falak eredeti színe meghatározhatatlan. Talán vajszínű. Volt... Nem fontos, ilyen és kész. Be kell menni. Viszonylag nagy és világos tér fogadja a belépőt, embereket is látni, sőt, még egy büfé(cske) is van. Pár felújított dolog, díszek a falon. Tovább kell mennem, majdnem egyenesen.

Talán egy dimenziókapun lépek át tudtomon kívül. Halvány fény dereng a hosszú folyosón. A padlón szocreál kövezés, elég viseltes már. Itt-ott egy két csempe törött, vagy hiányzik. Ahol nagyobb hiányok voltak, ott kijavították. Szigorúan más színű csempével. Balra el, át egy csapóajtón, majd jobbra el, át egy másik csapóajtón. Folyosó folytatódik. A hangulat is. Néhány ajtó előtt folyékony nitrogénes tartály, máshol a földre fektetett, kiürült gázpalackok. N, He, CO2, ki tudja még mi. A falat végig szekrények borítják, pontosabban fa ajtók. Fehérre vannak festve, de már nem fehérek. Jobbra-balra ajtók nyílnak. Fogalmam sincs, mi lehet mögöttük. Elképzeléseim vannak, ha elolvasom a kiírásokat. A legtöbb ajtón csak egy betű-szám kombináció olvasható. Pl. "F 208." A kiírás az a régi fajta vastag fém betű, amit az ajtóra csavaroznak. Vagy csak beverik 2 szöggel. Vannak érdekes kiírások, és matricák is. "KÍSÉRLETI LABOR" "EXTREME STRONG MAGNETIC FIELD"  "DANGER LASER RADIATION  AVOID DIRECT EXPOSURE TO BEAM" "BIOHAZARD" vagy csak nemes egyszerűséggel "DANGER". Gondolom, itt bármi lehet, mindenre készülni kell. Néhány ajtón megsárgult kiírások. Talán gyakorlati vizsgatételek. A falon az egyik "szekrényajtó" ki van nyílva, benézek. Néhány sárga gázcső fut benne, meg némi szemét, porcicák. Inkább portigrisek.

A plafon is megér pár mondatot. A plafonon csövek és kábelkötegek húzódnak, tömegesen. Vajon van ember, aki tudja, hogy melyik micsoda, mi van benne, és hova megy? Biztosan. Nem irigylem a szerelőt akinek egyszer majd meg kell bolygatnia... A csövek alatt pár méterenként neonlámpák. Mondanom sem kell, hogy jó részük ki van égve. Gáz ez? Mondhatjuk, hogy ez csak egy munkahely, és annak is a folyosója. Az emberek itt naponta kb. 5 percet töltenek, amíg reggel bemennek, és este vissza. De azért szerintem gáz. A Half Life alkotói biztos szétnéztek itt.

A folyosó végén lépcső és lift. Egy szép új teherlift. Persze a fal mellette pereg szét. A lépcsőt választom, nem megyek nagyon magasra. Intenzív vegyszerszag van. Biztos nem káros... Egyébként én szeretem. Mindig végiggondolom, hogy ilyenkor az anyagok molekulái feloldódnak az orrnyálkahártyámban, kötődnek a szaglásért felelős sejtjeimhez, aztán az agyam érzi csak a szagot. Mindegy. A lépcső nagy, szürke és meglehetősen kopott elemekből áll. A kapaszkodó a jól ismert, feketére festett vaskorlát. A lépcsőfordulóban a falon kemény sérülésnyomok. Talán egy nagy bútor sarkával verték le. Máshol a vakolat önként adhatta meg magát az időnek. Megérkezek a célemeletre. Itt egy folyosókból, termekből, előszobákból álló labirintus vár. Nem gond, tudom az utat. Már szedem elő a kulcsomat. Kulcs a zárba, fordítás, bent vagyok. Ennél az ajtónál is dimenziókapu lehet.

Villanyt gyújtok, az előszobát elönti a fény. Szép, fehér falak, bútorok. Új burkolat a padlón, valami spéci műanyag. Átöltözök, elindítok három gépet. Pöccre indulnak, nem zajosak. Saválló acél felületeik ragyognak, az üvegek tiszták, az eszközök modernek. Esztétikus flakonokban a vegyszerek, porok, oldatok. Katonás rend. Pipetták sorai, tisztára mosott üvegeszközök, ragyogó mikroszkóp. Öröm itt dolgozni. Amíg az előkészületek megcsinálják magukat, kitöltöm a naplókat, és megehetem a kakós csigát.

Szólj hozzá!

Legyen egy újabb nap

VasMacska 2012.03.08. 16:54

Nézzünk meg egy keményebb napot!

Ébresztő 6-kor. Gyors ébredés. Mint minden olyan napon, amikor valami "izgalmas" - de legalább is fontos - nap következik. Röpke reggeli. Nem vagyok nagy reggeliző, de ilyen napokon kell reggelizni. Érkezés 7-re; a műtét 8-kor kezdődik. Kísérletes daganat lesz eltávolítva, melyből fény- és elektronmikroszkópos vizsgálatra teszünk ma el anyagot. Igen, a nap az elektronmikroszkópia miatt lesz fontos. Mivel igen nagy nagyításokat alkalmazunk, nem lehet hibázni. Mert a hiba is hatalmasat fog nagyítódni. A fixálószerek, melyekkel igyekszünk a szövet állapotát pillanatszerűen rögzíteni, előző este elkészültek, hűtőben tároltuk. Fontos, hogy a minta minél hamarabb fixálódjon az eltávolítás után. A műtétre puffert viszek át jégen. Alacsony hőmérsékleten az anyagok mozgása (diffúzió) lassabb; így jobban megőrizhető az eredeti állapot. Műtét rendben lemegy, az anyagot elteszem a pufferbe. A puffer egy olyan oldat, melynek anyagkoncentrációja és ionerőssége a test belsejével egyező. Ebbe téve a biológiai mintát, az optimális esetben "nem veszi észre", hogy el lett távolítva az élő szervezetből.

Anyagot átviszem a laborba. Szövetminta felvágása, makroszkópos leírása (vizsgálat szabad szemmel). Nagy szövetnövekedés, a szerv felületén bevérzések. Metszeti képen jól látható az egészséges szövetekbe hatoló daganattömeg. Némi zsírhalmozódás. 8-ra kértem az asszisztenst, de sehol sincs. Fontos lenne a gyorsaság. A terv az volt, hogy én diktálom, ő írja. Én írtam - időveszteség. Jobb helyeken hangfelvétel készül. Szövetminták milliméterpapírra, fotózás. Mintavételek helye kijelölve, mintakódok kreálása. Nem engedtem el a fantáziámat, a minták számokat kaptak. Rövid távra jó megoldás. Beágyazáskor bonyolítom. Kontroll és beteg minták kivágása. Elektronmikroszkópiára 1 köbmilliméternél nagyobb mintákat nem veszünk. Fontos, hogy az egyes anyagok, melyekkel a mintát kezeljük, gyorsan átjárják az egész szövetet. Ezért picik. Fixálás indítása, 4 Celsius fokon másfél óra rögzítés. Előkészületek a további munkához. A szövetet mosni fogjuk, majd utórögzítjük. Elektronmikroszkópiánál glutáraldehid, majd ozmium-tetroxid oldatával fixálunk, fénymikroszkópiára jó a formalin is. Mindkettő pufferelt, hogy a pH-ja ne másszon el.

Az első nehéz lépésen túl vagyok. Jöhet az uncsi rész. Víztelenítés. A szövet víztartalmát fokozatosan etil-alkoholra cseréljük. A következő anyagok ugyanis, melyekkel a mintát kezeljük, nem elegyednek vízzel. A mintákat majd valami kemény anyagba kell ágyazni, amelyben jól metszhetővé válik. Fénymikroszkópiára paraffinba ágyazzuk a mintát, ez egy gyertyaviasz-szerű anyag. Elektronmikroszkópiára, ahol 30-60 nanométer "vastag" metszetekre van szükség, sokkal keményebb anyag szükséges: kemény műgyanta-polimer.

Közben kivágok egy darabot, melyen zsírokat kell vizsgálni. Alkoholos, acetonos kezelés kizárva, mert ezek kioldanák a zsírt. A mintát egy beágyazó anyagba fagyasztom -197 fokos folyékony nitrogénben. Na, ez valóban pillanatszerű rögzítés. A mintát fagyasztó mikrotómba applikálom, és készítek néhány 5 mikrométeres metszetet. Felolvadás után kálciumos formalinnal fixálom. Ez jól megőrzi a szerkezetet is és a zsírok nagy részét is. Ezzel megvagyunk.

A glutáraldehides fixálás kész, kimosom a szövetmintákat, és jön az ozmium-tetroxid. Mivel ez nehézfém, az elektronmikroszkópos képnek egyben kontrasztot is fog adni (elnyeli az elektronsugarakat). És jó mérgező (vegyi fülke használata). Másfél óra pihi. Lenne, ha nem csinálnám a zsírfestést. Ennek elve, hogy a festéket olyan oldószerben oldjuk, amely kevésbé oldja, mint a zsír. A szövetmintára öntve az oldatból a festék át fog oldódni a zsírba. 10 perc festés után kimosom a felesleges festéket, egy gyors magfestés, hogy jobban tájékozódhassunk a mintán, majd a metszeteket lefedem, és vizsgálhatók is.

Siker. A daganat állományában jelentős zsírhalmozódás. Mossuk ki az elektronmikroszkópos mintákat! Igen tiszta, ampullázott desztillált vízzel. Több váltásban. Kezdhetem a víz lecserélését alkoholra. Fokozatosan, hogy a vízvesztés miatt a minták ne zsugorodjanak, ezáltal torz képet nyújtva. Sejorganellumok tönkremehetnek. Sejtalkotók mozdulhatnak el. Sejtmembránok szakadhatnak át. A mintákat egyre töményebb alkoholos oldatokkal kezelem. Közben enni is kellene valamit. Menza nem jöhet most szóba, büféből szerzek táplálékot. Unalmas rész; a mintákon óránként emelem az alkohol koncentrációját. Este 7-re az abszolút alkoholhoz érkezek. Ekkor a minták már nem tartalmaznak vizet, de a szerkezetük megtartott. Legalább is remélem. Ez csak jó egy hét múlva derül ki...

A beágyazáshoz tehát epoxi-gyantát kell használni. Az viszont az alkohollal sem elegyedik. De legalább az alkohol már két lépésben lecserélhető egy köztes oldószerrel. Pontosabban háromban. Két fokozat oldószer után egy olyan oldat következik, mely 1/2-részben tartalmazza a gyantát is. Nagyon fontos, hogy a gyanta bejusson az utolsó két szöveti molekula közé is. Egy újabb egy órás kezelés...

9 óra. Már igen éhes vagyok. Eszembe jut, hogy még van két kakaós csigám (nyami!). Pavlovi reflex működik. Miközben bontom ki, már ömlik a nyálam. Igen, az ilyen kajálás a legkirályabb.

10-kor jön az utolsó lépés. Az eleje után talán ez a leghúzósabb. És ilyenkor már késő is van. Pici kapszulákba kell önteni a folyékony, pontosabban 4 komponensből megfelelő sűrűségűre kevert epoxi-gyantát, majd ebbe helyezni a mintát. Ami ekkorra igen törékennyé vált. Ráadásul úgy kell orientálni, hogy a metszéskor majd a megfelelő irányba nézzen. Csak 10 mintát vettem most... Na, nevezzük el a mintákat, mert ezek tökegyformák. Pici fekete kockák  narancssárga műanyagban. Itt már fontos a pontos mintajelölés. Szeretem az olyan kódokat, melyekből jegyzet nélkül vissza lehet következtetni az eredetre. Azért a jegyzőkönyvezés is fontos. Nagyon fontos.

Mivel patentul kell megcsinálni, patentul csinálom. Nincs fáradság, nincs éhség, nincs máshova figyelés. Nincs hiba. Legalább is ezt gondolom. Mikor kész, 48 órára 70 Celsius fokra teszem el. Ezen a hőmérsékleten, ennyi idő alatt tökéletesre keményedik. De ez is csak később derül majd ki. Takarítás, és lehet menni haza.

Mit csináltam?

Egy élőlény egy darabját kivettük, annak molekuláit (molekuláinak többségét, elsősorban fehérjéket) fixálószerekkel egyetlen nagy molekulává polimerizáltam, rögzítve ezzel annak szerkezetét. Ezt követően a vizet kemény műanyagra cseréltem. Az élőből egy tárgy lett, mely megmarad, míg a világ világ lesz.

Címkék: kutatás kísérlet mikroszkóp folyékony nitrogén elektronmikroszkóp

Szólj hozzá!

Ejha! (Nincs semmi jobb dolgom?)

VasMacska 2012.02.08. 22:33

Tegnap 50 látogatóm volt. Pontosabban 50 oldalletöltés 4 látogatótól. Mi történhetett? :-)

Lehet ez véletlen? (Na, most nem tudom, mit fogok csinálni, de értelme valószínűleg nem sok lesz...)

Próbáljunk meg rájönni! Papír-ceruza helyett: szoftver:

Number of values: 47     (47 nap letöltéseiről van adatom)

Minimum: 0,0                (volt 0 db "letöltéses" nap)

25% Percentile: 3,000

Median: 5,000              (Közép: 5 letöltés, annyi kevesebb volt, amennyi több; ez          lényegtelen adat most...)

75% Percentile: 9,000

Maximum:50,00   

Mean: 7,426                (Átlagosan napi 7,426 letöltés)

Std. Deviation: 8,687    (a variancia négyzetgyöke, a szóródást jellemzi; ez nagy)

Std. Error: 1,267          (a "középérték közepes hibája", arra utal, hogy mennyire jó az átlagom)

Sum: 349,0                 (összesen ennyi letöltés történt a vizsgált időszakban)

Az 50-es letöltés-szám szignifikánsan magasabb az átlagnál (mekkora eséllyel a véletlen műve?)?

One sample t test 

Theoretical mean: 50,00     (Ezt én adtam meg önkényesen, "hipotézis")

Actual mean:  7,426

Discrepancy:  42,57

95% CI of discrepancy-45,13 to -40,02 t, dft=33,60 df=46

P value (two tailed)< 0,0001

Significant (alpha=0.05)? Yes

 

Kérdés, hogy az adatok normál eloszlást (pl. Gauss görbével jellemezhető) mutatnak-e (ekkor érvényes a tesztem. Persze amúgy is azt adtam meg, hogy legyen a várt értékem az 50...)?

Nézzük meg, hogyan oszlik el a letöltések száma (haranggörbét várunk). Természetesen nem az lett... Látjuk, hogy az első érték 3 (azaz 0 db letöltés/ nap 3 esetben fordult elő). A leggyakoribb napi oldalletöltés a 4, ez hétszer fordult elő. Nem tűnik normál eloszlásnak... Ha az lenne a "mean"-nek és "median"-nak egybe kellene esnie. Így tehát az előbbi "szignifikanciavizsgálat" ebből a szempontból sem megfelelő. Valójában a túl magas SD láttán abba kellett volna hagyni az egészet. Kevés a mintám (csak 47 nap adatait látom).

Gauss-görbe szerűt kapunk, ha a látogatók számának eloszlását nézzük. Ez sem az, hiszen itt is a 0 db látogatás is több alkalommal történt. A "mean" ( 2,87234) és "median" (3,000) csaknem egybeesik. Egész pontosan az jellemzi a Gauss-eloszlást, hogy a median és "modus" (a leggyakrabban előforduló elem, ami itt 3) egybeesik. (Még "konyhább" nyelven a leggyakoribb van középen.) Ez teljesült.

A statisztikáknak is megvannak a limitációik. Könnyen vezet téves eredményhez egy nem megfelelően alkalmazott statisztika (mint itt a t-próba nem normál eloszlásra alkalmazva; mint itt, az ilyen kis mintaszám; mint itt az önkényesen kijelölt 50-es "várt" érték). Mint sok helyen (az amúgy mindig kisebb) SEM ábrázolva SD helyett. Mint a sokszor meg sem ismételt kísérlet...

Nem értek a statisztikához... :-) És nem is tudtam meg, hogy mi történt...

Feltehetően valaki(k) többször megnéztek valamit. 4-en végeztek tizenegynéhány letöltést. Vagy ketten 20-at-20-at. Vagy egy ember 47-et, a többi egyet. Valakinek durván duplaklikkes volt az egere. Vagy akadozott az internetkapcsolata. Vagy csak a macska mászkált a billentyűzeten...

Címkék: statisztika gép számítástechnika hipotézis dnsafazekban

Szólj hozzá!

Emberek vagy gépek?

VasMacska 2012.01.05. 00:10

Mi is az ember egy laboratoriumban?

Természetesen ember. Lény, akinek megadatott a képesség, hogy mélyrehatóbban tanulmányozza az őt körülvevő világot. Szükséges ez? Jó kérdés.

Az élőlények jó része beéri annyi tudással, amennyi az életben maradásához szükséges. Ez a növény mérgező, ezt nem eszem meg módszerrel. Tudatos ez? Minden bizonnyal nem. A kutatás tehát tudatosságot igényel. Hol kezdődött mindez? Erre a kérdésre sem fogok tudni választ adni. Vagy majd egy másik bejegyzésben térek vissza a megfigyeléseket végző és eszközt használó állatokra. A szakóca megjelenését már kísérletező és kutató munkának kellett megelőznie.

Már tisztáztuk, hogy kutatni csak objektíven, racionálisan, megfontoltan lehet (vagyis ez lenne az optimális). De valahol mégis emberek vagyunk. Általában többen dolgozunk egy laboratóriumban, így elkerülhetetlen, hogy emberi megnyilvánulásaink is legyenek. Különösen, ha az infrastruktúra bizonyos ütközéseket eredményez (pl. egy készüléket két ember használna).

Alapvetően azt gondolom, gépeknek kell lennünk. A kísérlet egyes fázisait tökéletesen kell elvégezni. Nincs álmosság, nincs hanyagság, nincsenek érzelmek a dolog felé. Nem unjuk, és nem is gondoljuk királynak amit csinálunk. Nagyon fontos az ismételhetőség (gondos jegyzőkönyv-vezetés), adatok rögzítése. Ha nincs kedvem valamit csinálni, inkább bele sem kezdek, mert semmi értelme. Mondjuk a láblógatásnak sem...

Gépek legyünk, vagy emberek, ha alá-fölé rendeltségi viszonyban vagyunk? A laborban is hierarchia uralkodik. A munka sikere érdekében mindenkinek alá kell vetnie magát  közös célnak. Nem szabad akarni kiemelkedni a "team"-ből "ez az én ötletem volt" címszavakkal. Nem szabad ragaszkodni az ötletünkhöz, csak mert mi vagyunk a főnökök. Legyünk gépek! Hidegek és objektívek, különben a munka látja kárát a dolognak. Én ezt tapasztaltam több oldalról is.

Volt már, hogy alárendeltem (nem szeretem ezeket a kifejezéseket a laborban, mindenkit egyenrangúnak tekintek, de mivel mások nem, ezért...)javasolt valamit, ami igencsak jó ötlet volt. Igen, van ilyen. A kezdők szerencséje - mondhatnánk, de nem erről van szó. Az embrnek, azt gondolom, akaratlanul is csőlátása alakul ki. Ezt meg ezt így meg így csináljuk. A "miért?" gyakran fel sem merül. A "miért?" csak a lelkes kezdőben merül fel, aki elgondolkodik azon, amin mi már nem. Figyeljünk rájuk!

Természetesen a leggyakoribb, mikor kínlódunk valamin, és egy tapasztalt "öreg róka" azonnal elmondja, hogyan is érdemes csinálni. És igaza lesz. Ha másért nem, mert már neki is elmondták. Vagy mert ő rájött pár év alatt, és megspórolja nekünk ezt a pár évet.

Őszinteség. Ez nagyon fontos. Sok "nagy" ember szereti azt is elmagyarázni, amihez nem ért, csak mert ő a góré. Sajnos ilyen helyzetben is voltam már, elég kellemetlen. És mástól is hallottam ilyet. A főnök (nem ért hozzá, csak főnök) elmagyarázza a beosztottnak (aki ezzel foglalkozik fél v. több éve), hogy mi miért van, és hogy kell csinálni. Persze nem úgy kell, de hogy magyarázza el ezt az ember a főnökének? Hangsúly az ember szón. Ha gépként viselkedünk, elmondjuk a főnöknek, hogy téved, majd elmondjuk, miről is szól a dolog valójában. És a gépfőnök megérti, átlátja, jóváhagyja. Nincsenek emberi gondolatai, mint "ne magyarázz nekem, mikor 20 éve vagyok a pályán!" vagy " akkor kitalálok mást, de én vagyok a főnök, én mondom meg a tutit!". És az sem fordulhat így elő, hogy a munka kárba vész, mert a beosztott nem mert (pl. állását féltve) rávilágítani a tévedésre.

Őszinteség II. Emberek vagyunk, hibázunk (a gépek is). A gép azonnal hibaüzenetet küld. Az ember hajlamos megpróbálni eltusolni, elsumákolni a tévedéseit. Ez akkor gáz, ha több ember munkája múlhat egy ember tévedésétől (pl. közösen használt anyag elszennyezése, rossz összemérése stb.). Miért teszi ezt az ember? Azt hiszem, itt is két lehetőség van. Egyrészt úgy érzi, sérülne az "imidzse", ha kiderülne, hogy hibázott. Másrészt fél a megtorlástól. Nem nehéz kitalálni: a saját (én)kép védelme egy laboratóriumban helytelen, és a hiba büntetése is helytelen. A lényeg, hogy a hibát azonnal jelenteni kell, a munka védelme érdekében, a hibázót pedig nem szabad büntetni, hanem inkább segíteni kell. Aki pedig sokat hibázik,... nos, azt hiszem, azt el kell távolítani a rendszerből.

Hmm, gyarló emberi mivoltunk... Volt dolgom elég gyökér laborvezetőkkel... Annyira, hogy már nem is tudom, milyen egy jó laborvezető. Ennek az embernek lenne a feladata a labor munkájának, működésének koordinációja. Emberi tevékenységek és munkafolyamatok optimalizálása, irányítása, a közös munka átlátása mellett (e nélkül nincs is szükség laborvezetőre). Rendelkeznie kell igen magas tudással a laborokban fellelhető eszközök, módszerek működéséről, és a kutatott tudományterület ismereteiről. Ezek nélkül aligha képzelhető el hatékony munka. Az egyik kb. kávézgatni meg az embereket letolni (de nagyon durván) járt be. Állítom, kifejezetten szórakoztatta, ha valamibe jól bele tudott kötni. Eredmény: teljesen terméketlen időszak.

Pacsizás a laborban. Ezt sem tartom feltétlenül jó dolognak. Persze a hosszú inkubációs időket jobb némi csevejjel elütni, mint néma csendben ülve. De túlzásokba nem szabad esni, mert az a munka rovására mehet. Nehéz beszélgetve 600 pici lyukat telepipettázni tévedés nélkül. Adott esetben észre sem vesszük a tévedést, csak a végeredményben (vagy annak hiányában). A magánéletet, jó vagy rossz kedvet is ajánlatos otthon hagyni.

Összegezve talán én inkább a gépes megoldást választanám. De gépként dolgozni csak akkor lehet, ha ebben mindenki partner, különben megint csak a feszültség lesz belőle, amit az eredmények sínylenek meg. Rossz légkörben nem lehet jó munkát végezni.

Jó köztes megoldás lehet, ha a munkatársak a laborban gépként dolgoznak, a munka végeztével pedig lehet közös programokat szervezni a munkahelyen kívül, így aztán mégsem idegenek jönnek össze másnap reggel 8-kor (v. korábban) a laborban.

 

 

 

Ezzel a bejegyzéssel azt mondtam (így átolvasva), hogy a labor dolgozói olyan gépek, amik azt csinálják, amit ma még egy igazi gép (robot) nem tud megoldani... Jó mi?

Címkék: kutatás kísérlet evolúció robot gép munkaidő

Szólj hozzá!

Cégek, reklám, üzlet...

VasMacska 2011.12.05. 22:26

   Kicsit felbosszantott valami a napokban...

   Talán már korábban is feszegettem a témát, hogy a tudományba talán túlságosan belefolyt a pénz. Vagy a tudomány folyt a pénzbe? Esetleg a tudósok anyagiasodtak el?

   Réges régen, meg az Óperenciás tengeren túl a kutató maga állította elő a kutatásához szükséges anyagokat, eszközöket. Az alkimisták gyűjtögettek, melegítettek, kotyvasztottak, majd kész volt az alapanyag, melyről azt gondolták: "na, ezzel megcsinálom a tutit!"

   Mint azt is írtam, mikor felismerték az antitestek jelentőségét a kutatásban, akkor orrba szájba elkezdtek nyulakat, kecskéket meg ki tudja mit immunizálni, majd vérszérumot tisztítani, melyben benne volt az antitest, amit aztán sok mindenre lehetett használni.

   A szövettani munkában, a paraffint "házilag" elegyítették a méhviasszal, és tojásból és glicerinből kevert ragaccsal kezelték a tárgylemezeket a metszetek felragasztásához (ezt én is csináltam még). Később egy APES nevű anyagot oldottak acetonban, majd ezzel kezelték a lemezeket, sokkal jobb adhéziós (ragasztó) réteget kapva (ezt is csináltam). A mikroszkópi festékeket maguk keverték maguknak, cikkekben publikált, vagy féltve őrzött receptek alapján (durva, de ilyet is csináltam! :-)).

 

 

   Időnként felidegesít, ha a TV-ben nagyon, de nagyon buta reklámokat látok (nem nézek TV-t, de néha látok). A lényeg, amit a mi szép és nagyon jó világunk kínál: nem kell fáradoznod semmiért, pénzért mi mindent alád rakunk! A lényeg, hogy mindenből a legújabb, legszuperebb termékkel rendelkezz! Ezt mindannyian tudjuk.

  Hogy jött ez ide? A kutatók világában ugyan ez van. Lehet, hogy nem meglepő, de engem azért meglep. Az, hogy az antitestet már meg lehet venni, tisztítva, ellenőrizve, az jó. Nagyon sok kutató(labor)nak óriási könnyebbség. Nem mindenki tudna ezért állatházat fenntartani (megj.: ma már zömmel nem állati eredetű antitesteket használunk). Készre gyártott (azonnal használható) tárgylemezeket használunk, a festékeket is meg lehet venni készen. Léteznek nagyon új technikák (pl. "One Step" kitek, melyek a korábbi több lépéses reakciót letudják egyben, R.T.U. (azaz ready to use - használatra kész reagensek), és megannyi cucc, ami könnyebbé teszi az életünket. Ez természetesen nem is baj, a baj csak az, hogy ezeket nem mindenki engedheti meg magának (akárcsak az éttermi vacsorát). Ami szerintem még nagyobb baj, hogy sok anyag, készülék esetén a gyártó cég nevét kell megfizetni (mint a BMW / Suzuki esetben; egyikkel sem mehetsz hivatalosan gyorsabban a megengedettnél, azt pedig mindkettő tudja. A BMW nyilván jobb, de nem annyival mint amennyivel többe kerül...).

   Találkozni olyan drága termékekkel, melyek olyan plusz dolgokat nyújtanak, amik nem szükségesek.

   Ami a másik nagy baj, hogy gombamód szaporodnak a kis, ismeretlen (legalább is számomra) cégek, a kellemesen olcsó termékeikkel, melyek (állítólag) ugyanazt tudják, mint a már ismert drága. Ez néha igaz, de a laborárucikkek terén is megjelent a "kínai gagyi". Kínai alsógatyát venni nem gáz, legfeljebb másnap kidobod. De ha elszállnak a mintáid (melyeken adott esetben egy hete melózol, és esetleg már belevertél pár százezer Forintot - ez nem nagy szám!-) egy gyenge minőségű v. nem megfelelő eszköz miatt, hát az eléggé kellemetlen...

   Mikkel találkoztam "dolgozzunk költséghatékonyan" címszó alatt? Érdekel? Ha nem, ezt a bekezdést ne olvasd tovább! Pipettahegyek, melyek közül ha kiveszel egyet, jön vele vagy hat másik. Vagy a fordítottja, kivennél egyet, és csak jobban beszorul a tartóba... Pipettahegy, amibe felszívsz 10 mikrolitert, de kettő benne marad, és nem tudod kinyomni... Pipettahegy, amin nincs lyuk. Eppendorf cső, aminek a kupakja leszakad. De szinte mindnek... Antitest, ami nem működik. Proliferációs teszt (kit), ami nem jó semmire. Centrifuga, amibe beleragad a centricső. Fedőlemezek, amik tömbbé ragadnak. Centrifuga, ami fél év alatt bedöglik (és hetekig szervizelik). Ragasztó, ami nem ragad. Sejttenyésztő edény, amiben nem tapad le a sejt. Hűtő, amit lehetetlen beállítani. 40.000 Ft-os edény, ami ugyanazt tudja, mint egy hungarocel doboz. Tripszin, ami nem "tripszinizál". Hőálló üveg, ami melegítésre elcsattan. Szűrő, ami nem szűr. Mikroszkópi fedőanyag fluoreszcens mintákhoz, ami önmagában fluoreszkál, tönkretéve ezzel a mintákat. Mikroszkópkamera borzasztóan kezelhetetlen szoftverrel és felbontással.

   Na, jó, elég lesz. Tény, ha jót akarsz, meg kell venni a drágábbat, mert ha spórolsz, többet fogsz a végén kiadni. A drága eszközzel is lehet spórolni, a munkamenet optimalizálásával. Ha nincs pénz a szükséges jó minőségű és megbízható anyagok és eszközök megvásárlására, bele se kezdj. Halmozottan érvényes a "micsodából" nem lehet várat építeni mondás.

   De mi is bosszantott fel? Egy (elég nagy) cégnek volt most egy akciója, ha három azonos terméket vásárolsz, csak kettőt kell kifizetni. Mondjuk 70-100 ezer Forintos cikkeknél ez nem mindegy. Pláne, ha fogy. Aztán persze az apró betűs rész - mint a hétköznapi életben -, hogy erre, meg erre, meg erre nem érvényes. Kértem tehát árajánlatokat olyan dolgokról, amikre érvényes volt, és kellettek is. Az akció egy héten át tartott, szerdán értesítettek róla, csütörtökön még kétszer. Aztán jött a péntek, az utolsó nap, de nem kaptam ajánlatot. Akció vége...

   Hétfőn ott volt az ajánlat. És a kis buták, hogy csinálták! Akitől kértem az ajánlatot, az e-mailt átpasszolta egy kollégájának. A kollégától kapott ajánlatban pedig ott volt a "Tárgy:", az átpasszolós kollégától: "nem sürgős". Ja, nem hát, mert még esetleg akciósan vásárolnék... Na, ez undorító... Mástól is hallottam hasonlót: Akciós termékek, árajánlat-kérés, rendelés - még időben - majd válasz: jelenleg nincs termék raktáron. Majd az akció vége után egyből szállítottak.

Ennyit erről. Ennyit azokról a szép brosúrákról, kiadványokról, meg arról, hogy milyen csúcs szuper, kedvező árú termékeink vannak, gyors szállítással. Az üzlet az üzlet.  Mintha pizzát rendelnék. De ott legalább le tudok anyázni valakit - aki feltehetően pont nem tehet róla... :-)

 

  

Címkék: üzlet átverés fogyasztói társadalom antitest

Szólj hozzá!

Tudomány - programozás?

VasMacska 2011.10.06. 21:52

   Nos, úgy döntöttem, ma kemény fába vágom a fejszémet. Valószínűleg bele is fog törni...

   Tekintsük ezt a posztot inkább egy kubista impresszionista absztrakt "irodalmi" műnek. Olyan dologról akarok most írni, amit nagyon én sem látok - még - át. De úgy döntöttem, most megpróbálom. Lesz ami lesz. Legfeljebb majd javítgatom.

   Na de miről is van szó? Arra gondoltam, szánok egy bejegyzést annak a témának, hogy hogyan is működik ez a kutatás dolog? (Inkább: hogyan látom én?)

   Megpróbálok elvonatkoztatni minden "zavaró" tényezőtől; ilyenekre utaltam korábban (cikkszerzési vágy, vágy az elismertségre, cikkírási kényszer, pénzvágy vagy a pénz hiánya, miegymás). Tehát már csak ezért is "abnormális" bejegyzés lesz ez.

   Elkezdem.

   Van valami (jelenség) aminek a magyarázata előttünk nem ismert. Meg akarjuk ismerni. De természetesen nem egy legyintéssel akarjuk elintézni, vagy kitalálni valami hihető és megnyugtató választ, hanem tényleg tudni akarjuk az igazat. Hogy álljunk neki?

   Erről is volt szó korábban. Elsőként megpróbálunk utánaolvasni. Ha a választ nem is találjuk meg, össze tudjuk szedni azt, hogy a kérdéskörrel kapcsolatban milyen információk állnak már rendelkezésre (amiket vagy elhiszünk vagy nem. Lehetne majd szánni egy posztot ennek is.). Ezek alapján, ezek fényében újra gondolhatjuk a problémát, esetleg az olvasottak hatására mi is másként állunk neki a problémának. Rossz esetben neki sem kezdünk a munkának - volt már ilyen...

   Érdemes elsőként megpróbálni reprodukálni a jelenséget. Megismételhető-e egyáltalán? Ha megismételhető, meg tudjuk figyelni. Így más pontosabb képet kaphatunk a jelenség természetéről. Ha van valami sejtésünk, azt letesztelhetjük (pl. - hülye példa - hidegben is működik-e?). Gyakori, hogy egy a valóságtól egyszerűbb modellt hozunk létre. Ez a modell tartalmaz minden olyan paramétert ami a jelenség létrejöttéhez szükséges, nem tartalmaz egyéb, szükségtelen(nek ítélt) komponenst. A modell paramétereit egyenként és pontosan tudjuk irányítani. Tehát úgymond teljhatalmunk van a rendszer fölött. (Létezik-e ilyen modell?)

   Ha sikerül találni / csinálni egy ilyen modellt, akkor el lehet kezdeni a kísérleteket. Ezek során egy-egy paramétert változtatunk, így módszeresen, egyenként fel lehet tárni, hogy a vizsgált dolog hogyan is működik, a működése milyen feltételeken alapszik, és a működésnek milyen eredménye(i) lehet(nek).

   Azt hiszem, gyakorlatilag ennyi :-)

   Nagyon fontos, hogy egyszerre mindig csak egy dolgon változtassunk, hogy később meg tudjuk ítélni, hogy pontosan mi okozott mit. Ugyanilyen fontos a megfelelő kontrollok alkalmazása. Egy változás észleléséhez mindig szükséges egy "mihez képest". Érdemes tehát kezdetben lefuttatni egy "üres" kísérletet, aminek az eredményét tekintjük nullának, vagy egynek, vagy alapvonalnak. Általában minden egyes kísérlettel együtt futtatunk egy kontrollt. Elvben ez elég lenne egyszer, de mivel a gyakorlatban nincsen tökéletes modellünk, történhetnek a kísérlet során olyan események, melyeket nem vártunk, jó, ha minden egyes vizsgálat során alkalmazunk egy kontrollt. A "kontrollt" teljesen azonos módon kezeljük mint a "vizsgált" mintát, azzal a különbséggel, hogy utóbbit kitesszük a vizsgálat tárgyát képező hatásnak.

   Az eredményt akkor tekintjük elfogathatónak, valósnak (validálás), ha az reprodukálható. Általában három egymástól függetlenül végzett, hasonló eredménnyel záruló vizsgálat eredményét fogadjuk el eredménynek (senki ne kérdezze, hogy a három hasonló eredmény hány tényleges kísérletből jött ki!...).

   Nézzünk egy nagyon egyszerű példát! Kérdés: hogyan hat az "M" anyag az "F" sejtek növekedésére?

   Álljunk neki, mint bolond bornyú az anyjának! Vegyünk 1 millió "F" sejtet, kaparjunk bele valamennyi "M" anyagot, és 24 óra elteltével nézzük meg, mennyi sejt van!

 - ugyanannyi. Magyarázat: nem hat az "M" anyag a sejtek növekedésére. Igaz ez? Ha 3x ugyanígy megcsináljuk, hasonló eredményt kapunk. Akkor igaz. Neeem. Nem. A sejtek normál tenyésztési körülmények között nőni szoktak (pontosabban szaporodni), ha ugyanannyi sejt van, akkor "M" gátolta a növekedést. De meg kell nézni, hogy nem volt-e tele mondjuk a tenyésztőedény az egymillió sejttel (a legtöbb - letapadó - sejt esetében, ha azok telenövik a tenyészfelületet, ún. kontakt gátlás jön létre, ami azt jelenti, hogy a sejtek nem osztódnak tovább. Kivételt képez ez alól sok daganatos sejt, amely "több rétegben" is képes nőni). Ha volt hely a sejteknek nőni, akkor is érdemes még pár dolognak utánanézni. Például volt-e minden anyag megfelelő mennyiségben a tápfolyadékban? Ha nem, akkor nem az "M" anyag miatt nem történt növekedés, hanem eleve nem történt volna. Itt jön be a kontroll fontossága. Vegyünk kétmillió sejtet, vegyünk két egyforma edényt, tegyünk bele egy-egy misi sejtet, és az egyikhez adjuk hozzá az "M" anyagot. Így már látni fogjuk, hogy ha történt hatás, az valóban az "M" anyag miatt történt.

   Ebben az esetben akkor mondhatjuk, hogy az "M" anyagnak nincs hatása az "F" sejtek növekedésére, ha a kezelés 24 óráját követően mindkét kísérletben ugyanannyi lesz a sejt. Ha kevesebb, akkor gátló, ha több, akkor a növekedést serkentő hatása van. Így már rendben vagyunk. "M" anyagnak az "F" sejtek növekedésére nincs hatása.

   Persze, hogy így ez sem igaz... :-) Az igazság a következőképp hangzik: 24 óra alatt az "M" anyagnak "x" koncentrációban nincs hatása az "F" sejtek növekedésére. Elég körmönfontan hangzik, de a kísérlet alapján csak ennyi mondható ki. Mert lehet, hogy a hatás 48 óránál már megmutatkozna. Az is lehet, hogy osztódást serkentő hatása van, de csak nagyobb koncentrációban. Toxikus is lehet.

   Csináljunk akkor egy patent kísérletet! Először is állítsunk elő rengeteg sejtet. Aztán oltsunk le ugyanolyan edényekbe, ugyanolyan tápközegbe sokszor 1 millió sejtet. Kezeljük őket 1; 2,5; 5; 10; 20, 40; 80 és 160 egység "M" anyaggal. Az alkalmazott koncentrációkat jobb híján hasból találjuk ki, de ha van adat az irodalomban, azt vehetjük kiindulási alapnak. Tehát van 8 mintánk. Legyen egy kilencedik a kontroll, amibe nem teszünk "M" anyagot (0). ÉS az idővel párhuzamosan játsszuk el ugyan ezt. Nézzük meg a sejtszámot 3, 6, 12, 24, 48, 72 és mondjuk 96 óra elteltével. Minden időponthoz legyen egy kontroll ("M" anyaggal nem kazalt mintánk) is! 9 minta ("M" dózis), 7 időpont az 36 vizsgálati anyag. A kezeletlen minták adják meg a sejtek normál növekedését (0 "M" 3 óra, 0 "M" 6 óra, 0 "M" 12 óra, stb.). Ezekhez a mintákhoz viszonyítjuk az egyes kezelések eredményeit (1 "M" 3 óra, 1 "M" 6 óra, stb., aztán 2,5 "M" 3 óra, 2,5 "M" 6 óra, és így tovább.Minden "M"-mel kezelt vizsgálati időpont eredményét a megfelelő időpontban nézett kontrollhoz viszonyítunk. Hát, lesz egy jó kis adathalmazunk... De a vizsgálat végén (ebben benne van, hogy az egészet megnéztük 3 külön kísérletben) már viszonylag pontosan tudunk nyilatkozni az "M" anyag "F" sejtek szaporodására gyakorolt hatásáról.

   Hangsúlyozom a viszonylag szót. Még mindig elképzelhető mondjuk, hogy nem tapasztalunk változást, de lehet, hogy az "M" anyag 500 egységnyi mennyiségben már durván pusztít. És természetesen az is lehet, hogy bár itt nem tapasztaltunk hatást, de két hetes kezelés után már történne valami. Arról ugye nem is beszélve, hogy ettől függetlenül az "S" sejteket már nyomnyi mennyiségben is írthatja...

Ezért tűnhet néha egy tudományos közlemény nyelvezete mesterkéltnek. Sosem szabad többet állítani, mint amit tapasztaltunk. Tehát itt is csak a következőt állíthatjuk: Az "M" anyagnak az általunk használt koncentrációkban 96 óra alatt ilyen meg ilyen hatása volt az "F" sejtekre, melyeket ilyen meg ilyen körülmények közt tenyésztettünk.

   Pedig mennyit melóztunk vele...

   Sosem felejthetjük el, hogy egy sejttenyészet nem egyenlő az élőlénnyel. Egy anyag a sejtekhez adva egész másként hathat, mint szájon át bejutva, az emésztőrendszerben fel-/átdolgozódva a véren keresztül.

   Nem értem a végére a mondandómnak. Még most kezdünk belemelegedni, nem? Mindegy. Végezetül egy "érdekesség". A Chemotox hatóanyaga gátolja az acetil-kolin észteráz enzimet. Ez az enzim az acetil-kolint bontja. Az acetil-kolin egy jelátvivő molekula. A légy repülni akar. Az agyából egy idegszálon keresztül áram fut a szárnyat mozgató izomig, ahol az ideg végéből acetil-kolin szabadul fel. Ezt érzékeli az izom, és az összehúzódik (ez nálunk embereknél is így van). Az acetil-kolin észteráz az acetil-kolint gyorsan el is bontja, így a jel nem marad folyamatosan az izmon, hanem az elernyed, és újabb összehúzódásokra lesz képes. Ha ezt Chemotox-szal gátoljuk... ne nagyon gondoljunk bele. A légy meg fog dögleni. Bár az emlősök (így az ember is) pontosan ugyan így működnek, semmi bajuk nem lesz a Chemotox-tól. Oka: az emlős acetil-kolin észteráz felépítése némiképp különbözik a rovarokétól. Ez a különbség épp elég ahhoz, hogy a Chemotox ne hasson. Azért ne nagyon inhalálassátok, mert a hatóanyagon kívül - ugye - mást is tartalmaz.

Ja, miért programozás? Nem értek a programozáshoz. De van egy olyan érzésem, hogy a kutatónak gépként kell viselkednie. Hideg, szkeptikus (objektív?), pontos, gyors. A kutatást pontosan le kell tervezni, folyamatábra szerkeszthető. Ideális esetben az célig igen/nem döntéseken keresztül jutunk el.

Címkék: kutatás kísérlet tudományos folyóirat sejtkultura

Szólj hozzá!

Adatbázisokról

VasMacska 2011.09.28. 23:20

Mostanában megint nem sokat írtam.

Ennek - természetesen - több oka van. Az egyik legkézenfekvőbb, hogy nem értem rá. Nem értem rá, mert más dolgokat fontosabbnak tartottam, egy nap pedig csak 24 óra, amiből 8-at ajánlatos alvással tölteni. Marad 16, abból 8 alsó hangon munka, a maradék 8-ból még kettő legalább, kettő egyéb, négy meg már elvész...

Komolyra fordítva: szánok majd egy posztot egy igen emlékezetes és tanulságos konferenciára. Egy másikat arra, hogy egy nagyobb "kutatóbázison" hogyan folynak a pénzek. Így lesz egy kellemes és egy gusztustalan témánk. Ma egy semlegesről kívánok írni, hátha valakinek hasznára lesz.

Többször esett már szó arról, hogy a kutató az eredményeit valamely tudományos folyóiratban publikálja, ezzel Impakt Faktort és elismerést gyűjtve. Aztán más kutatók, akik hasonló területen dolgoznak ezt elolvassák, és eldöntik, hogy az információ új volt-e, hasznos volt-e, lehet-e a gondolatot tovább vinni, esetleg felkeresi a szerzőt további kérdésekkel. Optimális esetben a saját publikációjában hivatkozik egy korábban olvasott cikkre.

Ezek létező folyóiratok, elő lehet rájuk fizetni, és havonta hozza is a postás. Vannak tágabb területeket boncolgató lapok, mint a Nature és igen szűk területre koncentrálók (pl. International Journal of molecular imaging). Hupsz, igen, mindkettő angol nyelvű. Korábban talán arról is volt szó, hogy vannak rangosabb és kevésbé rangos folyóiratok. A magyar (v. egyéb nemzeti nyelvű) lapok általában a "nem rangos" kategóriába tartoznak, impakt faktor nélkül. Mivel a tudománynak nincsenek határai, közös nyelvet kell beszélni, ami a korábbi latinról angolra változott. Nemzetközi konferenciákon is angol a hivatalos nyelv.

A lényegtelen locsogás után térjünk a lényegre. Azt hiszem, könnyen belátható, hogy még ha elő is fizet az ember néhány folyóiratra (inkább intézetek fizetnek elő, mert nem olcsók), nem feltétlenül találnak meg minden lényeges információt. Egy-egy szakterülettel kapcsolatban is elég sok lapban lehet publikálni. A scientometriával foglalkozó posztban pedig kifejtettem, hogy a kutatók teljesítményét számokban mérik. Nos, ezekben segítenek a tudományos folyóiratok adatbázisai.

Első szinten az egyes lapoknak általában van weboldala, ahol esetleg online kereshetünk a már megjelent számokban.

De a legtutibbak a nagy (hatalmas) adatbázisok. Ezeknek több típusa is van. Scientometriai szempontból talán a legfontosabb a Scopus, ahol szinte minden valaha megjelent tudományos közleménynek és szerzőnek nyoma van. Az adatbázis célja, hogy könnyen elérhetővé tegye az irodalomban megjelent műveket. Szerepelnek a szerzők, a szerzők munkahelyei, a szerzők írásainak címei, absztraktjai, megjelenés ideje, megjelenés helye (mely kiadó, mely lap). Szerepelnek az impakt faktorok, és nyilván vannak tartva a citációk (idézések) is. Ez tehát egy tökéletes scientometriai nyersanyag. Ha van már tudományos közleményed, esetleg több is, érdemes utánanézni. Számít összesített impakt faktort, kiszámítja a független hivatkozásokat (független, amikor nem egy volt társszerzőm idézi a cikkemet).

Van hátránya is. Sajnos mindenhol a pénz beszél. Ez azt jelenti, hogy nem kap hozzáférést a Scopus sem mindenhez. Azért így is több mint 5000 szerző több mint 18000 címe van fenn. A másik, hogy előfizetést, felhasználónevet és jelszót igényel a használata...

Testvéroldala a ScienceDirect, ahol kevesebb cikk van fenn, de nagyon sok teljes szöveggel is elérhető (amennyiben előfizettünk persze a szolgáltatásra). Ez már igazi kincsesbánya a kutatónak. Érdekel a gerinctörés, beírom, hogy "gerinctörés", és ontja az ezzel kapcsolatos tudományos munkákat. Elég jó keresőik vannak, azaz meglehetősen speciális kereséseket végezhetünt, bonyolult, többszörös szűrésekkel is (pl.: Béla nevű szerző, gerinctöréssel kapcsolatos cikkek kellenek, amelyek nem repülő-szerencsétleségben történtek, és nem régebbiek 3 évnél - na jó, ez egy kicsit durva volt...). Szóval patent. A legtöbb cikk "fulltext", azaz a mű teljes egésze olvasható. A webes felületnek köszönhetően a cikk olvasása közben a hivatkozásokra azonnal rákereshetünk, de a cikkeket .pdf formátumban is letölthetjük. Ezek a keresők általában elsőre csak a címet és szerzőket "dobják ki", majd tájékozódásul elolvashatjuk a cikkek rövid tartalmi kivonatát (ez az absztrakt), és ez után eldönthetjük, hogy akarjuk-e az egész cikket olvasni. Sajnos gyakran csak a cikkek absztraktja ingyenes, még ScienceDirect előfizetés esetén sem érhetünk el minden cikket (kiadója és szerződéseik válogatják).

Nem sorolom fel mindet, elég sok hasonló adatbázis létezik, más és más előnyökkel illetve hátrányokkal, pl. http://worldwidescience.org/, ahol egyéb nyelveken is lehet keresni, http://www.scicentral.com/, stb. stb. Ide sorolhatjuk a Wikipédiát is, na jó, igazából nem, mivel az már nem igazán alapszik tudományos dolgokon... Ellenőrizetlenül bárki bármit beírhat... Nem ajánlom, csak "nem fontos" dolgok keresésére...

Persze talán valaki rögtön mondja, hogy hát ott a Gugli. Igen, az a durva, hogy tényleg ott van. Nagyon sok tudományos cikket indexel, ekkor "Google Tudós" üzemmódra vált, vagy felajánlja, hogy kereshetünk így is. ÉS korrekt dolgokat talál. Sokszor azonban egy más adatbázisba vezet el, de a lényeg, hogy amit kerestünk, azt meg is találjuk, és ebben segít. Mondjuk kezdőknek ajánlom. Írjuk be, hogy "gamma irradiation sterilisation", és a találatokat részben "Tudós"-ként hozza!

És akkor zárjuk a "nagyágyúval" (szerintem az), ez pedig az NCBI (National Center for Biotechnology Information) alkotása: a PubMed. Érdemes az NCBI főoldalán is elidőzni, szétnézni. Ennek csak egy része a PubMed (orvosi/orvosbiológiai cikkek adatbázisa). Van itt minden, ami kellhet: információ a génekről, fehérjékről, módszerekről, metodikákról, betegségekről, kórképekről, nagyon hasznos szoftverek, egyéb eszközök, tervezéshez, képelemzéshez, szekvenciák összehasonlításához, microarray adatok, meg még fogalmam sincs hogy mik, mert nem is értem... Lehet csemegézni. :-)

Egyesek még beszélnek a MedLine-ról is, ami talán még létezik, de a PubMed már teljes egészében lefedi, tehát felesleges a két acc.

A PubMed tehát kifejezetten élettudományi, vagy ahhoz nagyon közel álló tudományos folyóiratok cikkeit tartalmazza, pontosabban ezek címeit, szerzőgárdáit és absztraktjait, és amennyiben elérhető, a kiadóhoz is van link, ahonnan letölthetjük a "fulltext"-eket (ha ingyenesek, vagy fizetünk). A lényeg, hogy a PubMed használata ingyenes. És ennek is nagyon jó a keresője, szűréseket is egyszerűen be lehet állítani. Van Tutorial-ja, de rájönni sem nehéz, hogy hogy működik. És ami a leginkább tetszik: be lehet lépni gmail accounttal is, így némi plusz szolgáltatáshoz jutunk (irodalmat gyűjthetünk, visszanézhetjük a korábbi kereséseinket, miegymás).

Tehát Internet nélkül nem tudnék élni. Bár elég sok sz@r meg mocsok van rajta (akit nem érdekel ne nézze), de baromi jó, hogy bárki bármilyen információt, ráadásul hiteles információt elérhet.

Hangsúlyozom, hogy HITELES információkról van szó, melyek már megjelentek egy tudományos folyóiratban, és a tudós társadalom be is fogadta azt (de ha nem, azt is könnyű megtalálni; épp a napokban találkoztam ilyennel. "A" azt mondta, hogy "B" van, de már ajánlotta is fel a rendszer, hogy olvassam azért el "C"-t is, mert szerinte "B" nincs... Erről majd egy külön bejegyzés.).

Hangsúlyozom ugyanakkor azt is, hogy bár laikusok számára is elérhetők ezek az információk, a laikusnak tisztában kell lennie azzal, hogy az az információ neki adott esetben semmit sem jelent, és nem tudja felhasználni. Érdekes, de attól még, hogy minden létező információ - lassan - szabadon elérhető, az ember nem rendelkezik a tudással. Mit ér egy komolynak tűnő információ, ha azt az ember nem tudja milyen közegben elhelyezni, és nem tudja helyesen értelmezni?

Ezúton tehát elnézést kérek azoktól az olvasóktól, akiket ez nem hozott lázba, majd máskor másról. Ha pedig valakinek segítségére volt az infó, akkor már megérte, és sok sikert kívánok a használatukhoz! (Gondolok itt elsősorban szakdolgozókra, diplomadolgozókra, Ph. D. hallgatókra - a többiek már biztos tudják, vagy nem érdekli őket és elvannak nélküle).

Ha már ilyen bizalmas viszonyba kerültünk: a blog "kezdésekor" aggályaim voltak afelől, hogy ezt bárki olvasni fogja; kértem is visszajelzést. Ezt persze nem nagyon kaptam, bár volt akivel "elcsevegtem" egy veszélyes posztról, és volt aki pedig belejavított az irományba. Ez pedig azt jelenti, hogy egyrészt természetesen köszönöm az észrevételt, igaza volt, másrészt pedig, hogy "szakmabeli" is olvas, ami jó. :-)

Vannak akik olvasgatnak, de fogalmam sincs, hogy miért. Errefel mostanában nem nagyon írok... Hát bocsi. Ha van kérdés, kérés, állok rendelkezésre.

Most jóccakát, mert holnap reggel várnak a sejtek!

Még valami. Kezdő, vagy végző vagy csak kíváncsi egyetemistáknak, főiskolásoknak: ha még létezik, regisztráljatok az EISZ-re, mert onnan ingyenesen elérhettek jónéhány kisebb adatbázist jónéhány témakörben (orvosi mellett talán jogi, nyelvi és pszichológiait, de talán matek és fizika is van). 

 

Címkék: blog kutatás előadás konferencia adatbázis számítástechnika dnsafazekban impakt tudományos folyóirat

2 komment

Pechek és trükkök

VasMacska 2011.08.11. 19:13

   Ígéretemhez híven most olyan apróságokról írok, amelyek meglehetősen fontosak, de a könyvekben, folyóiratokban általában nem szerepelnek. Megosztok néhány praktikát (részben saját tapasztalat), amit a laborban dolgozó olvasók (van-e ilyen egyáltalán? :-)) esetleg hasznosíthatnak. Így nem kell mindent a saját kárunkon megtanulni.

   Egy egy cikket elolvasva, annak metodikája, kivitelezése viszonylag egyszerűnek tűnik. Aki azonban már eljutott egyszer a kísérletek tervezésétől a cikk megírásáig, tudhatja, hogy még a legegyszerűbb ábra (akár mellékletben) mögött is több heti kemény és kínkeserves munka állhat. Persze ez nincs mindig így. Ha egy adott területen (és főként metodikára gondolok) valaki már jártasságot szerzett, akkor felkészülten várja az esetleges buktatókat.

   Egy teszt, vagy ahogy ma divatosabb, "assay" vásárlásakor a gyártó általában mellékel egy protokollt is, azaz egy papírt, hogy hogyan használjuk a cuccot. Általában megadja, hogy milyen körülmények közt tesztelték, és általában nem vállalják a felelősséget azért, ha mi másként akarjuk használni. Például egy antitestet teszteltek, ami a PamPamPam fehérjét mutatja ki mondjuk immunhisztokémiával paraffinmetszeteken. A tesztet egér vékonybélen végezték. Én meg egér izomszövetet vizsgálok. Feltehetően így is fog működni, sőt elvileg bármilyen egér szövetből készült paraffinmetszeten.

   Lehet, hogy én fagyasztásos technikával készített egér metszeteken akarom nézni. Vagy jó lesz, vagy nem. Lehet, hogy ELISA technikával szeretnék mennyiségi meghatározást végezni. Itt már kisebb az esélye a sikernek, de nem kizárt. Immuncitokémiára feltehetően jó, bár nem írták (immunhisztokémiát szöveten, citokémiát tenyésztett sejten végzünk). Szóval megvehetjük, aztán lehet próbálkozni, vagy kereshetünk olyat, ami pontosan a mi céljainknak megfelelő (és létezik is olyan). Antitestek esetében minden esetben fontos ismerni, hogy az általunk vizsgált fajhoz készült-e az antitest (ha már antitesteknél tartunk). Pl. egér ellen anti-egér, anti-nyúllal nem fog menni. Előfordul, hogy egy-egy antitest több fajon is működik; ezt a gyártó jelezni szokta (pl. egér, ember, patkány egyaránt). Ennek oka, hogy az antitest a vizsgált/keresett fehérjén olyan epitópot (molekuláris mintázatot) ismer fel, amely több fajban is azonos.

Na, de ez nem tanóra, nézzünk néhány vicces törvényszerűséget, illetve néhány hasznos tanácsot. A legelső legyen egy nagyon régi Murphy-törvény (hátha valaki még nem ismeri): "A forró üveg pontosan úgy néz ki, mint a hideg." Hát, igen...

   Legyen a következő a "méretre levágott kábel mindig rövidnek bizonyul". Ez így ültetném át a laborba: a pontosan kimért oldat mindig kevesebbnek bizonyul. Bosszantó lehet ez akkor, ha nagyszámú mintával és kis térfogatban dolgozunk, igen híg oldattal.

   A gumikesztyűs dobozban általában páratlan számú kesztyű van...

   Ja, még egy Murphy törvény, ez is gyakran "bejön": az a pillanat, amikor végre hátradőlsz egy picit, és fújsz egyet, egybeesik azzal a pillanattal, amikor a főnököd bekukkant az irodába.

   Ahogy a vajas kenyér a vajas oldalára esik, úgy a tárgylemez a mintával lefelé esik (és sérül a minta...).

   Gyakorlatiasabb dolgok: fedőlemezen sejtet tenyészteni, majd immunhívást végezni veszélyes; pár kör után, vagy fedéskor nehéz eldönteni, hogy melyik oldalán vannak a sejtek. Jobb ilyenkor a lemezt fedésig nem mozgatni (a vizsgálat lépéseit pl. plate-en végezni), és fedéskor előbb rácsöppenteni a fedőmédiumot, így látjuk, melyik oldala kerül majd lefelé.

   Fedtem már le fordítva megfestett metszetet is, majd reggel csodálkoztam, hogy miért száradt ki.

   Az aceton oldja a műanyag plate-eket, Petri csészéket, fixálásra ilyenkor metanolt használjunk. (Ezt is saját káromon tanultam meg...)

   Tárgylemezen fluoreszcens immunkémia esetében sokan használnak zsírtollat, ám ez a jó fedést megnehezíti. Ilyenkor fedés előtt xiloba (v. xilol helyettesítőbe) mártott fülpiszkálóval a zsírtoll leszedhető. Overnight inkubálás alatt (pl. primer antitesttel) a mintára fedőlemezt v. parafilmet tehetünk (szerintem a parafilm jobb, könnyebben lejön).

Szárazjégre ne öntsünk vizet (pláne ne mosogatószerest)!

Üvegedény (ha nem hőálló) a kuktában eltörik.

Kiömlött acetonban oldódó anyagot ne mossunk fel műanyag (PVC) padlóról acetonnal, mert a padló is jön vele. Más megoldást viszont nem ismerek... :-)

Az egér harap. :-)

Legegyszerűbb nedves kamra: asztalra pár réteg szűrőpapír, rá deszt. víz, és egy tálcával lefedjük.

Akinek van bátorsága, letesztelhet, hogy mennyi "egyensúly-hiányt" tűr el a centrifuga. Némelyik elég sokat, de csak óvatosan!

Viszkózus anyaghoz reverz pipettázás: benyomni tövig, lassan teljesen felengedni, majd első ütközésig üríteni. Jó megoldás lehet a pipetta hegyének levágása (pár milliméter) is.

Nagyon illékony anyagok pipettázáskor is csepegnek, a hegy erőteljesebb felhúzásával ez csökkenthető.

Tárgylemez-törés ellen mikroszkópiánál: az objektívet oldalról nézve (tehát nem az okulárba nézünk) csaknem a fedőlemezig engedjük, és innen távolítjuk már az okuláron át vizsgálva. Érdemes a vizsgálatokat mindig a legkisebb objektívvel kezdeni. Jó minőségű és összehangolt objektívek esetén az objektív váltásakor a fókuszsíkban maradunk, csak a fényerőt/kondenzort kell állítani. (A kondenzor azért van, hogy használjuk!)

Sosem írunk olyan cső kupakjára, ami teljesen leszedhető. És pláne nem nyitunk ki egyszerre többet (különben jön a "most melyik volt melyik" probléma).

Kifelé fújó fülkében nem érdemes veszélyes anyaggal dolgozni, az minket nem, csak a mintát védi.

A hosszú ideje jól működő rendszer bármikor bekrepálhat. Ugyanilyen érthetetlen módon ismét meg is javulhat. Ha valami, vagy több minden egy ideje nem megy, a legjobb szabira menni, vagy mást csinálni, aztán majd sikerülni fog.

   Ilyenek vagyunk mi. Kirántjuk a DNS-t, látjuk az immunt, inkubálunk, futtatjuk a gélt, aztán beágyazunk, teljesen csöndben hívunk, fülke alatt vagyunk, mindent csőben tartunk, és meghúzzuk az egeret.

   Egyelőre ennyi jutott az eszembe, de még biztosan sok minden van. Majd leírom.

 

 

Címkék: antitest tudományos folyóirat sejtkultura immuncitokémia western blot

Szólj hozzá!

Diplomaosztók környékén

VasMacska 2011.06.25. 15:41

   Az ember általában beiratkozik az egyetemre, néhányan még azt is tudják, hogy mit akarnak majd. Sokan tudják, majd a képzés alatt rájönnek, hogy az úgy nem fog menni, ahogy elképzelték. Vannak akik már a beiratkozáskor rendelkeznek kellő mennyiségű és minőségű információval ahhoz, hogy tudják, hogyan érik el céljaikat gyorsan és relatíve könnyen. Vannak, akik azért iratkoznak be, mert érettségi után még "kell csinálni valamit". És még biztosan sok alternatíva van...

   A képzés során aztán az ember sok mindent tanul. Nem csak a tananyagot, az életet is. Van, aki elbulizza az első néhány évet. Van aki annyira, hogy pár év után nem is folytatja. Esetleg képzést, vagy intézményt vált. Van aki a képzés idejét 60 v. több százalékkal meg is nyújtja. Van aki pontosan végez. Akik tudják a céljukat, általában "időben" végeznek, többé-kevésbé jó eredménnyel, és a képzés rugalmasságát kihasználva valamilyen területre specializálódnak is.

   A képzési idő végén abszolutoriumot szereznek, majd államvizsgáznak. Ez elég nagy para szokott lenni. Pedig az érettségin mindenki tapasztalhatta, hogy ezek a nagy lezáró vizsgák annyira már nem komolyak. A semmire azért nem adják meg a "papírt". Az államvizsgát pár órával (ha van annyi) egy hatalmas berúgás követi. Ez már mindenkinek a magánügye, ugye. De mi is történt? Lezáródott egy korszak. Nincs több vizsga, zh, beadandó, kutatás. Az államvizsgára készülés és maga a vizsga a többségnek igen stresszes. ÉS ezen egy fél óra alatt túljut az ember. Ez egy igen varázslatos érzés. Hogy ki hogyan dolgozza fel, az megint egy másik kérdés.

    Van aki teljesen elszáll magától. Mintha nem kapna évi több ezer ember diplomát (a legdurvább kérdés: van szükség ennyi felsőfokú képzettséggel rendelkező emberre?). Van aki nem hiszi el (mintha nem 4-6 évet ezen dolgozott volna). Van akinek már van állása (szerencsés). Van aki az egekben jár, de később leszáll a földre, és elgondolkodik a hogyantovábbon.

   Hogyan tovább. Senkire sincs ráírva, hogy diplomás. Semmi nem változik. A menetrend nem lesz jobb, a buszok nem pontosabbak, a kenyér nem olcsóbb, az emberek nem mosolyognak szebben az utcán. Adott esetben ugyanúgy kizsebelnek...

   Lehet  munkát keresni, ami diplomával sem könnyű. Egyrészt, mert diplomával már sok helyre nem is veszik fel az embert (túlképzettség). Sok helyen pedig óriási a verseny, hiszen rengeteg sok diplomás van. Az állásinterjúk sokfélék, nem megyek bele. Hallottam olyanról, ahol nem beszélgetés ("vizsga") volt, hanem gyakorlat. Itt vannak az oldatok, itt a pipetta, csinálj egy ilyen és ilyen puffert! Engem is meglepett. De valahol igazuk van.

   A képzés felhígult, szinte mindenkit felvesznek egyetemre, és mindenki kap is diplomát, a dolog csak idő kérdése. Az oktatás minősége intézményenként változik. Gyakori, hogy az egyetemi/főiskolai tananyag elavult. Biológia területén legalább is ezt tapasztaltam. Az órán megemlített "friss csúcstechnika" már rég a rutin része. A képzés talán nem elég alapos. A hallgató felkészül az egyes zh-kra, vizsgákra, de a kőkemény alapok nincsenek meg. A hallgató sokszor nem látja egyben az egész képzését. Hogy ez kinek a hibája, azt megint ne boncolgassuk...

   Egy álláspályázatnál a referencia sokszor többet ér mint a "papír". A papír csak legyen meg. Hogy mit tudunk, azt pedig az interjún kiderítik. Azt mindenképp, hogy ami az állás betöltéséhez szükséges, megvan-e.

   Nem szép dolgok ezek így diplomaosztók környékére, bocsi... Mi a szép? Már nem is tudom... :-) Szép, hogy az embernek a képzése során lehetősége van megnézni, hogy hogyan is működnek a dolgok. Nem tanítják, de ha valakit érdekel, meg tudja nézni. Lehet kapcsolatokat építeni, melyeknek a jövőben még sok hasznát vehetjük. Meg lehet tanulni a törzsanyagot, amikből le kell vizsgázni, és ezen felül még rengeteg anyaghoz hozzá lehet férni. A koliban a jó nettel sok pornót lehet tölteni gyorsan, lehet online játékokat játszani (nem is beszélve a géptermek LAN-party-jairól), de hozzá lehet férni óriási adatbázisokhoz. Ja, azt lehet, hogy nem annyira tanítják, hogy hogyan, és mihez érdemes hozzáférni, de a lehetőség megvan. A diplomamunka elkészítésekor bele lehet kóstolni a kutatásba. Lehet diplomamunkára hajtani, de lehet többre is. A publikációs kényszer következtében gondolom senkinek nem mondják azt, hogy "ne dolgozz annyit, mert még születik egy cikk!" Egy nagy egyetemen a választék bőséges. Egy kicsiről el lehet menni, vagy lehet kooperálni egy nagyobbal is.

   Hmm. Megint nem sikerült csupa szépet írnom. Diploma pipa. Lehet vele állást keresni, el lehet vele jól helyezkedni, és utcát seperni is. Lehet céget alapítani, a diplomát meg kitenni a falra. El lehet menni vele külföldre. És lehet még tovább is tanulni. 5-6 diploma, 2-3 doktori fokozat is lehet.

   Mindegy mit csinálunk, csináljuk jól. Próbáljunk visszaemlékezni, konklúziókat leszűrni. Tartsuk a kapcsolatot azokkal, akikkel érdemes. De legfőképpen pihenjünk egy kicsit. Most lehet. De ne feledjük, hogy nem történt semmi a világban. Az igazi móka talán csak most kezdődik!

   Gratulálok minden kedves friss diplomásnak, és kívánom, hogy a megszerzett tudásukkal sikerüljön jól sáfárkodni, nem feledve a képzés során kapott alapvető irányvonalakat, mert irányvonalakat biztos mindenki kapott - aki bejárt és nem aludt!

Címkék: előadás diploma számítástechnika értelem tudományos folyóirat

Szólj hozzá!

Előadásra készülve

VasMacska 2011.04.15. 22:42

Szerdán tartottam egy kisebb (szűk munkahelyen belüli) előadást, melyeken beszámoltam arról, hogy mit sikerült csinálni a legutóbbi ilyen beszámolós alkalom óta. Jövő kedden pedig egy nagyobb "beszámolót" tartok egy nagyobb lélegzetvételű szimpóziumon.

Miért is jók ezek? Jók ezek?

Ezen alkalmak során a kutatók megismerhetik egymást, egymás eredményeit, gondolatait. Az előadásokat követő viták alkalmával kiderülhet, hogy az önállóan, de legalábbis viszonylag szűk körben előállított új eredmények tágabb körben is megállják-e a helyüket? Az eredményeket ilyenkor alaposabban nagyító alá lehet venni, új gondolatok születhetnek, tévedések derülhetnek ki. Kicsit más kutatási területen jártas emberek más nézőpontból közelíthetik meg a kérdéskört. Így vagy úgy, de hasznosak ezek a "megbeszélések". Magukban rejthetik új kooperációk kialakítását. Nem utolsó sorban az ember villogtathatja a tudását/eredményeit/szerencséjét. Aztán kiderül, hogy a tudományos közélet befogadja-e vagy sem.

Magunkat elhelyezhetjük egy skálán, hogy a többiekhez képest hogyan állunk. Ötleteket meríthetünk abból, hogy ki mit és hogyan csinál.

Valamennyire ez is a publikációs kényszer része. És bizonyítás is. Nem csak cikkekben kell tudni napvilágra hozni az eredményeket, hanem úgy is, hogy azonnal kérdést, esetleg támadást kaphatunk. Ez talán komolyabb vizsgája az új eredménynek, és az eredményt prezentálónak is. Kérdezőként megbizonyosodhatunk arról, hogy a prezentáló kutató mennyire jártas a szakirodalomban?

Sajnos van hátulütője is. Egy tehetséges kutató számára kellemetlen lehet, ha nincs jó előadó-képességgel megáldva. Sajnos egy szép, és izgalmas eredményeket bemutató előadás értékét nagyban csökkentheti, ha az előadó nem meggyőző, halkan, vagy érthetetlenül beszél, esetleg menet közben elfelejti a mondanivalóját.

Igen, a szóbeli előadás egy jó teszt. Lehet szembesülni olyannal is, mikor az előadó a saját eredményeiként adja elő egy intézet 5 éves kutatási eredményeit (a hihetetlen kategória). Olyan is van, hogy az előadás szépen lemegy, de az előadó a kérdésekre nem tud válaszolni (nem én csináltam, csak elmondtam kategória). Az izgalom mértékét mindig jól mutatja a lézer-pointer mozgásának amplitúdója. Nem is részletezem ezt tovább.

A vitát vitának nevezzük, de megfigyeléseim szerint inkább részletekbe belekérdezés szokott lenni. Néha a kérdésből megállapítható, hogy a kérdező mennyire figyelt, vagy mennyire értette meg a lényeget. Persze utalhat arra is, hogy az előadónak mennyire sikerült átadnia a fő gondolatot.

Példa erre a államvizsgám kis "védés" része. A diplomamunkámban egy karcinogén anyaggal előállított kísérletes daganat karakterizálásával foglalkoztam. Az előadás elején illik megadni, hogy miről is lesz szó, mi volt a vizsgálati objektum, hogyan dolgoztunk. Természetesen elmondtam, hogy mely karcinogén anyag hatására keletkezett daganatot vizsgáltam, de hangsúlyoztam, hogy a lényeg a daganat fejlődésének és mikroszkópos képének elemzése, valamint az áttétképzés mechanizmusa lesz. Az előadás végén a következő kérdést kaptam: "Milyen élelmiszerekben található meg ez a karcinogén?"

Hát igen. Végülis az ember számára fontosabb tudni, hogy mitől ne legyen rákos, mint azt, hogy ha már rákos vagyok, mire számítsak? És gáz lett volna, ha nem tudok mit mondani, de hát tudtam.

Hogyan lehet egy jó előadást megszerkeszteni? Mitől jó egy előadás? Hát, nem igazán tudok válaszolni. Egyrészt, ez sok dolog függvénye (pl. mit adunk elő, és kinek?). Másrészt nagy gyakorlatom nincs benne. Mindenképp fontosnak tartom, hogy ne legyen feszengős, vagy "ledarálom és kész" típusú. Figyelni kell a szép, helyes és változatos nyelvezetre. A hallgatóság képzettségét is ajánlatos figyelembe venni. Nem kell izgulni, nem tudok arról, hogy valakit kivégeztek volna a sikertelen előadása miatt. Túl magabiztosnak sem ajánlatos lenni. Mint mindig: arany középút. Nem katasztrófa, ha egy kérdésre nem tudunk válaszolni (persze csak ha az nem kapcsolódik szorosan a témánkhoz).

Miért jó az előadónak? Az előadó (kutató) megtervezi a kutatást, eltervezi a kísérleteket, nekilát, csinálja. Egy hónapig ezt, aztán a másik részt, aztán valamelyik eredmény nem stimmel, később megismétli, elkezdenek összefolyni a dolgok. Egy ilyen előadásra készülve jól át lehet tekinteni, hogy akkor meddig is jutottunk, mi van már kész, mi kell még? Mi az ami felett esetleg elsikkadtunk, vagy menet közben az eredményekre alapozva a kísérletek iránya változott-e? Fenntartható-e még az eredeti koncepció (hipotézis), vagy esetleg közben kiderült, hogy más út lesz a járható? Ilyeneket egyébként előadás nélkül, hetente, vagy havonta is lehet (érdemes) (lenne)csinálni.

A baj az ilyen - akár több napos, esetleg külföldi - programokkal, hogy addig a tényleges munka áll. A jövő héten én sem sok mindent fogok csinálni, és már az utóbbi két napban nagyjából lezártam, ami kész van (egy kísérlet még fut, a hétvége nehogy zavartalan legyen!).

Na, ennyi mára. Zárásként: a konferenciákról bögrékkel, kiadványokkal, ingyentollakkal és jegyzetfüzetekkel, termékmintákkal és rengeteg reklámanyaggal megrakva lehet hazatérni. Nem tudom, mikor vásároltam utoljára tollat... :-)

Címkék: kutatás előadás konferencia hipotézis tudományos folyóirat

Szólj hozzá! · 1 trackback

2011. 04. 12.

VasMacska 2011.04.12. 22:38

Nézzünk most végig egy napot!

07:07 ébresztő, 07:12-kor kikapcsolva. Nehéz kelés egy éjszakába nyúló (értelmetlen, de annál szórakoztatóbb) Internetes csevej után.

Gondolatok összeszedése: túl fogom élni? 8-kor el kell végezni az SR kezelést az ismételendő qPCR mérésre szánt sejteken. Ó, igen, mintavételi időpontok 4, 8, 12, 24 és 48 óra elteltével, a 12 órás fincsi lesz... Délután meg kell csinálni az I61-kezelést egy másik adag sejten. Folytatni kell a tegnap elkezdett WB-ot, ma jó eredményeket várok. Lássuk!

Ha valaki szereti reggel a jó kávét, esetleg egy cigarettát hozzá, jó taktika az időben történő munkahelyre éréshez, ha az ember nem tart otthon kávét, esetleg cigit sem. 07:52-kor már bent is vagyok, a sejtes melóhoz szükséges reagensek a termosztátban (előmelegítés 37 fokra), WB membránokról a primer antitest leszedése, első mosás PBST-ben, ez 15 perc. Kávé, cigaretta.

Egy kolléganő használja a steril boxot, kellemetlen ütközés. Hamarabb kellett volna bejönni? Újratervezés: nem lehet újratervezni, ha a sejtekkel 9-kor kezdek, este 9 előtt nem jöhetek haza...

Kolléganő meggondolja magát, sejtekről a médium eltávolítása, helyére PBS (ez egy foszfát-pufferelt fiziológiás sóoldat, a sejtek életben maradnak benne, de tápanyagot nem tartalmaz), SR-kezelés a tervezett dózisokkal. Sejtek friss/eredeti médiumot kapnak (ez is a vizsgálat része; a sejtek gyakran jobban szeretik a már használt médiumot, mert ebbe már különböző anyagokat bocsátottak ki, így jobban érzik benne magukat - belakták). Fél óra alatt meg is van az 5 plate (összesen 40 minta).

Közben a WB membrán mosása, majd a szekunder antitestek következnek a megfelelő hígításokban. Egy óra szobahőn (10:45-ig).

Megbeszélés egy kollégával egy másik kutatással kapcsolatban. Megbeszélés egy harmadik kollégával: fél 12-kor fel kell menni a sötét szobába, megcsinálni a WB filmre rögzítését, előhívását. Elvileg rendben.

10:45-kor a szekunder antitest feleslegének (ami nem kötődött a primerhez) lemosása, PBST, 3x15 perc. Közben telefonhívás: a sötét szoba kulcsát mégis a portáról kell majd elkérnem... Kulcs elkérése, a híváshoz szükséges anyagok összeszedése (kemilumineszcens folyadék - a szekunder antitesthez kötött enzim fényt bocsát ki, ezt rögzítem a filmen, hívó, fixáló, pipetta, kesztyű, stb.).

Sötét szoba, membránok elhelyezése a fotó-kazettában, kemilumineszcens reagens membránra pipettázása, sötét (mire megszokja a szemem a sötétet...), film, 5 másodperc, hívó, víz, fixáló, eredmény: a normalizáló fehérje jele szép.

Újabb film, 3 perc (legutóbb ez elég volt a DKIG detektálásához), hívó, víz, fixáló, eredmény: nincs jel. Elkeserítő...

A remény hal meg utoljára - film, 5 perc, hívó, víz, fixáló, eredmény: nincs jel. Na húzzunk, mert délben 4 órás mintavétel az SR-kezelt sejtekből.

Vissza a laborba, cuccok elpakolása (hűtős a hűtőbe), sejtek ki az inkubátorból, tenyésztőmédium le, mosás PBS-sel, sejtek felvétele TRIzol-ban (RNS izolálás kezdő lépése), minták 1 mL-es csövekbe gyűjtése, mínusz 70 fok. 13 óra, ebédelni kellene. Telefon a kollégának, nem tud jönni enni, egerezik...

Kaja, kávé, cigi, labor, iroda. Irodában röpke megbeszélés; a Főfőnök holnapután elutazik külföldre, megrendeléseket alá kell íratni. Szükséges termékek árajánlatainak előszedése, bevezetés több helyre, megrendelőlap megírása, nyomtatás, árajánlatok csatolása. Végösszeg: 84.000 Ft. Gyanús, mert három 40.000 körüli terméket rendelek. Dokumentumok újra átnézése. Ja, megvan. 130.000 Ft. Fel a gazdasági osztályra, az ügyintéző nincs bent. Találkozás a folyosón a Főfőnökkel, aláír, eredeti megrendelés Panninak (másik gazdaságis hölgy), másolat Lilike asztalára. Ő csak hétfőn lesz, de a rendelés ma elmehet Panni jóvoltából. Rossz előérzet: ha a megrendelőből két példány van, abból kavar lesz...

Panni már hazament (fél 3!), rendelés tehát csak holnap...

Megbeszélés a Kisfőnökkel, közben eszembe jut, hogy a fotóssal le akartam valamit fotóztatni 2-kor, de elfelejtettem. Az anyag kellene a holnapi előadásomhoz. Mert holnap az is lesz. Telefon, Fotós már nem ér rá, majd holnap reggel (holnap reggel 24 órás mintavétel, de megoldom. Az előadás csak fél 3-kor kezdődik).

A holnapi prezentáció szerkesztgetése, grafikonok igazgatása, diaháttér (jó a múltkori, ez úgyis annak a folytatása). 4-kor 8 órás mintavétel. Ez újabb sejtek TRIzolban történő felvételét, majd fagyasztását jelenti.

Prezentáció szerkesztésének folytatása. Közben betoppan a kolléga, aki nem ért rá ebédelni, most ráér. 40 percet egy kutatási projekt kiadványával töltünk. Örülünk a benne levő ismerős arcok fotóinak, nők részletes elemzése, ismerős kutatók életének megbeszélése.

5-kor el kellene végeznem a sejteken a médiumcserét, a normál (kontroll) médiumot lecserélni normál (kontroll)-ra, I61-oldószer tartalmúra ill. I61 tartalmúra. Mindkét steril boxot használja két kolléga. Hmm. Nem baj, ha 6-kor csinálom, az sem baj, csak akkor mától szombatig minden nap 6-kor dolgom lesz...

Fél 6-kor szabadul egy steril fülke, a médiumcseréket viszonylag gyorsan megoldom. Kollégák hazamennek, én maradok, a 12 órás mintavétel 20:30-ra esik. Addig befejezem a holnapi prezentációt. Kihagyok egy diát a holnap fotózandó objektumnak. Még egy szoftveres képanalízis is kelleni fog. Az jó esetben 20 perc, rossz esetben egy óra. Bele kell férnie. A fotózást múlt héten is megcsinálhattam volna...

20:30-kor a 12 órás sejtek TRIzol kezelése, mínusz 70 fok, rendrakás, labor ellenőrzése, tünés haza.

Itthon a prezentáció ismételt átfutása, egy grafikon elég furcsa, SR hatására a DKIG expressziója 50-szeres emelkedést mutat 24 óránál, ez csaknem lehetetlen. Számítások ellenőrzése: rendben. Nyers adatok: rendben. Úgy tűnik, az adat helyes. Az az érzésem, hogy nem helyes, a 10x-es válasz is durva lenne...

Most írom a blogot. Aztán zuhany, miegymás, alvás, holnap 07:07-kor ébresztő, és indul az újabb nap.

Tervek: 8-kor a 24 órás sejtek leállítása TRIzollal, fotóztatás Fotóssal, fotók analízise, grafikonok legyártása, Előadás-anyagba illesztés, előadás megbeszélése, véglegesítés.

Ebéd, majd előadás. Utána sejtek passzálása, a többin médiumcsere, rövid nap lesz. Vagy nem? Majd elmondom!

Címkék: blog kutatás bürokrácia antitest rns pcr sejtkultura génexpresszió western blot

Szólj hozzá!

Egy elméletről - szigorúan szubjektíven

VasMacska 2011.03.30. 17:39

Elsőként talán nézzük meg a videot!

Elhangzik néhány kemény kijelentés.

Első gondolatok: valaki már megint megmondja a tutit, gyanús. Lehet hogy igaza van? Lehet, hogy reklámot csinál a könyvének (elég esélyes). Mivel kezdjük? Nézzünk utána ennek a pacáknak!

Gugli; első találat: Wikipédia: "kulturális antropológus, vasinava teológus és lelkész, tagja a Magyarországi Krisna-tudatú Hívők Közösségének, s a Bhaktivedanta Hittudományi Főiskola tanára. A védikus kreacionizmus és az intelligens tervezés egyik legismertebb magyarországi képviselője."

Na jó, gondoltam, akkor hagyjuk is. A vallás mindenkinek a magánügye. De végülis szeretem a kihívásokat, és van most időm. Belevágok. De hangsúlyozom, hogy mint minden írásom, ez is szubjektív, ez az én véleményem.

Ez az ember tehát egy vallás képviselője; ha jól végzi a munkáját, kötelessége valami istent, vagy "felsőbb értelmet" vagy ilyesmit behozni a képbe. Ezzel semmi gond, jól dolgozik; nem szándékozom ítéletet mondani hívőkről és nem hívőkről.

A tudomány viszont egy tapasztalati úton alakuló, bizonyítékokra épülő valami. Hogy az MTA Memorandumából idézzek:

"A tudományos kutatás rendkívül szétágazó, sokféle, és nem írható le egyetlen tényszerű vagy normatív definícióval. Noha módszereiket és hagyományaikat tekintve a tudományos kutatások eltérhetnek egymástól, minden tudományos kutatás közös megkülönböztető jegye, hogy érvelésen és bizonyítékokon nyugszik, a természet vagy az emberi tevékenység és termékeinek a megfigyelésén, cselekvésen és a létrehozott eredményeken alapszik."

Ebből következően, ha kutatással foglalkozunk, a tudományos tényeket és a hitet (ez alatt nem csak vallásos hitet értek, hanem bármilyen nem bizonyított elméletet) egymástól mereven el kell választani. Ez az első számú fenntartásom.

Félreértések elkerülése érdekében: dolgokat hinni, gondolni, kitalálni, ezeket híresztelni  szabad, sőt kell is, a tudományt is ez viszi előre, de tényként elfogadni sosem. Tudományos kérdésben legalábbis.

Egyébként mivel tanult emberről van szó, amit mond, annak feltehetően legalább utánanézett, ez ki is derül a videoból. Mint ahogy az is, hogy aki valamihez csak egy kicsit ért, az kevesebbet ért, mintha nem értene hozzá (Jó mondat lett, mi?)

Hirtelenjében balhét, vagy kényes ügyet nem találtam az illető múltjában, de feltehetően ilyen nem is volt. A szerzőről térjünk át az általa elmondottakra!

1.: Honnan származik az élővilág?

Nem kicsit lerágott csont és hatásvadász kérdés. Mindamellett valóban nagyon izgalmas. Honnan? Nem tudni. Bizonyos történésekről van bizonyítékunk. A Föld születése utáni, még élettel nem rendelkező állapotokat már sikerült szimulálni, és bizony ilyen körülmények között "maguktól" kialakultak a mai élethez szükséges alapmolekulák (szerves savak, ammónia, aminosavak (fehérjék építőkövei), zsírok, és még ez-az). A közeg - természetesen - a víz volt. Sok idő kellett hozzá. 4,5 milliárd év alatt megtörténhetett nem? El tudsz képzeli egy évet? Persze. 10-et? Simán, 100-at, ezret is. 1 millió évet? Hát, arra már aligha van rálátásunk, akkor a 4,5 milliárd év? Szerintem nem olyan kevés idő arra, hogy akár véletlenül is kialakulhasson bármi.

A kérdéshez visszatérve: természetesen nem tudjuk. Az embert általában zavarja, ha valamit nem ért. Van aki elkezd utánajárni, hogy megtudja. És van aki kitalál valami elfogadhatót, és ezzel rövidre is zárja, hogy ez így van. Eddig egyik sem nyert. Abban biztos vagyok, hogy egy ember élete alatt ez nem is fog kiderülni (tovább megyek, szerintem hamarabb pusztulunk ki, minthogy rájönnénk, hogyan keletkeztünk). Sejtéseink (és ez már hit tényleg) vannak, közvetett bizonyítékok vannak, elképzeléseink vannak az élet keletkezéséről. Ezek a kezdeti egyszerű molekulák egymáshoz csoportosulhattak, a zsírok más molekulákat zárhattak be (zsírok a vízen filmeket vagy kis cseppeket képeznek, a film gömbbé záródhat). Csak még kellett egy molekula, ami képes önmaga reprodukciójára. Mai feltételezéseink szerint (feltételezés, de legalább alapszik valamire ami tényleg van) az RNS volt az első ilyen molekula. Ami számomra érdekes, hogy kellett keletkeznie egy olyan nukleinsavnak, ami kódolta azt a fehérjét, ami képes a nukleinsavat másolni. Na, ez már tényleg húzós.

Ha esetleg valaki még nem tudná, a tyúk vagy tojás kérdés rég meg van válaszolva: természetesen a tojás. Mert azt már egy gyík is megtojhatta, csak egy olyan mutáns gyík kelt ki belőle, amit ma tyúknak nevezünk. (a példa RETTENETESEN LE VAN EGYSZERŰSÍTVE!!). De hasonló kérdés lehet talán ez: mi volt előbb: nukleinsavat másoló fehérje, vagy másolófehérjét kódoló nukleinsav?

A fenti feltételezés azt is magában hordozza, hogy sok "élő valami" alakult ki, melyek szaporodási képesség hiányában pusztulás után azonnal el is tűntek a bolygóról. Aztán egynek bejött.

 

2.: Létezik egy felsőbbrendű értelem?

Erre vonatkozó bizonyítékaink nincsenek, mindemellett nem zárható ki. Én semmi esetre sem zárom ki. Az az érzésem, hogy sokan olyan dolgokon akadnak le, amik simán magyarázhatók "kis józan parasztival". Az evolúció létezése vitathatatlan, a probléma itt a szó értelmezésében rejlik (erről később). Sokkal felfoghatatlanabb, hogy a bolygó maga képes az élet lehetőségére. Viszonylag ritka lehet az ilyen az Univerzumban (bár erre is mondhatni, hogy azért az elég nagy, és semmit sem ismerünk belőle, még a Földet sem). Egy fizikus hívta fel a figyelmemet a fizikai állandókra. Ezek olyan számok, amik valami miatt annyik amennyik, és kész. A fizikusok ezekkel számolnak, és így működik minden. Mi lenne, ha ezek az állandók nem annyik lennének amennyik? Valószínűleg semmi. Na, ez lehet "tervezés". Vagy az Univerzum keletkezésének lehetősége. Ahogy lett anyag, onnantól már "könnyű".

3.: Mi van, ha nincs evolúció?

De van. Ez nem vitakérdés már jó ideje. Az már inkább, hogy ki mit ért evolúció alatt. Az evolúció szó jelentése fejlődés. Ennyi, nem több. Amiről az úr beszél, az a biológiai evolúció. Természetesen az is van. Különben miért kellene a vírusok ellen új és új védőoltásokat gyártani? Azért, mert fejlődnek; ők is meg mi is, meg minden más is (pl. a gyógyszergyárak kasszája...).

A biológiai evolúciót kémiai evolúció előzte meg. A Földön található igen egyszerű (és kevés) vegyület egymással reakciókba lépett. Kőbe zárt atomok kiszabadultak a vízbe. Az UV-sugárzásnak, villámok energiájának köszönhetően egyre bonyolultabb molekulák alakultak ki, a minket felépítő meglehetősen bonyolult makromolekulák előfutárai. Ezeknek a megjelenéséhez igen sok időre volt szükség, de akkor még nem nagyon unatkozott senki (idő csak akkor van, ha valaki méri). Onnantól kezdve a történések egyre gyorsabban peregtek. Az ember kb. 30.000 éves. Írni pár ezer éve tudunk. Számítógépünk kb. 30 éve van. Talán pont a számítástechnikával lehet ezt érzékeltetni (a számítástechnika evolúciója). Nagyon sokáig egy fába húzott karcolások száma is elég volt. Aztán lett abakusz, az is sokáig uralta a pályát. Aztán első számítógépek (óriási, drága, ma már nevetséges paraméterekkel). De ahogy meglettek az alapok, a fejlődés robbanásszerűvé vált. 1 év alatt többet fejlődik, mint korábban 5 év alatt.

A biológiai evolúcióról: azt gondolom, az evolúció elméletét elvetni óriási baklövés lenne (persze nem kizárt, hogy erre sor kerül, de jelenleg ez az elfogadott). Evolúció van. Evolúciót már én is csináltam 5 óra alatt. A kutyafajták kitenyésztése mi, ha nem evolúció? Az egészséges sejt daganatossá alakulása mi, ha nem evolúció? Fejlődésünk során (méhen belüli élet) miért van valamikor kopoltyúnk meg farkunk? Az élőlények miért hasonlítanak egymáshoz? A működési elv miért ugyanaz? Miért van az, hogy a vér oxigénszállító molekulája (hemoglobin) ugyan olyan mint az izom oxigénszállító molekulájából négy együtt?

Végül: miért kell hasraütés-szerűen kitalált elképzeléseket kitalálni az eredetünkre, mikor van nyom, amin elindulhatunk?

Igen, nem a majomból lettünk. Aki ezt gondolja, vagy azt gondolja, hogy Darwin ezt mondta, az , hát... mondjuk ki! Buta.

A mai csimpánznak és nekünk valamikor közös ősünk volt. Ők csimpánzzá fejlődtek, mi emberekké. Nemrég kiderült, hogy az összes madár a hüllők közé tartozik (korábban ezek két rendszertani osztályba tartoztak). Hát ja. Hasonlítsunk össze egy tyúkot egy gyíkkal!

Mindkettő tojással szaporodik. Mindkettőnek két szeme van. Emésztőrendszerűk hasonló (meg úgy kibelezve általában). Mindkettő testét szarupikkelyek borítják (igen, tudom, tudom, elég speciális pikkelyek a tollak, de azok. Főleg, ha megfigyeljük, hogy hogyan fejlődnek ki az egyedfejlődés során). Nézzétek meg egy tyúk lábát! Szerintem üvölt róla, hogy hüllő.

Én elhiszem az evolúciót, sőt, biztos vagyok benne, hogy van. Az már egy másik kérdés, hogy mit mondanak a paleontológusok, antropológusok, evolúcióbiológusok. Biztosan vannak (hiszen voltak) akik "behazudnak" egy evolúciós felfedezést, csak azért, hogy elismertté váljanak. Biztos, hogy vannak még nem tisztázott kérdések. Biztos, hogy vannak zsákutcák. Fontos szem előtt tartani, hogy az evolúció nem úgy gondolkodik, mint mi. Legfőképpen sehogy nem gondolkodik. Sok kutató szerint az evolúciónak nincs célja, hanem csak egyszerűen van. Lényege: a szaporodás során véletlenszerű új utódok keletkeznek, és a környezet, a környezet hatása döntik el, hogy ki él túl, és szaporodhat tovább. Kedvenc példám: van egy szép, erős szarvas, aki az adott terület teheneivel párosodhat. Ez jó, mert így az éppen aktuális legjobb szarvas adja tovább a génjeit. De ezt a szarvast is agyonverheti a villám.

Születik egy mutáns élőlény. Mutáns azt jelenti, hogy a DNS-én egy kód megváltozott. Véletlenszerűen egy génben egy ponton változás történt (a DNS-en egész szakaszok sérülhetnek, ezzel egy fehérje méretét és funkcióját jelentősen módosítva. Ki is szakadhat egy darab, vagy történhetnek duplázódások, ilyen a fentebb említett mioglobin/hemoglobin esete). Ha a környezet hirtelen megváltozik (ipari forradalom után a fehér nyírfaaraszoló lepkék ritkultak, és a feketék vették át a dominanciát a korom miatt. Egyszerűen addig a fehér nyírfán a madarak a feketéket látták meg előbb, és jókat lakmároztak belőlük, feketének lenni "nem érte meg". Aztán fordult a kocka, és a fehérek tünedeztek el a madarak csőreiben. Ne keressünk értelmet az evolúcióban (de fogadjuk el, hogy van, csak esetleg nem pont úgy, ahogy azt ma sokan gondolják!)) a változáshoz az élőlények alkalmazkodnak (ki mennyire tud). Ha a változás drasztikus, az ott élő fajt kihalással fenyegeti, egy mutáció a segítségére lehet. Ha akar.

 4.: Elavult a Darwinizmus? Válasz mint előbb; nem.

5.: Vajon örökké hiányozni fognak a hiányzó láncszemek?

Igen. Mert még ha egy-egy meg is lesz, újabbak keletkeznek. És mert emberi agyunk véges.

6.: Megdőlt-e az evolúció-elmélet?

Ez a csávó ezen lovagol... Mondom, nem!

7.: Újra kell írnunk a biológia tankönyveket?

Optimális esetben folyamatosan újraírjuk, nem? Az új ismereteket illő lenne beleírni... (ez is evolúció!)  Vagy nincs rá keret? Komolyra fordítva: nem kell, esetleg csak részleteket. Az evolúciós elmélet megdőlésétől a szív működése, a vízi állatok életmódja, vagy a virágok sziromszáma nem fog változni.

 Riporter kérdése: A "Mi van, ha nincs evolúció" című könyv, és az ezt megalapozó tudományos elgondolás megkérdőjelezi, vagy teljesen tagadja az evolúció elméletet?

A válsz érdekes. Csak nálam tűnik úgy, hogy a végén a "nem"-nek tűnő válasz el van harapva? Hiba, vagy üzleti fogás? Mi kutatók az olyan mintát, ami nem fogadható el egyértelműen, kihagyjuk az értékelésből, később a vizsgálatot ismételjük, hogy egyértelmű választ kapjunk. Ismétlésre ebben az esetben nincs lehetőségünk, tehát a végét hagyjuk ki.

Így azt kapjuk, hogy az úr nem válaszolt a kérdésre (sokat beszélt, de nem válaszolt; ilyet a politikusok szoktak). Ezzel a ténnyel, hogy nem válaszolt, jól döntött. Minek venném meg a könyvet, ha tudom, mi van benne? (Egyébként az igazsághoz tartozik: mielőtt véleményt mondok, elolvashatnám a könyvét...)

Elemezzük a válaszát!

"egy alternatív tudományos irányzatnak az elgondolása", tehát még nem létezik, de ez látszik ebből is: "az intelligens tervezés elmélete".

"hallunk a tankönyvekben" viszlát!

"a fajok egymásból jöttek létre" mint már utaltam rá, a fajok egymás mellett jöttek létre közös ősökből különböző külső hatások nyomására. Sose próbáljuk kitalálni ma élő fajokat figyelembe véve, hogy mi miből alakult ki! Az evolúciónak időskálája van, nézzük tehát az időskálán! Pl.: róka: valami őskutyaszerűség. Egy részük elkóborolt északra. Ha született egy mutáns, aminek mondjuk nem volt festékanyag a szőrében (azaz fehér volt), akkor ennek jobb túlélési esélyei voltak, mert egyrészt az ellenségük kevésbé vette észre, így túlélt, másrészt amit eszik, az sem vette észre, így sikeresebb volt a "normál ősrókánál"; így egy idő után egyre több lett a fehér, és egyre kevesebb a "normál". Ez még nem két faj.

Mi a faj? Ez egy nehéz kérdés. Legyen ez: "a faj az viszonylag önálló, és földtörténeti léptékben viszonylag stabil génkészlettel rendelkező olyan rendszer, amelyen belül a nagy valószínűségű géntovábbítást felismerő tényezők biztosítják, a közösségbe való beilleszkedést a viszonylag stabil niche-foglalás biztosítja, és a más fajoktól való elkülönülést, az önálló “evolúciós sorsot” pedig a reproduktív izoláció". (bővebben itt)

Magyarul: a faj (egyébként mesterséges, ember által alkotott fogalom, a természetet nem érdekli, mit nevezünk fajnak) időleges (átmeneti) dolog. Ez is az evolúció miatt van, az élőlények, bár nagyon lassan, de változnak. A géntovábbítást felismerő tényezők biztosítják, azaz hasonló a hasonlóval. Stabil niche-foglalás (sose tudtam pontosan, mi a niche): a faj egyedei adott helyen, adott időben, adott körülmények között adott dolgot csinálnak. Mondjuk a hangyák a földön levő dolgokat gyűjtögetik, eszegetik. Mivel adott helyen ezt csak ők végzik, nem kerülnek összetűzésbe más fajokkal. Ha mégis összetűzés lenne, egy előnyös mutációhoz jutott hangya jobb lenne a többinél, de ezzel új faj is keletkez(het)ne. Reproduktív izoláció: mással nem tud szaporodni. Tehát a rókás példánkban akkor lesz két faj, ha az új, fehér már nem tud szaporodni a "normállal". (Egyébként feltehetően ugyanazt a niche-t fogják betölteni ("prémes földi vadászok") mint a "normál" ősrókák). Az alatt az idő alatt, amíg az új, fehér (Sarki) róka stabilizálódik, mint új faj, az eredeti is változni fog. Tehát nem mondhatjuk, hogy a mai rókából lett a sarki róka (!).

"mind a mai napig nem több, mint egy hit" Na jó, ezzel megint kicsit vitáznék. Meg azzal, hogy "nem kellőképpen megalapozott". Szerintem elég erősen megalapozott, sok részletében bizonyított. Mindent persze még nem tudni, gyanítom, mindent sosem fogunk tudni.

És még folytatja, hogy ők viszont megalapozott dolgokat állítanak: "sokkal jobban meg lehet magyarázni, hogy ha feltételezünk, elfogadunk egy felsőbb rendű értelmet, amely a komplexitásnak ezt a világát létrehozta". Igen. Ez így van. Ezzel nem vitázok, ez tény.

Ha kitalálunk, és elfogadunk egy magyarázatot, akkor nincs többé kérdés. Még egyszer: "sokkal jobban meg lehet magyarázni, hogy ha feltételezünk, elfogadunk egy felsőbb rendű..." Akkor ez sem jobb mint az evolúciós elmélet, nem? De komolyan.

Rosszmájú megjegyzés: "a mikrobiológia által feltárt komplexitást, ami a sejteken belül megtalálható..." Ezt nem a mikrobiológia (mikroorganizmusokkal foglalkozó tudományág), hanem a sejtbiológia és molekuláris biológia tárta fel.

Összegzés: megismertünk az evolúciós, és ma már kevésbé elfogadott elméletek mellett egy újabb elméletet az élet keletkezéséről, kialakulásáról. Ez eddig is létezett, vallásnak hívjuk. Az az érzésem, hogy a szerző jó folyosón, de pár ajtóval arréb kopogtat.

Ez lesz a "tudósok vallása?" Nem fog menni, mivel az elején tisztáztuk, hogy a tudós is vallhat, otthon, a standon, az erdőben, a templomban vagy egy LSD-party-n, de tudós szerepében (munkahelyen, konferencián, stb.) nem. Szóval ez ennyi. Frappánsan megfogalmazott semmi.

Igazából az evolúciót nem tagadta, de az elmélet hiányosságait csak egy külső, kitalált "felsőbb tervezővel" próbálja foltozni. Ez viszont így elég gyenge volt.

Ma miért nem látunk fajkeletkezést? - kérdik tőlem néha. Azért, mert ehhez több időre van szükség, mint a mi kis életünk. De egyébként ki nem lát? Mi van az új bacikkal? A kialakuló antibiotikum-rezisztensekkel? Mi az ábra az "alfajokkal"? Nem épp keletkező fajok? Miért léteznek nem egyértelműen azonosítható fajok (nézzünk utána a "kecskebékának"!)? Egyébként két élőlénycsoport még vagy egy faj, vagy már nem. Átmenetet találni nehéz.

 

Szigorúan magánvélemény: én hiszek egy "felsőbb hatalomban". Sok megmagyarázhatatlan dolog van körülöttünk. Szabadjon kissé szerénytelennek lennem, elég mélyre ástam bizonyos dolgokban, és minél mélyebbre megyünk, annál elképesztőbb a tökéletesség, ami a dolgok mélyén lakozik. De sosem érünk a végére. Mindig kiderül valami új részlet. Vagy egyszerűen nem vagyunk képesek átlátni, megérteni.

Őrült elmélet: van a DNS, egy baromi önző, egoista molekula. Információt tud tárolni, képes szaporodni. Nem csinál mást, mint önmagát totálisan véletlenszerűen összevissza másoltatgatja, miközben próbál egyre tökéletesebb gazdatestet csinálni magának. Nincs konkrét terve. Ideje van, így összevissza próbálkozik, aztán meglátja, mi jön be. Ami rosszul sikerül, az elpusztul. Ami jobb lesz, az túlél, és szaporodik. És változik, sosincs vége.

Az emberi agy véges, nem képes mindent tudni, mindent megérteni, mindent felfogni. Biztos azonban, hogy ezen a határon túl is vannak dolgok, amiket sosem ismerhetünk meg.

A hit, egy nagyon szép, és sokszor hasznos dolog. De az csak hit, amint bebizonyosodik, hogy az igaz, onnantól tény. A kutató mindig hisz valamit, azt próbálja bebizonyítani. Ha sikerül, tudományos tény született, ha nem sikerül, hinni még lehet, de az nem tény.

A hit tehát ne próbáljon meg magyarázni tényeket, és a hit pláne ne akarjon meggyőzni másokat az igazságról, hiszen az hit. Amint viszont ténnyé válik, többé már nem hit.

Nehogy úgy tűnjön, hogy én is sokat beszéltem, de nem mondtam semmit:

- tudomány és vallás összeegyeztethető

- egy még meg nem válaszolt tudományos kérdést Istennel magyarázni elfogadhatatlan hiba

- Isten és az evolúció szerintem megférnek egymással.

- nem az élőlények keletkezése, a finom belső struktúrák a csodálnivalók, hanem a rendszer tökéletessége (amit az ember borogat, de ez egy újabb nagy téma lenne).

 

Végezetül - lazításként - az egyik kedvencem:

Címkék: kutatás evolúció vallás számítástechnika értelem hipotézis faj

7 komment

Immuncitokémia, western blot és társaik

VasMacska 2011.03.28. 21:20

   Ezek korábban már említett, de még nem tisztázott fogalmak. Így most adok egy kis áttekintést ezekről.

   Lelkük az antitest. Az antitest egy olyan fehérje, ami egy molekulát képes felismerni és ahhoz hozzá kötődni. Eredendően a B-limfociták, pontosabban az azokból differenciálódó plazmasejtek termelik. Ezek a sejtek az immunrendszerhez tartoznak. Feladatuk, hogy olyan fehérjéket termeljenek, melyek képesek egy a test számára nem kívánatos anyag felismerésére és megjelölésére. Keletkezésük nem minden részletében ismert. Ugye rengeteg "nem kívánatos" anyag létezhet, az ezeket felismerő fehérjék száma szinte végtelen. Ezek nem lehetnek mind a DNS-en kódolva, így keletkezésük úgymond a véletlenre van bízva. A sejtek tehát véletlenszerűen termelik az antitestet, egy-egy sejt egyfélét (a keletkezésük tehát klonális). Ha a termelt antitestnek van értelme (azaz felismer idegen struktúrát), a sejt nyert. Ha nem, vagy saját anyagot ismer fel, a sejtnek pusztulnia kell, ezt ún. programozott sejthalállal teszi (apoptosis). Ha mégis életben marad a sejt, és termeli azt az antitestet, ami saját struktúrát ismer fel, a test önmaga ellen dolgozik (ún. autoimmun betegségek). Az így keletkezett antitest csak megjelöli a testidegen anyagot, a pusztítást erre specializálódott sejtek végzik. Az antitest tehát csak a jel, hogy mit kell elpusztítani.

   Hogyan is tudjuk ezt használni? Lássunk egy példát!

   Az emberi aktint akarom vizsgálni. Ez egy fehérje, ami a sejtek belső vázát képezi, a mozgások kivitelezésében van szerepe. Tisztítok magamból egy kis aktint (egy vérvétel elég lehet). Fogok egy nyulat. Na nem a mezőn, hanem egy kísérleti állatházban. Beoltom neki az aktinomat. Ez egy szuri. A nyúl immunrendszere számára az én aktinom testidegen, azaz megsemmisítendő. Kiszelektálódnak benne tehát olyan sejtek, amelyek anti-humán aktin antitesteket termelnek. Nincs más dolgom, mint egy idő után leszívni valamennyit a nyuszi véréből, a sejteket centrifugálással leülepíteni, és a fennmaradó vérszérumban ott lesz az anti-humán aktin. Ha ezt egy emberi szövetmintára öntöm, ezek az antitestek felismerik az aktint és hozzá kötődnek.

   Az így nyert szérum (vagy savónak is hívják; sokan még a mai modern antitest-oldatokat is) poliklonális antitesteket tartalmaz, mivel a nyúl több plazmasejtje is termelhetett anti-aktint, ezek az aktin más-más részét ismerik fel. Ha kiválasztom azt az egy sejtet, ami a számomra legmegfelelőbb antitestet termeli, és ebből sikerül tenyészetet csinálnom, a termelt antitestem monoklonális lesz, mivel egyetlen sejt tökéletesen azonos termékei.

   De hát ilyeneket már nem csinálunk a 21. században! Nem bizony. Egyrészt nem fabrikálunk házilag antitestet (kivéve persze speciális eseteket), hanem készen vesszük. Olyan gyárakból, ahol ezt iparilag végzik. Rengeteg sejttenyészettel, immortalizált (halhatatlanná tett) sejtekkel, az antitestet pedig tisztítják. 100 mikroliter (milliliter tizede, olyan "két csepp") 60.000-200.000 Ft. Persze ez a mennyiség rengeteg kísérletre elég. Nézzünk egy példát erre is! Ez egy nyúl által termelt poliklonális anti-aktin antitest, sok módszernél használható, több fajon működik. Az immunizálást (antitest-termelés kikényszerítését) szintetikus peptiddel végezték (még vért sem kellett venni, hála a fehérje-mérnökségnek!). Képeket is mellékeltek.

   Mire használhatjuk? Elvileg bármire. A gyártó meg szokta adni, hogy milyen módszerekkel próbálták ki, de néha ennél többre is jók. (Néha meg még arra sem...) Ezzel kísérletezni kell, kollégákat kikérdezni, szakirodalmat átnézni (ki használta, mire, hogyan, milyen eredménnyel?).

   Hogy használjuk? Van olyan antitest, amit megjelölnek egy olyan molekulával, ami fény hatására világít (fluoreszcens molekula, fluorokróm, fluorofór, parasztosan festék). Ekkor kb. annyi a dolgunk, hogy a cuccot (jól felhígítva) a vizsgálati anyagra öntjük. Általában flow cytometriára használják (a sejtek egy lézersugár előtt úsznak el egyesével, a lézerfénnyel elemzik a sejt méretét, alakját, és hogy világít-e, azaz kötődött-e hozzá antitest).

   Az így kapott jel sokszor gyenge, a jelet erősíteni kell. Erre szolgálhat egy másik antitest, ami az elsőt ismeri fel, és kötődik hozzá. Ha az elsődleges antitesthez kötődik két másik másodlagos (példánkban a nyúl anti-humán aktinhoz egy ló anti-nyúl, ami kék fényre zölden világít), a jelet máris dupláztuk. Ha egy másodlagos antitesthez 2 fluorokróm van kötve, négyszereztük.

   A lényeg gyakorlatilag ennyi, a továbbiakat csak "apróbetűsként" írom, elolvasását csak nagyon érdeklődőknek és fakíroknak ajánlom.

  A másodlagos antitesthez enzimet is lehet kötni. Gyakran kötnek hozzá tormaperoxidázt. Ehhez az enzimhez megfelelő szubsztrátot (azaz az enzim számára felhasználandó anyagot) adva színes, oldhatatlan csapadék keletkezik. Így az elsődleges antitestet - meglehetősen közvetett módon ugyan - ismét láthatóvá tettük. A módszer hátránya, hogy macerásabb (bár ma már nem is), de nem kell speciális mikroszkópokkal világítgatni, és minőségét csaknem korlátlan ideig megőrzi (a fluoreszcens jelölés idővel tönkremegy, pláne ha mondjuk kitesszük a napra). Így látjuk, hogy a keresett anyag jelen van-e a sejtekben, ha igen, akkor hol, és a fluoreszcencia intenzitásból következtetni lehet a mennyiségére. Szofisztikáltabb módszerekkel élő sejteben az anyagok mozgása is megfigyelhető, lehet mérni különböző fehérjék távolságát is (és még sok mindent).

A western blot lényege, hogy a fehérjét kitisztítjuk a sejtből (mindet), a fehérjéket tömeg szerint szétoszlatjuk egy gélben elektromos áram segítségével, majd a fehérjéket egy fóliára visszük át, és itt végezzük a jelölést az antitesttel. A másodlagos antitesten szintén tormaperoxidáz van, de most olyan reakciót végeztetünk vele, ahol fény keletkezik. A fény pedig fotópapíron nyomot hagy, így gyakorlatilag le tudjuk "fényképezni" a fehérjéket. Mennyiség meghatározására pontosabb a hagyományos immuncitokémiánál (szöveten hisztokémia), de nem ad információt arról, hogy az anyag hol volt a sejtben (ha előtte a sejt egyes alkotóit szeparáljuk, és azután tisztítjuk a fehérjéket, ilyen információk is szerezhetők).

ELISA reakció esetében (enzyme-linked immunosorbent assay) a vizsgálatot egy kis térfogatú edényben végezzük, az enzim által létrehozott reakciótermék színintenzitásából következtetünk mennyiségre; talán a legpontosabb módszer, de csak oldatokkal működik.

Radioaktív jelölés is lehetséges (radioimmunoassay), így akár PET vizsgálatok is kivitelezhetőek (PET-tel élőlényekről kaphatunk 3D képeket, kimutatja, hogy hol van a testben az antitest; ma még nem elterjedt módszer). Természetesen ezeket kombinálni is lehet. Sok cég fejleszt mindenféle hasonló dolgokat, az alapelv ugyanez: az antitest specifikus kötődése. Másik cél, a kutatóból pénzt kihúzni a gyorsan és könnyen elérhető fantasztikus eredmény reményében. A diagnosztikában természetesen előny a gyorsaság. Mostanság a kutatásban is, hiszen verseny van. Állítólag a jó munkához idő kell. Én egy immuncitokémiát 2 napig csinálok, de meg lehet csinálni egy délelőtt alatt is (adott esetben pár óra). A "lassabb" módszer általában szebb eredményt ad. A módszer(ek) nagyon egyszerűnek tűnnek. De ezeket beállítani, optimalizálni, megtalálni a legjobb kivitelezési körülményeket, az sok idő. És nem is mindig sikerül.

Viszonylag új módszer például az a megoldás, ahol az antitestek egy "lapra" vannak kötve, erre ráöntjük a vizsgálni kívánt anyagot, elvégezzük a jelölést, és a pozitivitást foltok jelölik. Ennek a módszernek előnye, hogy egy vizsgálati anyagból (ez itt csak folyadék lehet) egy menetben akár 5, 10, 30, akárhány mérés elvégezhető.

Ennek a fordítottja, mikor több mintát "pakolunk egybe", és egy menetben egy antitesttel egyszerre 10-20-30 mintán végezzük el a reakciót. Itt természetesen nagyon fontos a reprezentatív mintavétel. Egy adott szövetből egy 2 négyzetcentiméter felületű metszeten jobban megítélhető az eredmény, mint egy 4 mm átmérőjű szövethenger metszetén. Megint: az idő pénz? Jó munkához idő kell? Legyünk maradiak, és bízzunk a jól bevált módszerekben, vagy haladjunk a korral, és dolgozzunk fel óriási mennyiségű mintát pillanatok alatt?

Azt gondolom, a diagnosztikában igen/nem döntéseket kell hozni, azaz a keresett dolog vagy ott van, vagy nincs. A kutatót az is érdekli, hogy pontosan hol van, mennyi van. A kutató az eredményeit tudományos folyóiratokban közli. Fotót mellékel az eredményről. Nem tudom, ki hogy van ezzel, de szerintem fontos, hogy az ember igényes fotókat közöljön. A folyóirathoz beküldött anyag bírálói is biztosan jobban örülnek egy szép képnek, mint egy maszatos szakadt metszetnek, ami foltos, és épphogy kivehető rajta a jel. Vagy épp nem támasztja alá a fotó a mellékelt szöveget (sajnos sok ilyen van...). Hát én is hogy bízzak meg abban az adatban, amihez a mellékelt képen nem látom, hogy amit látni kellene, az valóban ott van?

 

Kitek: a kedvenceim. Ezeket szintén cégek gyártják (mekkora megállapítás!!), céljuk, hogy adott összegért vegyél meg egy doboznyi reakciókelléket, csináld meg azt, ami a mellékelt papíron van, és kész a pompás eredmény pikk-pakk. Igen, ezek sokszor jók. Különösen ott lehet áldásos, ahol az adott vizsgálatot nem végzik, de néhány vizsgálatot mégis el kell végezni. Nem kell venni egy liter festékoldatot (pláne nem kell összeállítani), hanem mellékelnek 10 cseppet, ami 50 vizsgálatra elég. Nem kell érteni hozzá, nem kell tapasztalat, rutin, semmi. Öntsd "A"-t "B"-be,öntsd a mintára, várj 5 percet, mosd le vízzel, add hozzá a "C"-t 10 perc, mosd le és kész. A kísérleti patkány is meg tudná csinálni, ha nagyobb lenne a keze. Nem, nem szeretem őket. A gyártó gondosan ügyel arra, hogy ne tudd meg, miből készült. A gyártó tesztelési körülményei közt biztosan pompásan működött. De máshol nem feltétlenül működik. És ha nem megy, nem lehet tudni, hogy hol kellene belenyúlni.

Olyan ez mint az instant kakaópor. Vagy veszel kakaót (amilyet szeretsz), cukrot (amilyet akarsz), összekevered (olyan arányban amit szeretsz), felöntöd tejjel. Vagy fogod az instant kakaóport, ráöntöd a tejet, "oszt" lesz amilyen lesz. (Ha van cukor meg kakaó, akkor utólag korrigálható, sajnos csak a kakaó...) Sosem tudni előre, hogy amit megveszünk, az milyen lesz. Hogy a mi laborunkban hogy fog működni. Érdemes beszélni olyanokkal, akik már használták. Van persze olyan kit, amitől már én sem tudok elszakadni. Mert egy jó ötletet kihasználva tényleg nagyon gyorsan, tényleg nagyon jó eredményeket produkál. Ezeket persze meg is kell fizetni. Van ami gagyi, vagy pedig már pont fényűzés.

A sejttenyésztéssel foglalkozó bejegyzésben írtam a sejtszámolásról (Bürker-kamra, tripánkék festék). Erről valószínűleg sosem fognak leszoktatni. Baromiolcsó, baromigyors, baromipontos és nem kell hozzá áram. Egyszer "megvertem" egy sejtszámológépet.

Egy pénzes intézetben volt szerencsém dolgozni, egy kollégával épp a sejttenyészet indítását ismertettem. Mikor kinyerjük a sejteket, meg kell számolni, hogy mennyi van, az alapján tesszük ki őket a tenyészedényekbe a megfelelő mennyiségű tápközeggel. Hát volt sejtszámológép, hozzá sejtszámoló kit. Egy speciális tárgylemez ment bele, meg valami jó fantázianevű kék festék, ez mellékelve van a kitben (teszem azt 100 sejtszámolásra). Gyanítom, hogy tripánkék az is, csak 2x-5x áron. A lényeg, hogy én is kíváncsi voltam rá, csak be kellett pipettázni egy kicsit a sejtszuszpenzióból (sejtek a médiumban), és már köpte is ki, hogy 15 millió. (Aha, persze, gondoltam...)

Igen, itt jön ki a probléma (vagy csak én domborítom ki). A kolléga még csak akkor ismerkedett a sejtkultúrák indításával, tehát simán elhitte. Ez nem is baj. Én viszont tudtam, hogy a kiindulási szövetből csaknem lehetetlen, hogy ennyi sejt legyen. Végül kitettünk valamennyit egy tenyészedénybe, és mikroszkóp alatt láttuk, hogy tényleg nincs annyi, jó ha 3 millió van. Ha nem oszlatjuk szét egyenletesen a sejteket a médiumban, és kiszippantunk egy nagyobb sejtcsomót, a gép kiadja, hogy az egész mintában rengeteg a sejt (pláne ha koszokat, egyéb törmelékeket is beleszámol, mert a gép nem tudja, hogy mit kell nézni). Ha kézileg csináljuk, a Bürker kamrában mikroszkóppal látszik, hogy a sejtek eloszlása nem egyenletes. Ilyenkor "felkavarjuk" a löttyöt, és újra mintát veszünk. Ezt a gép nem tudja. A gép 30 másodperc alatt számol, és nem tudja, hogy tévedett. Én 45 másodperc alatt számolok, látom ha tévedek (legalábbis többször mint a gép), és meg is néztem a sejteket.

Hát, mit mondjak. Mindig mindent alaposan meg kell vizsgálni, utána kell érdeklődni, ki kell próbálni. Ha jó, használjuk, mert jó. Ha nem jó, ne erőltessük.

 

Vizuálisoknak:

az elvet bemutató videot csak ELISA-ról találtam:

Immunhisztokémia (unalmas):

western blot:

 

Címkék: kutatás antitest tudományos folyóirat sejtkultura immuncitokémia western blot

2 komment

VegySzerda

VasMacska 2011.03.23. 19:48

   Na, az utóbbi két nap volt mit csinálni! És a holnap sem az unatkozás jegyében telik. Minden nap 8-ra megyek, ez már elég durva. Az immuncitokémia és immunhisztokémia mellett a Western blot módszere is fehérjék kimutatására szolgál. Előbbiek erőssége, hogy megmutatják egy-egy anygról, hogy a sejten belül pontosan hol találhatók, utóbbi pedig a fehérje mennyiségére enged következtetni. A kettő talán kiegészíti (és megerősíti) egymást. Mindkét módszer lelke az antitest, amint az korábban említésre került. És az is, hogy ezekkel mostanában sok bajunk van.

   De nem baj, mert a WB-hoz (ez mostantól a Western blot neve, részletek később - mindig ezt mondom) most vettünk új, nagyon szuper antitestet. Nem is húzom tovább a feszültséget, a lényeg, hogy semmilyen jelet nem sikerült kapnunk. Ez persze még nem tragédia, azt gondolom, belefér, de ha a tizedikre sem lesz semmi, azt már aggasztónak fogom találni. Ismétlés folyamatban, apró változtatással (ami nem is biztos, hogy olyan apró) holnap majd (megint) kiderül.

   Aztán volt sejttenyészet indítás délelőtt, sikerült is sejteket kinyerni, indult is kultúra, pár nap/hét múlva meglátjuk, mi lesz belőle. Aztán délután még kaptam anyagot, szintén tenyészet indítására. Általában egyik nap indítom a procedurát. A sejtek kiszabadításához két enzimes kezelést használunk. Az elsőt leggyakrabban egy éjszakán át hűtőben, és reggel lehet folytatni. Ma délelőtt a tegnap délutánit folytattam. A mait viszont lenyomtam egyben, mert félő, hogy holnap erre nem lesz időm.

   A Sejttenyésztés c. írásban utaltam arra, hogy egy időben statisztikákat vezettem az indításokról. Akkor vizsgáltam azt is, hogy van-e szoros arány a kapott szövetminta mérete, és kinyerhető sejtszám között. ("Micsoda hülyeség, jóhogy van!" gondolhatnátok, de mivel én csak azt hiszem el, amit tapasztaltam, csak megvizsgáltam. Igen, persze hogy van. Egy nagyobb darabból több sejt nyerhető ki. De az összefüggés ennyi. Pontosabban egy jóval nagyobb darabból több.) Nincs olyan szoros korreláció, mint azt várnánk.

   Régebben próbálkoztunk azzal, hogy egy nagy műtét előtt jeleztük az igényünket a szövet iránt. Párszor kaptunk "hatalmas" darabokat, a reményeink is hatalmasak voltak, és a végén hatalmasakat cumiztunk, hatalmas idő-és vegyszer-kidobások képében. Nem volt olyan hatékony, mint vártuk. Így ma már ezt nem nyomjuk.

   De miért is írok most erről? Időnként véletlenszerűen kapunk egy kis szövetet, amiből indítunk, és az időnként sikerül. Időnként így, időnként úgy, időnként sehogy. A mai második nem volt piskóta. Látszólag egy teljesen "szokványos" szövetdarabka. A végére több mint 10 millió élő sejt volt a flaskákban; máskor az 1 milliónak nagyon örülünk.

   Miért lehetett ez most ilyen jó? Talán mert az eltávolítás után azonnal nekiláttam (pár órát mindig antibiotikumos-oldatban van, a kórokozók gátlásának céljából), bár máskor is volt már ilyen. Talán azért, mert most nem hagytam ott az első enzimben éjszakára, hanem végigcsináltam a procedúrát. Ez biztosan kellemesebb a sejteknek, nem éheznek, fáznak éjszaka, hanem pár óra alatt kellemes tápfolyadékban vannak kellemes melegben. De máskor is csináltam már így, és nem volt kiemelkedően jó eredménye.

   Ha pesszimista lennék, azt gondolnám, azért lett hirtelen ennyi sejt, és ezért is fognak megmaradni, és nőni, mert épp kevés médiumunk van ezen sejtek számára. De nem baj, kitolok én velük, ennyi most úgysem fog kelleni, de jöhet még szűkös idő; hát fagyasztom őket!

   Holnapra marad még egy génexpressziós vizsgálat, a már izolált RNS-ből tegnap elkészült a cDNS, holnap vizsgálat. Ezt akkor tervezem is, ennyit mára.

Címkék: kutatás antitest rns pcr sejtkultura génexpresszió immuncitokémia western blot

Szólj hozzá!

RT= real time= reverz transzkriptáz=rohadt tetű

VasMacska 2011.03.21. 17:40

   A hétfő reggelek általában kaotikusak. És éppenhogy túlélhetők. Ma nekem nem ilyen volt. A sejtek, melyekkel dolgoznom kellett volna, nem nőttek fel annyira, hogy elkezdhessem a munkát. Ezért ma csak megetettem őket. A nemrég indított tenyészet nem indult el, mindenki kidöglött, így kuka lett. Majd lesz új szövetminta, abból megint lehet próbálkozni.

   Egy időben statisztikát vezettem a sejtkultúrák indításának sikerességéről. Mindent felírtam. Az eredmény az lett, hogy ha egy szövetből akar tenyészet lenni, akkor lesz. Akkor is, ha a szövetet ledobjuk a földre, a cica felnyalja, kivesszük a szájából, lesavazzuk, és úgy folytatjuk. Ha pedig nem óhajt a szövet sejttenyészetté válni, a legnagyobb odafigyelés, kímélet és sterilitás ellenére sem fog elindulni. Összességében 70%-os hatásfok jött ki, azaz 10 próbálkozásból 7 sikerül. Átlagban. Tehát lehet, hogy 10-ből 10 nem sikerül, majd 70 igen. :-) Vagy valamit nem vettem számításba, ez mindig benne van...

  A sejtek ezzel eldöntötték egyben azt is, hogy a hétvégén munka lesz. A legjobb lett volna, ha ma tartom meg a hétvégét, hétvégén meg dolgozok. De sajnos meg kell felelni a főnöknek, aki szerint hétfőtől péntekig dolgozunk, és a sejteknek, akik szerint bármikor.

   Génexpressziós vizsgálatok kedvelt módszere a (q)RT-PCR. A vizsgálat során azt nézzük, hogy adott körülmények között, adott sejtben éppen mely gének működnek, és mennyire. Erről már írtam korábban. Összefoglalva még egyszer, röviden. A centrális dogma szerint az információ terjedésének iránya a sejtekben: DNS→RNS→fehérje. A DNS-en minden információ ott van. Amire éppen szükség van, annak a kódjáról készül egy (m)RNS-másolat, és az RNS alapján készül el a sejtek plazmájában (azaz a sejten belül, de a magon kívül) a fehérje. Ha megnézzük a sejtben található RNS molekulákat, akkor képet kaphatunk arról, hogy a sejt éppen mit csinál. Durva példával: ha kajál, akkor az energianyerő folyamatokhoz szükséges enzimek (minden enzim fehérje) RNS-eit találjuk, ha a DNS károsodott, a javítófehérjék RNS-ei jelennek meg (ha a javítófehérje DNS-en található kódja sérült, akkor cumi van???*), ha pedig öngyilkos program fut, akkor ennek végrehajtására szakosodott fehérjék felépítéséhez szükséges információt tartalmazó RNS-eket találunk. (Hangsúlyozom, a példa nagyon nagyon szélsőséges. Bizonyos fehérjékre folyamatosan szükség van; a fehérjék folyamatosan keletkeznek és bomlanak. Amikor azt mondjuk, hogy a sejtben valami állandó, azt úgy kell érteni, hogy ugyanannyi keletkezik, mint amennyi lebomlik. Ezt később fontos lesz tudni.)

   Tehát a sejtekből már kinyertük az RNS molekulákat, már csak meg kellene tudni, hogy melyikből mennyi van. Erre szolgál - többek között - a ma igen divatos, de tényleg nagyon jó RT-PCR. A PCR (polimeráz láncreakció, részletek később) egy DNS-darab felsokszorozására képes nagyon egyszerű reakció. Ahogy a sejtekben sejtosztódás előtt egy enzim megduplázza (azaz lemásolja) a DNS-t, ha elhitetjük az enzimmel, hogy a sejtben van, biztosítjuk számára az optimális munkakörülményeket, egy műanyagcsőben is meg tudja duplázni a DNS-t. Ha egy darabot megduplázunk, 2 lesz. Ha kétszer duplázzuk, négy, ha 30-szor, akkor 1 073 741 824 darab. Ennyi DNS-sel már kényelmesen lehet dolgozni, lehet méregetni. A baj csak annyi, hogy a PCR-t működtető DNS-polimeráz csak DNS-t tud másolni, nekünk meg RNS-ünk van. A centrális dogma szerint viszont RNS-ből nem lesz DNS.

   Szerencsére mindig akadnak "nemnormális" kutatók (vagy szerencsések), akik szembe mernek menni az elfogadott tényekkel. Egy Howard Temin nevű kutató leírta (1975-ben Nobel díjat kapott), hogy bizonyos vírusok (ilyen pl. a HIV is) genetikai állománya nem DNS hanem RNS, és rendelkeznek egy enzimmel, amely az RNS-ből képes DNS-t írni. Ez a DNS aztán képes beépülni idegen elemként a gazdasejt DNS-ébe is. De ez már nem tartozik ide. A lényeg, hogy van enzim, ami megoldja a problémánkat, lehet RNS-ből DNS-t írni. Az enzimet reverz transzkriptáznak nevezzük. Természetesen a centrális dogma ezzel meg is dőlt, de legalábbis a hatásköre jelentősen lekorlátozódott. A laborokban természetesen nem vírusból kiszedegetett enzimet használunk, hanem fehérjemérnökök által tökéletesített, nagy mennyiségben termeltetett mesterséges reverz transzkriptázt, ami az RT-PCR-hez lett tökéletesítve. Tehát nincs más dolgunk, mint az enzimnek optimális körülményeket biztosítva az RNS alapján DNS-t íratunk, azt PCR-rel felszokszorozzuk, és lehet méregetni, majd meghatározni, hogy mi folyt a mintavétel időpontjában a sejtben. Az RT rövidítés tehát jelentheti, hogy Reverz Transzkriptázt használunk. Jelentheti, hogy Real Time, mert biz. PCR reakció kivitelezésekor a reakció során nyomon tudjuk követni, hogy éppen hogy áll a sokszorozás. Ha egy RNS-ből sok volt a sejtben, a sokszorosítás intenzívebb, ha csak egy példány volt, akkor a sokszorozás lassabb, ha az adott RNS nincs jelen, nincs sokszorozás. És ha nem működik, akkor Rohadt Tetű PCR... (Ezt a "poént" egy PCR-reagenseket és eszközöket áruló értékesítési képviselőtől (=kofa) hallottam).

  És ha már szóba került a munkaidő. A kutatók alapvetően ugyanolyan dolgozók, mint az autószerelő, pincér, pilóta, portás. Valamennyit dolgozniuk kell, és ezért valamennyi pénzt kapnak. Nem olyan sokat, mint azt gondolják az emberek. Engem egyszer a csempéző melósok kiröhögtek (pontosabban azóta, mióta beszélgettünk, ha újra találkozunk mindig kiröhögnek, és joggal amúgy), miután kiderült, hogy én mennyit kapok, és ők mennyit kapnak. Végülis, ha komolyan belegondolunk mi is van? Ők is mi is kávézgathatunk, cigizgethetünk, lófrálgathatunk munkaidőben. Ők néha 25-30 m magasságban deszkákat hurcolnak az épülő tetőn, hegesztenek, ásnak egész nap; mi vérmintákkal dolgozunk, mínusz 194 fokos nitrogénben turkálunk, vagy vírusokkal játszunk. Ha ők elrontják, az életekbe kerülhet, ha mi elrontjuk, a főnök leszid, mert elment 2 év és pár millió Forintnyi anyag. Na, mindegy is, nem erről akartam írni (de még írhatok). Elvileg tehát fix munkaidő van. Van olyan főnök, aki ezt be is tartatja. Ha a főnök esetleg maga is kutat(ott), akkor tudja, hogy a munkaidőt nem kell szigorúan venni. Az igazi kutató úgyis, magától többet dolgozik a heti 40 vagy akárhány óránál. Az élő rendszerek nem 8-tól 4-ig működnek. Én utálok reggel 8-ra bemenni, csak azért, mert mindenki 8-ra jár. De sosem húzom a szám, ha este 8-ig, 10-ig bent kell lennem (a "rekordom" reggel 8-tól éjjel 2-ig, de ez még simán megdönthető és megdöntendő), vagy be kell menni hétvégén, vagy ünnepnapon.

   Időnként lehet úgy intézni (ha az objektumok is úgy érzik), hogy hétvégén ne kelljen bemenni. De amikor hajtás van, vagy csak elkapja az embert a "csináljuk!" akkor simán becsúszik egy pár hétvége, vagy későig tartó bent maradás. Ugyanakkor azt gondolom (és ez a "kisfőnökömnek" nem tetszik, de nem érdekel), hogy ha két nap egymás után 8-tól este 10-ig csináltam, de a harmadik napra "semmi dolgom" (azaz fizikai teendő nem maradt) akkor nem megyek be. (Dögfáradtan, lógó béllel és aggyal már inkább csak kárt okoz az ember, mint munkát végez.)

   Aztán számításba kell venni azt is, hogy attól még, hogy az ember letette a pipettát, vagy a lombikot, esetleg a geológuskalapácsát, az agya még lehet a "munkahelyen". Agyalás, elemzés, utánaolvasás, grafikonok szerkesztése, tervezés, átértékelés, összehasonlítás, magyarázás. Néha, mikor csinálok valamit, valaki megkérdezi: "Mikor leszel kész?". Hát, azt hiszem, erre a korrekt válasz az, hogy "Soha". Soha nem lesz olyan, hogy "Igen, most már mindent tudunk".

Címkék: kutatás gén munkaidő rns pcr sejtkultura génexpresszió

Szólj hozzá!

Fagyos-tüzes péntek

VasMacska 2011.03.18. 14:50

   Ma sem volt az az agyonerőltető nap. Kollégákkal átbeszéltük az eddigi eredményeket, megjelöltük a folytatás irányát. Ehhez kellenek még sejtek is, de mivel ezek a kísérletek nem sejtvonalon folynak (ami ugye mindig van), és épp nincs "rendes" sejtünk, ezért fagyasztásból kellett felvenni sejteket (ld. korábban). Az ember elmegy a folyékony-nitrogénes tartályhoz, kiemeli a dobozt, amiben a fagyasztott jószágok vannak, kiveszi ami kell. Aztán gyors olvasztás, sejtszám- és életképesség meghatározás, majd flaskába pakolás médiummal.

   Volt egy tűzvédelmi oktatás is. Az épületben megtörtént a tűzjelző rendszer modernizációja. Ezt beszéltük át a kivitelezők egyik munkatársával. A rendszer nagyon jó, már-már sci-fi-be illő, egy gondja van. Ha nem figyeli valaki napi 24 órán át (folyamatosan), akkor a téves riasztás megy a tűzoltókhoz, akik valószínűleg morcosak lesznek, ha kivonulás után kiderül, hogy téves riasztás volt. Azt már csak mellékesen jegyzem meg, hogy azon a részen, ahol a laborok vannak, és én is dolgozom, a rendszer tesztelésekor kiderült, hogy a riasztásból semmit sem hallunk. Végülis a kutató nem fog hiányozni senkinek... :-) Komolyra fordítva, ha történik valami fejlesztés, azt tapasztalom (mindenféle téren, legyen az könyv, film, épület, játék, neaggyisten kormány), hogy az emberek főként a negatívumot domborítják ki, és nem örülnek annak az aprócska ténynek, hogy valami egy picit jobb lett. Természetesen nem állítom, hogy a fejlesztés minden esetben jó irányba történik. És jelen esetben az is igaz, hogy egy tűzvédelmi rendszer vagy legyen tökéletes, vagy mindegy.

   Nem írtam még a sejtszámolásról. Ez egy nagyon egyszerű és gyors folyamat, amivel sokan nincsenek teljesen tisztában (azok közül, akiknek kellene), vagy nem is használják. Pedig tényleg szinte semmibe nem kerül, és nagyon hasznos. Mivel már van egy Sejttenyésztés bejegyzés, és ez oda tartozik, a módszer leírását oda fogom pótolni, hátha valakinek még jól jön.

Címkék: kutatás folyékony nitrogén dnsafazekban sejtkultura

Szólj hozzá!

DNS - RNS - fehérje

VasMacska 2011.03.17. 20:41

   Ma elég tingli-tangli napom volt. Az éhes sejteket megetettem, és indítottam egy új kultúrát. Az indítás végén, mikor a sejtek már ki lettek nyerve a szövetből, meg is vannak mosva, és médiumban vannak, mielőtt a tenyésztőedénybe tesszük, meg is számoljuk őket. Egyrészt, hogy tudjuk, mit várhatunk az indítástól. Másrészt, hogy x mennyiségű sejtnek mennyi letapadási felületre lesz szükségük (mekkora flaskába tegyük, vagy mennyibe), illetve mennyi médiumot kapjanak. Hát majd az összes sejt döglött volt, úgyhogy kis flaska, kevés médium, hátha lesz belőle valami.

   Esett szó az RNS-ről. De mi is ez? Kezdjük talán a legelején!

   A mindent mozgató, mindent uraló, mindent szabályozó és mindent meghatározó molekula a DNS*. A felépítése roppant egyszerű (a természet általában az egyszerűségre törekszik, talán mert a legegyszerűbb a legjobb): egy cukormolekulákból és foszfát-ionokból álló "gerinchez" kapcsolódnak egymás után a genetikai kódot jelentő nitrogén tartalmú szerves bázisok (ezek A, C, G és T). Tehát van egy tartószál, amin a kód van rögzítve. A kódot a nukleotidok (nukleotid a cukor-foszfát elem egy hozzá kapcsolt bázissal) sorrendje adja, a leolvasás hármasával történik.

   Mit kódol? Aminosavakat. A fehérjék 20 féle aminosavból épülnek fel, a fehérje minőségét, tulajdonságait, működését az aminosavak sorrendje határozza meg. Ez a sorrend pedig a DNS-en van, minden egymás után következő aminosavat a nukleotidok hármasával alkotott kódja határozza meg. Pl. A DNS-en az "ACG" kód a treonin nevű aminosavat kódolja. Nyilván a négy nukleotid bázis hármasával csoportosítva, úgy, hogy ismétlődések is lehetnek, több, mint 20 aminosavat kódolhatna. De ez nem így van, hanem úgy, hogy ugyanaz az aminosav több kóddal is rendelkezhet (példánkban a treonint jelentheti az ACA és ACC kód is), illetve van néhány "stop" kód (pl. UAA), ami az olvasás végét, egyben a fehérjelánc végét jelenti. Van egy start kód is, ami pedig nyilván a kezdő aminosavat adja meg, ez az "AUG" (metionin).

   A DNS (ha csak mondjuk többsejtű élőlényekről beszélünk) duplaszálú, ez a két szál alkotja a jól ismert kettős spirál formát. Kívül fut a cukor-foszfát gerinc, befelé néznek a bázisok. Ezek egymással össze is kapcsolódnak, ez tartja össze a két szálat. Az "A" csak "T"-vel, "C" csak "G"-vel párosodik. A jelenséget komplementartitásnak nevezzük; eredményeképp egy szál szekvenciájáról kitalálható a másik szálé (pl. ATTGCT párja TAACGA lesz). Ez jól jöhet sérülésnél; ha az egyik szálon az információ sérül, a másik szál alapján javítható.

   Mint korábban szintén említettük, a DNS szigorúan védett molekula, a sejtek nagyon vigyáznak rá. A "fejlettebb" sejtek (ma már szinte minden sejt, de a bacik pl. nem) egy védőburokba zárják; ez a sejtmag. A sejtmagba az anyagok be- és kijutása szigorúan szabályzott. A DNS onnan soha nem jön ki. A fehérjéket elkészítő rendszer azonban a magon kívül van, a fehérje felépítéséhez szükséges információnak valahogyan ki kell jutnia.

   Erre szolgál a másik nukleinsav, az RNS. Ez egy viszonylag instabil, érzékeny, ideiglenes DNS-másolat, ami némi egyéb információval a DNS-ről csak az épp felépítendő fehérje kódjának másolatát hozza ki a magból. Aki figyelt, feltűnhetett, hogy a DNS-en levő kód A, C, G és T jelekből áll, míg a stop kód UAA. Ez ezért van, mert az RNS molekulán a "T-"-t "U" helyettesíti.

   Az információ áramlásának útja tehát, a korábban kőbe vésett tényként kezelt "centrális dogma" szerint: DNS→RNS→fehérje. Ez persze azóta megdőlt, de erről majd később. Sokkal később. :-)

   Mire használhatjuk a sejtből kitisztított RNS-t? A sejtben éppen jelen lévő RNS molekulák meghatározásával meg tudjuk mondani, hogy a sejt éppen milyen fehérjéket épít. Ebből pedig elég gyakran következtetni lehet arra, hogy éppen mi az ábra a sejteknél. A módszert génexpressziós vizsgálatnak nevezzük. Ugyanis minden egyes sejtben ott van ugyanaz a DNS, ami minden egyes gént hordoz, ami az adott élőlény életéhez kellhet. Azonban az is nyilvánvaló, hogy nem mindegyik gén működik ugyanolyan szinten minden sejtben. Az idegsejt például termel olyan anygokat, amiknek a segítségével más idegsejtekkel kommunikálni tud, viszont ugyanzt nem termeli egy izomsejt, aminek a feladata az összehúzódás. Tehát a lehetőség minden sejtben megvan mindenre, de minden sejt csak azt a részt használja, ami neki éppen kell. Izgalmas és kutatott kérdés, hogy az adott sejt honnan tudja, hogy neki mit kell csinálnia. Ha egy gén (fehérjét kódoló DNS-szakasz) átíródik, és RNS lesz belőle, majd fehérje, azt mondjuk, a gén expresszálódik. Ha ugyanez a DNS-szakasz egy másik sejtben össze van csomagolva, és el van rakva az ágy alá, akkor a gén "csendben van". Leegyszerűsítve* valahogy így működik ez.

 

 

* Nagyon leegyszerűsítve. A DNS szerkezetének leírása után (Watson J. D., Crick F. H., Nature 1953.) nagy boldogság következett, azt gondoltuk, most már mindent tudunk. Szintén csalódás volt a Humán Genom Projekt kivitelezése után (2000.); ennek során meghatározták az ember DNS-ének bázissorrendjét (pontosabban néhány emberét). Azóta azonban kiderült, hogy nem magyarázható tökéletesen minden működés a DNS-en kódolt információkkal, például részben az sem, hogy a DNS-ről az információk kifejeződését mi szabályozza. A Genom Program eredményeként kiderült, hogy az emberi DNS-en kb. 30.000 gén van kódolva (ennél jóval többet vártak, 80.000-et, 200.000-et). A fent leírtakat helyes tehát úgy tekinteni, mint Newton törvényeit. A hétköznapokban nagyon jól használhatók, de nem tükrözik a teljes valóságot. A DNS szerkezetéből következő információkon "kívüli" információkkal az epigenetika foglalkozik.

Ezen kívül a DNS-en igen sok olyan szekvenciát ismerünk (sőt, ez van többségben), melynek értelmét jelenleg nem, vagy nem pontosan ismerjük. Ezek a "nem kódoló" szakaszok. Egyesek szerint kihasználatlan (felesleges evolúciós?) maradék. Én személy szerint azt gondolom (és talán illendőbb is a természettel szemben), hogy mivel a természetben semmi sem túl kevés, és semmi sem felesleges, ezeknek a DNS-szakaszoknak is fontos szerepük van, csak - ne szépítsük - fogalmunk sincs, hogy mire valók.

 

Vizuálisoknak:

A DNS szerkezetéről:

"Mesefilm" az információ áramlásáról, a kód megvalósulásáról:

Végül egy több részletre kiterjedő, de egyszerű animáció:

Címkék: kutatás gén rns dnsafazekban sejtkultura génexpresszió

Szólj hozzá!

Eredmények napja - rendfokozatok

VasMacska 2011.03.17. 00:14

   Ma meglettek a hétvégi kísérletek eredményei. Örülünk, nagyjából az jött ki amit vártunk. Mint korábban említettem, ezek a tesztek korábbi, nem túl szép eredményeket adó vizsgálatok ismétlései. Ezúttal jó eredmények jöttek ki. Az SR növekvő dózisai növekvő sejtpusztulást okoztak, az I61 - úgy tűnik - védelmet nyújtott a sejteknek. Erről korábban esett már szó. Röviden ismét összefoglalva és kiegészítve:

   Az SR egy károsító hatás (nem "SR" a valódi neve, de ugye nem adom meg a kutatások témáját), amellyel életünkben gyakran összefutunk. Rongálja a DNS-t. A DNS-en tárolódik minden információ, ami az életünkhöz kell. Egy filozófikusabb napomon majd írok erről bővebben. :-) Ha a DNS maradandó károsodást szenved, ezzel véglegesen sérült a genetikei információnk. Ha egy sejtünkben mondjuk egy életfontosságú gén kódja szenved káros sérülést (van "semleges" sérülés is, sőt, pozitív, ez működteti az evolúciót, és elvileg emiatt haladunk a tökéletesedés felé), a sejt elpusztul. Na bumm, mi van akkor, "had hulljon a férgesse". Ha azonban mondjuk a sejt osztódását szabályozó rendszer egy génje sérül, teszem azt, ami gátolja a sejtek túlzott mértékű osztódását, a sejt elkezd kontrollálhatatlanul osztódni - daganat alakul ki.

   A DNS ezért szigorúan védett molekula. Károsodásainak javítására több rendszer létezik, melyek elég jól is működnek. De azért ha nem muszáj, ne tesztelgessük a javítórendszer határait. A javító rendszer, pontosabban a DNS-károsodást figyelő rendszer egyik tagja a "DKIG" (ez sem DKIG, de hívjuk így). Szerepe van a károsodás utáni események szabályzásában. Elindítja a javítórendszert, a javítások befejeződése előtt nem engedi a sejtet osztódni (ezzel gátolva a hibás genetikai anyag másolódását), vagy ha a károsodás javíthatatlan, elindítja a sejt önpusztító programját (ezt nevezzük apoptosis-nak). 

   A megfigyelés, hogy egy "I61" (gondolom felesleges leírnom, hogy nem I61) nevű anyag, ami egy receptor ligandja, hatására a sejtben megnő a DKIG, ezzel mintegy tuningolva a sejtet az esetleges károsodás utáni gyors válaszra (mondjuk, hogy felpáncélozza a sejtet). Az egyik célunk, annak igazolása, hogy ez valóban így történik, valóban megtörténik az I61 hatására a DKIG szintjének emelkedése, és valóban az I61 hatására. A másik, vizsgálni, hogy ez milyen hatással van a sejtekre (mégiscsak egy mesterséges beavatkozást végzünk!).

   Az egyik teszt arról szólt, hogy sejteket tettünk ki különböző dózisú SR-nek, azt vártuk, hogy az emelkedő SR dózisok emelkedő sejtpusztulást eredményeznek. Ez így is volt. Ebben még semmi új felfedezés nincs, csak annyit tudtunk meg, hogy az SR hatásának mérésére a módszerünk jó.

   A másik kísérletben a sejteket I61-gyel kezeltük, vélhetően hatásos dózisban. A sejtek egy része SR kezelést is kapott. Mit vártunk? Jobb túlélést SR után. Mit kaptunk? A tesztek egy részénél jobb túlélést. Ez mindenképp bíztató. Az unalmas részletekből legyen ennyi elég mára, nézzük, hogy működik a kísérleti eredmények elfogadása. Remélem, hogy itt csak saját rossz tapasztalatokat írok le, nem az általános valóságot (pedig feltehetően de...)

   A kutató kitalálja, hogy mit akar kutatni (jobb esetben; rosszabb esetben megmondják neki, legrosszabb esetben azt is megmondják, hogy minek kellene kijönnie). Felállít egy hipotézist, azaz egy feltételezést, hogy a vizsgált dolog hogyan is működhet. Aztán erre elkészít egy modellt, melynek segítségével kísérletekben megpróbálja igazolni, hogy az van, amit gondolt. Ha a kísérletek azt az eredményt hozzák, hogy igen, az van, akkor jó. Ha nem az jön ki, akkor ismételni kell. Ha megint nem az jön ki, valamin változtatni kell, át kell nézni az egész kísérleti rendszert, megint megpróbálni, és így már az jön ki. Akkor jó. Ha így sem az jön ki, akkor ezt még lehet csinálni nagyon sokáig, nem írom le, képzeljétek el. Aztán egyszer megunja az ember, és azt mondja, hogy ez nincs így. A lényeg az, hogy mindkét eredményt publikálni lehet.

   Ennek mi az értelme? Ha a hipotézis beigazolódott, a kutatóközösség elé lehet tárni egy addig ismeretlen jelenség magyarázatát. Ha nem az jön ki, a kutatóközösség elé lehet tárni, hogy ezt így ne csináljátok, mert zsákutca. Mindenképp van belőle publikáció, ami jó, mert híresebbek leszünk, előrelépünk a ranglétrán és a főnök megveregeti a vállunkat, esetleg pénzt is ad. De erről már volt szó.

   Publikálásra általában akkor kerül sor, ha a megállapítást tényszerűnek vehetjük. Akkor vehetjük tényszerűnek, ha"a kísérletet háromszor elvégeztük hasonló eredménnyel", és "az ábrákon a tipikus eredményeket közöljük". Hmm. Sokszor a három hasonló eredmény 10 próbálkozásból sikerül. Tudok olyanról, aki szívbaj nélkül leírta, hogy háromszor elvégeztük a kísérletet ugyanazzal az eredménnyel, mikor tudom, hogy egy kísérletet végeztünk (nem a jelenlegi munkahelyemen). És nem vagyok benne biztos, hogy azt az egyet is mindenki elvégzi... Persze van amikor az ember a kísérlet elvégzése előtt tudja, hogy minek kell kijönnie, mert van amikor lehet tudni, hogy minek kell kijönnie. Egy kolléga aranyköpése: "kész van, csak meg kell csinálni" :-)

  A cikkekben közöl ábrák esetében gyakori, hogy "legjobb eredmény" vagy "legjobb felvétel" helyett az ember VÉLETLENÜL "tipikus eredmény"-t ír. Azt gondolom, hogy aki kicsit is komolyabban foglalkozik kutatással, ezekkel a tényekkel tisztában van. Ha az ember ismeri az adott tudományterület (és itt nagyon szűk területekről beszélek) szakirodalmát, az a kísérlet leírásából tudja, hogy ha nem is "tipikus" ábrát lát, de sikerült az eredményt kihozni, és a jelenség leírása nagy valószínűséggel helyes. Ezek az apró csalások, vagy csúsztatások inkább a kezdőkkel szemben tekinthetők kiszúrásnak. Nem kívánok most a tudományetikába belefolyni, talán majd máskor.

   Vessünk egy pillantást a már emlegetett ranglétrára! Talán nem csak az én munkahelyem működik totálisan feudalista és rangelvű rendszer szerint. Nálunk az orvosi végzettségű (vigyázat, szubjektív vélemény, és van kivétel!) egy magasabb értéket képviselő ember, mint aki nem orvos. Láttam intézeti tablót, ahol felül vannak a fejesek, alattuk a kisebb rangúak, alul az éppen végzett orvosok, és legalul az "egyéb diplomások", köztük professzorokkal. Úgy tűnik, az orvosprofesszor a legmagasabb rang, és a vegyész, fizikus vagy biológus professzor az orvosdoktor (ez mondjuk egy puskázós, kettessel éppen végzett huszonegynéhány éves valaki) alatt van. Szerintem ez azért egy picit torz. Persze ha mindenki elfogadja ezeket a szabályokat, akkor nem lázadok. :-)  Én nem tartozom a felsőbb kategóriába... :-)

   A rendszer annyira foglalkoztatott, hogy sokat gondolkodtam azon, hogy a fehér köpenyekhez tartozhatna valami kis színes jelzés, mint a rangok a sci-fikben, amiből tudhatom, hogy ha megyek mondjuk a menzára, hogy ki orvos és ki nem (nehogy véletlen egy - buzi - orvosfióka előtt menjek be az ajtón). Igazából az egész még korábban kezdődött. Még 2. v. 3. éves egyetemista voltam, mikor összefüggést fedeztem fel az emberek rangja, és a köpenyzsebben található íróeszközök száma között. Akkoriban max egy toll volt a zsebembe tűzve, vagy esetleg még egy alkoholos filc. Az orvos rezidensek (aki már általános orvosit végzett, "dr." lett, de még marad szakvizsgázni) már 3-4 íróeszközzel nyomták. Magasabb rangúaknál egyre több volt.

   Adalék, hogy néhány embernek csipesz is van a zsebében (anatómus vagy sebész?), vagy vegyszerkanál (az csak valami "büdös" vegyész lehet). Ja, a legocsmányabbnak a sztetoszkóposokat tartom. Nem hiszem el, hogy kényelmes azzal a nyakunkban mászkálni, és pláne nem hiszem el, hogy ebédnél nem zavar (frankón a levesbe lóghat a leülés elején történő enyhe lehajláskor...). 96%-ban biztos vagyok benne, hogy ez is "rangjelzés". Ha a fülébe dugja a birtokos, ujjal picit pöccintsétek meg a membránját, ha tehetitek! :-) :-) :-)

   A következő a névtábla. Van akinek kincstári, vagy valami egyszerű. Van aki készíttet magának kis aranyozott névtáblát, és azt tűzi magára. Nekem is van, egyszer szétosztották a laborban, hogy mindenkinek legyen, mert ellenőrzés lesz. :-) Nem hordom, csak majd ha professzor leszek. :-)

   Az orvos a fogorvost is alacsonyabb rangúnak tekinti. Sorolhatnám még a dolgokat, de visszatérek a lényegre. Ráérős időmben párhuzamot kerestem a katonai rendfokozatok és egy ilyen intézet rangjai között. Nem került sok fáradságba felállítani egy hasonló rendszert:

 

 KatonaságEgyetem
Rendfokozat nélkül
Honvéd
Hallgató (Bsc.)
Tisztesek
Őrvezető
Hallgató (Msc.)
 
Tizedes
Abszolutoriumot szerzett
 
Szakaszvezető
Diplomás
Tiszthelyettesek
Őrmester
PhD hallgató
 
Törzsőrmester
Doktorjelölt
 
Főtörzsőrmester
Doktor (kisdoktori)
Zászlósok
Zászlós
Egyetemi tanársegéd
 
Törzszászlós
Tudományos segédmunkatárs
 
Főtörzszászlós
Tudományos munkatárs
Tisztek
Hadnagy
Adjunktus
 
Főhadnagy
Docens
 
Százados
Professzor (nagydoktor)
Főtisztek
Őrnagy
Tanszékvezető/igazgató
 
Alezredes
Tanszékcsoport vezető
 
Ezredes
MTA doktora
Tábornokok
Dandártábornok
Egyéb (nagyobb) szervezeti egység vezető
 
Vezérőrnagy
Dékán
 
Altábornagy
Centrumelnök
 
Vezérezredes
Rektor

 

   A rendszer azért - természetesen - nem tökéletes, van, hogy valaki tanszékvezető, de nem professzor, tehát a valóságban ezek a rangok néha összefolynak. Mindenesetre a rangjelzések használatát mindenképp javasolnám, ne vágja el az életét a szerencsétlen másodéves Bsc.-s azzal, hogy másnaposan fellöki az ajtóban az egyik docenst (aki esetleg egy év múlva tanítani fogja), csak mert nem volt rajta rangjelzés...

 

Címkék: kutatás rendfokozat dnsafazekban tudományos folyóirat sejtkultura

Szólj hozzá!

Sejttenyésztés

VasMacska 2011.03.15. 11:28

   Az írásokban említett módszerek bemutatása elkezdődik. Elsőként talán az általam (és sokak mások által is) leggyakrabban használt módszerről írnék, ez a sejttenyésztés.

   Mikor valamit vizsgálunk, a legjobb lenne mindent embereken tesztelni. Mivel a tesztek kimenetele általában bizonytalan, vagy gyakran arra vagyunk kíváncsiak, hogy egy károsító hatás hogyan működik, azt nyilván nem célszerű így vizsgálni (bár voltak nem szívbajos "kutatók" pl. a II. világháborúban...). A teszteket elsőként sejttenyészeteken szokás kezdeni. Ezek viszonylag olcsón előállítható vagy megvásárolható objektumok. Egyben modellek is. Azaz várhatóan úgy viselkednek, vagy legalábbis hasonlóan, mint azt a testünkben is teszik. Nyilván nem teljesen ugyanúgy, egy műanyag edényben növő sejtek nem viselkednek úgy, mint az emberi test. Ezekben a rendszerekben a sejtek lehetőleg semmilyen hatásnak nincsenek kitéve, pontosan tudjuk szabályozni, hogy mi történjen, és mi ne. Ettől lesz a kísérleti rendszerünk "tökéletes", zavaró hatásoktól mentes. Ez egyben a hátránya is; egy sejttenyészet, és a testben élő sejtek, melyek szöveti kötelékben vannak, "elégedettségük" a test használójától függ, ezek a sejtek kommunikálnak más sejtekkel, esetleg távolabbi szervekkel, és az ideg-és hormonrendszer irányítása alatt állnak. A sejteken megfigyelt jelenségek tehát nem vehetők készpénznek. Ezért a kísérletek általában a következő szinteken zajlanak: sejttenyészeten, kísérleti állatokon, emberen.

   Itt tennék egy kellemetlen megjegyzést a "sötétzöldeknek": fejlesszünk egy gyógyszert! A sötétzöldek ugye folyamatosan tiltakoznak az állatkísérletek ellen. A kutató elvégzi a teszteket sejttenyészeten, az jön ki, hogy az anyag csodálatosan hat. Mehet a gyógyszertárba? A fentebb leírtaknak megfelelően a sejttenyészet esetében eldől, hogy a tesztelt gyógyszer-hatóanyag beválik (pl. gátolta a daganat-sejttenyészet növekedését, vagy nem hatott, vagy brutálisan pusztított, még egészséges sejteket is). Ezt állatkísérletek követik. Természetesen nem úgy, hogy fogunk egy elefántot az utcáról, beadjuk neki a cuccot, és nézzük, mi történik. Állatházakban tenyésztett kísérleti állatokon végezzük a vizsgálatokat. Az állatok kifejezetten erre a célra vannak tartva, esetleg a kísérletnek megfelelően előkészítve (igen szigorú szabályozás mellett). És itt kiderülhet, hogy mondjuk a tesztelt anyag valóban védi  pl. a tüdőt a baciktól, de mellette igencsak nyírja a májat, vagy magas vérnyomást okoz. És ez a sejttenyészeten nem derült ki. Tehát, kedves Zöld, te bevennéd azt a gyógyszert, amit állatokon nem teszteltek? Ha már itt tartunk, írnom kell majd az állatkísérletekről is, de térjünk vissza a sejtekhez.

   Mire van szükségünk? Sejtekre, ezeket szerezhetjük magunk, vagy meg is vásárolhatjuk. A sejtek számára biztosítani kell azokat (legalábbis merőben hasonló) a körülményeket, melyek közt "természetes élőhelyükön", azaz a test valamely szervében élnek. Erre megfelelően összeállított oldatot alkalmazunk. Az oldat tartalmaz a sejtek számára szükséges tápanyagokat is. Ezt az oldatot nevezzük médiumnak. Tartalmaz puffert, mely az oldat pH-ját képes bizonyos határok közt fixen tartani, esetleg a pH-t mutató indikátor-festéket, kaját (praktikusan cukor), aminosavakat (fehérjék építőkövei), és ún. növekedési faktorokat (olyan kis molekulák, melyek a sejtek életben maradásához, növekedéséhez szükségesek), esetleg a fertőződések elkerüléséhez antibiotikum-antimikotikum (baci és gomba ellen) keveréket. A sejteket inkubátorban tartjuk, mely megfelelő hőmérsékletet és páratartalmat biztosít. Nagyjából ennyi, a valóságban ez persze bonyolultabb.

    Fontos, hogy mivel ezeket a médiumokat a bacik és gombák is szeretik, és a sejteket vírusok támadhatják meg, steril körülmények közt kell dolgoznunk. Ebben van segítségünkre a steril box. Ez egy olyan szekrény-szerűség, melynek a belsejét ki lehet fertőtleníteni, és csak egy ablakon lehet benyúlni. Az ablaknál egy "légfüggönyt" képez a gép. Ez egy gyorsan lefelé áramló "levegősáv', mint egy kb. 10-20 cm-es sávban erősen lefelé fújó szél. Így a boxba se be, sem abból ki nem juthatnak pici dolgok.

   Tehát, megjött a sejt (kérhetünk egy kollégától is), bekapcsoljuk a boxot, kitakarítjuk, bemosakodunk, betesszük a sejteket, az előmelegített médiumot (ált. 37°C), és egy tenyésztőedényt. Ez lehet Petri-csésze, flaska, különböző tenyésztőlemezek, vagy egyéb spéci dolog. Minden steril. A sejteket összekeverjük a médiummal, az edényt lezárjuk, be az inkubátorba, kész. Ha a sejtek elfogyasztották a médium tápanyagtartalmát, lecseréljük a médiumot. Ha telenőtték a tenyészfelületet, új edényekbe osztjuk szét őket (ezt nevezzük passzálásnak).

   Alapvetően kétféle sejttenyészet van: szuszpenziós, mely a médiumban úszkál mindenhol, ilyenek pl. a vér sejtjei; és adherens, vagy letapadó. Ezek a tenyésztőedény felületére tapadnak le. Ha nem tudnak letapadni, elpusztulnak. Ha egy rétegben telenőtték a felületet, a növekedésük megáll, elpusztulnak.

   Úszkáló sejtek passzálása: a médiumot kipipettázzuk az edényből (benne a sejtekkel), centrifugálással a sejteket a cső aljára gyűjtjük, a régi médiumot eldobjuk, újat adunk hozzá (többet mint volt), és több edénybe pipettázzuk, ahol tovább nőhetnek. Letapadó sejtek esetén annyival bonyolódik a dolog, hogy a sejteket fel kell szedni az edény felületéről. Sokszor igaz biológiai kutatásoknál, hogy ha nincs késed, használj enzimet! Egy tripszin nevű fehérje-emésztő enzimmel el lehet vágni azokat a fehérjéket amikkel a sejtek kapaszkodnak a felülethez (a sejtek károsodása nélkül), és innentől kezdve a sejtek (bizonyos ideig) "úszkáló"-ként viselkednek, kipipettázzuk, centrifugálással összegyűjtjük, új médium, új edények, pár óra alatt ismét letapadnak és nőnek.

   Nem is nagy dolog, ugye?

   "Level 2", ha nem vásárolunk, és nem kunyerálunk sejtet, hanem magunk indítunk egy tenyészetet. Ez sem nagy ördöngősség, de picit több dolog kell hozzá. Kiindulási alapunk egy élőlényből eltávolított (szövet-) darabka, lehetőleg minél frissebb (még éljenek benne a sejtek). Ez lehet kihúzott szőrszál, műtéti hulladék, biopszia (pici mesterségesen eltávolított szövetminta), vér, meredekebb esetekben embrió, vagy ami éppen kell. Ebből - a szövet tulajdonságainak függvényében - ismét enzimek segítségével kiszabadítjuk a sejteket a szöveti kötelékből, elszakítjuk őket egymástól, majd médiummal tenyésztőedénybe pakoljuk, és várunk. Ha jól dolgoztunk, pár nap alatt a sejtek osztódni kezdenek, és örülhetünk a tenyészetünknek.

   Az élettartamunk korlátozott, mert a sejtek élettartama korlátozott, ebből következően a sejteket nem lehet a végtelenségig szaporítani, a tenyészet idővel elöregszik majd elpusztul. Fiatal szervezet sejtjeiből jobb tenyészet indítható. Daganatosan transzformált sejtek ("ráksejtek") esetében más a helyzet velük pont az a gond, hogy a természetes elöregedésük nem történik meg, folyamatos osztódásra képesek, tenyészetben bármeddig fenntarthatók. A legismertebb ilyen sejt(vonal) talán a HeLa sejt, egy Henrietta Lacks nevű hölgy méhnyakrák sejtjeiből indították sok sok éve (1951), azóta szinte az egész világon mindenhol használják. Az ilyen daganatos sejtek kedvelt kísérleti objektumok. Sokan vizsgálják, jól karakterizálták (leírták, hogy milyen, hogy viselkedik, stb.), olcsón és gyorsan szaporítható, megvásárolható. Hátránya, hogy daganatos sejt, tehát nem feltétlenül úgy válaszol egy hatásra, ahogy egy "normális" sejt, de méhnyakrák tanulmányozására feltehetően kiváló. Azokat a sejttenyészeteket hívjuk sejtvonalnak, melyek bármeddig fenntarthatók. Ilyenek tehát a daganatsejtek, de laboratoriumi körülmények közt is elő lehet állítani ilyen sejteket.Ezek célja szintén az, hogy olcsón sok sejtet állíthassunk elő, melyek valamilyen szinten "szabványosak", így a világ különböző laboratoriumainak eredményei többé-kevésbé összehasonlíthatók.

   A témához kapcsolódik még a sejtek fagyasztása. Ez akkor praktikus, ha a sejteket későbbre el akarjuk tenni (mert éppen sok van, és nem tudjuk felhasználni, vagy biztonsági tartalékra van szükség). A procedura folyamán a sejteket tenyésztőmédium, szérum (a vér folyékony, azaz nem sejtes része; általában marhaszérumot használunk) és DMSO (dimetil-szulfoxid) elegyébe tesszük, majd lassan lefagyasztjuk -70 v. -194°C-ra. A médium azért kell, mert a sejtek fagyasztva is élnek, táplálkoznak, de nagyon lassan; a szérum fontos anyagokat tartalmaz a sejtek számára, általában a tenyésztőmédium is tartalmaz szérumot, a DMSO pedig véd a fagyasztáskor képződő jégkristályoktól. A sejteket igen vékony kettős zsírrétegból álló hártya borítja (egy dupla zsírmolekulás réteg benne fehérjékkel), melyet a jégkristályok könnyen felszakítanak. Ezért kell lassan fagyasztani, így nem képződnek "durva" jégkristályok, a DMSO pedig a sejtek határolóhártyáját védi. A sejtek ezután folyékony nitrogénben hosszú ideig tárolhatók. A felolvasztás fordítva történik, nagyon gyorsan végezzük, majd a sejteket rögtön friss médiummal látjuk el.

   Sejtszámolás: mivel a sejtek mennyiségének növelése rövidíti az időt, ami alatt kikajálják a tápanyagokat a médiumból, illetve azt az időt, ami alatt (a letapadó sejtek) a rendelkezésükre álló tenyészfelületet telenövik (és még sok más okból), nem árt tudni, hogy épp mennyi sejttel rendelkezünk. A munkát megkönnyíti, ha vannak már tapasztalataink e téren. Például tudjuk, hogy ha lerakunk 75 négyzet-cm felületre 75x 5000 db sejtet, akkor a flaskát 10 nap alatt növik tele. Ezért érdemes a sejteket rendszeresen számolni. Számolással megtudható az is, hogy egy hatás következtében a sejtek jobban szaporodtak, vagy pusztultak. Még jobb, ha a számolás során el tudjuk különíteni az élő és holt sejteket.

   A számolás lényege, hogy a sejtszuszpenzióból (az az oldat, amiben a sejtek a lehető legegyenletesebben vannak eloszlatva) egy kis mintát veszünk, abban meghatározzuk a sejtszámot, és az így kapott értékből következtetünk a teljes mennyiségre.

   A meghatározáshoz - a mikroszkóp mellett - egy segédeszközt használunk, ez a Bürker-kamra. Ez egy olyan speciális tárgylemez (tárgylemez az az üveglemez, amire a mikroszkóppal vizsgálandó dolgot tesszük, egy szimpla (v. nagyon spéci) üveglap), amibe egy négyzetháló, vagy négyzetháló-rendszer van karcolva. Különlegessége még, hogy ha fedőlemezt teszünk rá (fedőlemez az a nagyon vékony másik üveglap, amit a tárgylemezen levő vizsgálandó dologra teszünk; véd a kiszáradástól és mechanikai érüléstől), az 0,1 mm-re lesz a bekarcolt rácstól. Hogy egyszerűbb legyen, itt egy kép. Eddig a kezdő sejtszámolónak is világos szokott lenni. Itt kezdődik a kavarás, bonyolódás. Sok módszerrel lehet számolni, mindenki másra esküszik, szerintem a következő a legegyszerűbb:

Kiveszünk egy egység sejtet, összekeverjük egy egység 0,4%-os tripánkék festékkel (ez a festék az elpusztult sejteket sötétkékre festi, az élőket nem festi; pár perc múlva azonban azokat is, mert megdöglenek, mert a tripánkék mérgező), majd ebből a Bürker-kamra és fedőlemez közé pipettázunk annyit, hogy a folyadék szétfusson a két üveglemez között.

A klasszikus Bürker-kamrán több oldalhosszúságú négyzet is van (ld. kép), mindegy, melyiket használjuk a számolásra, de következetesen és átgondoltan kell csinálni. A helytelen számolás félrevezetőbb mint ha nem számolnánk.

 

 

   Én a 0,2 mm oldalhosszúságú négyzetekből számolom össze (a fenti képen a közepes méretűek; a mikroszkópos képen a megvilágítás elég "ferde" lett...), hogy 25 ilyen négyzetben hány sejt van összesen. A 25-öt is úgy, hogy a két átlót, plusz egyet, ez 25. Így nem folyik ki a szemem, és ha a két átlóban összeadott sejtszám közel egyezik, az pedig utal arra, hogy a sejtek valóban egyenletesen el voltak oszlatva (ez is nagyon fontos; mivel mindjárt egy nagy számmal szorzunk, a kis hiba óriásira nő).

   Akkor a matek része: egy ilyen 0,2 mm oldalhosszúságú négyzet területe 0,04 négyzet mm, mivel a fedőlemez 0,1 mm-rel van feljebb a rácstól, a térfogat 0,004 köb mm lesz. Ebből számoltunk 25 db-ot, összesen tehát azt néztük meg, hogy 0,1 köbmilliméter (azaz 0,1 mikroliter) folyadékban mennyi sejtünk van. Ha ezt szorozzuk 10.000-rel, megvan, hogy egy milliliterben mennyi a sejtünk. Végül az egészet szorozzuk kettővel, mert tripánkékkel az elején felére hígítottuk a mintát.

   Egyszerűen tehát: 1:1 hígítás tripánkékkel, 25 0,2mm négyzetben a festetlen sejteket összeszámoljuk, eredménye "n". A sejtszám 1 mL-ben pedig: nx2x10000 db.

   Összefoglalás helyett annyit, hogy ez mind szép és jó, de a sejtek sokszor nem kooperatívak. Ha sürget az idő, lassan nőnek, néha gyorsabban mint vártuk (általában a saját indítások viselkednek kiszámíthatatlanul), néha a legnagyobb körültekintés ellenére is befertőződnek, vagy elpusztulnak. Néha egy mérgező anyag hatására a növekedésük gyorsul (érdemes a méreg címkéjét megmutatni a sejteknek!). Persze olyan is van, hogy azt hiszi az ember, hogy hétfő reggelre tuti éhen halnak, ezért bemegyünk vasárnap este, és semmi bajuk (de csak mert bementünk). Ki kell őket ismerni, és szeretni kell őket. Jó móka ez! :-)

   Végül elnézést kérek az "összelopkodott" képekért, igyekszem mihamarabb saját anyaggal demonstrálni az eszközöket.

 

Vizuálisoknak (sajnos használható demostrációkat csak angol nyelven találni):

Streil munka:


A sejtek passzálása (a hölgy köpenyének ujja belóg a steril boxba, ez elvileg szabálytalan, mivel annak tisztasága nem biztosítható; jobb rövid ujjú ingben dolgozni "bemosakodás" után), Bürker-kamra, sejtszámolás (letapadó és szuszpenziós sejtekkel):

Címkék: kutatás dnsafazekban sejtkultura

2 komment

Hosszú hétvége

VasMacska 2011.03.14. 23:12

   A hosszú hétvége azért jó, mert ha be kell mennie az embernek dolgoznia, többé-kevésbé élvezheti a nyugodt, békés munka ízét, anélkül, hogy valaki beleszólna. Ez természetesen azt is magában rejti, hogy ha segítségre van szükség, az nincs. Ha csak nem találunk még egy elvetemültet, aki bejött dolgozni. Vagy a munkája bekényszerítette.

   No, mi is történt? Csütörtökön és pénteken sejtek lettek leoltva további vizsgálatokra. A tervezésnél figyelembe kellett venni, hogy vasárnap nem érek rá, mert végre az igen kedvelt hobbymmal foglalkoztam. És ezúttal ebből nem engedtem. A sejtek egy részét szombaton elláttam, ekkor kezdődött az I61 kezelés, melynek időtartama 48 óra, tehát ma kellett legközelebb bemenni. Ez volt a csütörtöki leoltás. A péntekit ma vettem elő, ezeket a sejteket szimpla SR-nek tettem ki, több dózisban. Mindkét kísérlet korábbi vizsgálatok ismétlése. (I61 és SR magyarázata)

   Egy kísérlet nem kísérlet, egy eredmény nem eredmény, pláne, ha a kapott eredmények nem tetszenek, nem azt mutatják, amit várunk, vagy feltehetően a kísérletbe hiba csúszott. Általában, ha háromszor nagyjából ugyanaz jön ki, az eredményt elfogadjuk.

   Itt tennék is egy kitérőt az orvosi vizsgálatok pontosságáról ill. megbízhatóságáról. Ez természetesen nem általánosítható, nem igaz egy rtg. felvételre, vagy durva elváltozás kimutatására. De nézzünk egy vérnyomásmérést! Elmegyünk az orvoshoz, megméri, jó, alacsony vagy magas, felírják, ez van. Vagy vérévétel, glükóz (szőlőcukor, vércukor) mérés. Kijött az eredmény, azt könyveljük el.

   Valaki elmegy az orvoshoz. Ezt általában senki sem egészségesen teszi. Izgul, ideges. Megmérik a vérnyomását, milyen lesz? Magas... Van akinek a fehér köpeny láttán felmegy a vérnyomása (nekem is, de nekem másért... Mondjuk fogorvosnál már majdnem haltam meg pszichés alapon.). Tehát maga a vizsgálat befolyásolja az eredményt. Vércukor-szint; normál értéke 4,5-5,4 mM/L (milliMol egy liter vérben, azaz 0,81-0,92 gramm cukor 1 liter vérben; az optimális értékek is változnak, van aki szerint normálérték 3,3-6,1 mM/L). A vizsgálatot éhgyomorra kell végezni (semmi nem fogyasztunk előtte 6 órán át). Ha megiszunk egy kávét, az máris emelni fog. Láttam 11 feletti vércukorszintet is, élő emberen (szőlőcukor-fogyasztás után), ez teljesen természetes. Tehát, ezek az eredmények nem igazi eredmények, ezeket ismételném 3-5-ször, és vagy ezek átlagát könyvelném el, vagy valamiféle statisztikát készítenék. De kinek van erre ideje, és/vagy pénze? Ennyi erről. :-)

   Tehát korábbi kísérleteket ismétlek. Biológiai rendszerben általános, hogy kétszer megcsináljuk ugyanazt, és nem ugyanaz jön ki. Ha nagyon eltérőek az eredmények, az gyanús. Ha nagyjából hasonlóak, elfogadjuk (és reméljük, hogy nem véletlenül, vagy módszertani hiba miatt lettek hasonlóak).

   A cinkes a mostani kísérletekben, hogy nem ugyanúgy végzem őket, mint korábban; a sejtek egy nappal tovább nőnek, mint szoktak. Természetesen vittem fel a lemezekre kontrollokat, melyek az ebből következő hibákat hivatottak demonstrálni. A mai (első) mérés szerint, bár a sejtek jobban nőttek, mint vártam, a kísérlet időtartama alatt nem fogják "túlnőni" magukat. (Ha mégis, ezt az értékelésnél majd figyelembe veszem).

   Azt hiszem, itt az ideje, hogy írjak egy bejegyzést a sejttenyésztésről. Bizonyára néhány Olvasó számára fantasztikusan hangzik, a következő írásból kiderül, hogy nem az. Csak egy szövetdarab, egy megfelelő labor, megfelelő vegyszerek, és némi szerencse kell hozzá. Tapasztalat nem árt, de nem elengedhetetlen.

Címkék: kutatás dnsafazekban sejtkultura

Szólj hozzá!

Scientometria

VasMacska 2011.03.11. 00:57

 

Miért kutat egy kutató?

   Miért? Azért, hogy az autók és repülőgépek gyorsabbak és biztonságosabbak legyenek, hogy gyógyíthatatlan betegségek gyógyíthatóvá váljanak, hogy megismerjük a történelmünket (?),  az agyonlakott Földön növelhessük a gabona-és hústermelést, a várható életkort hosszabbítsuk és a béke megőrzése érdekében egyre pusztítóbb fegyvereket fejleszthessünk ki. Ez így jó?

   Vagy azért, mert valakinek ez a munkája, mert ez tetszett meg neki, és mivel a kutató is fizetésből élő melós, akinek dolgoznia kell, elkerülhetetlen, hogy néha fel is fedezzen valami hasznosat. Belefér.

   Vagy azért, mert egy gyógyszergyár sokat fizet azért, hogy kimutassák, a készítmény fantasztikus eredményekre képes. Megint csak pénzért, de itt a cél is adott.

   Vagy azért, mert a nagy felfedezések májat hizlaló elismeréssel és kitüntetett figyelemmel járnak. Tehát hírnévért.

   Én nem tudom, de valószínűleg minden itt felsorolt benne lehet. Meg még más is. Feltehetően egyénenként változik. A pénz nyilván senkinek nem jön rosszul, sokan biztos vágynak az elismerésre, és sokakat (optimális esetben) valóban a tudásszomj és megismerés vágya hajt.

  Még azért tudok egy okot. Ez a "publikációs kényszer". Vázlatosan a kutatás, vagy inkább egy kutatás úgy működik, hogy valaki megfigyel valamit, és nem tudja - rögtön - magyarázni. Első lépésben utána kell olvasni, hátha leírta már valaki, hogy mi is áll a jelenség hátterében. A dőlten kiemelt részre hamarosan visszatérünk. Tehát utána kell nézni egy könyvben, lexikonban, könyvtárban vagy egy tudományos folyóiratban. A kutatók többsége rendszerint ezzel kezdi. És itt kezdődik az "ördögi kör".

   Ha nincs meg a válasz, általában felállít az ember a már ismert dolgok alapján egy hipotézist, hogy ez a dolog valószínűleg így meg így működik. Aztán kísérleteket végez, hogy megpróbálja reprodukálni a megfigyelt jelenséget. Gyakori a modellek alkalmazása, amik a valóság lebutított változatai. A mikéntről majd talán máskor, kezdek eltérni az eredeti témától. :-). A lényeg, hogy a végén kiderül, hogy a megfigyelt jelenség mitől van, hogy működik (a felállított hipotézis beigazolódik, vagy nem). Ezzel azonban még nincs vége a történetnek.

   Az eredményeket a kutatók publikálják, leggyakrabban tudományos folyóiratok hasábjain. Milyen jó arcok, nem? Mert így a munka eredménye közkinccsé válik, ha valaki ismét megfigyeli a kérdéses jelenséget, és utánaolvas, már meg is lesz a megoldás. Vagy ha valaki valami hasonlót tapasztal, a leírt eredmények támpontot adhatnak a vizsgálódáshoz.

   Nem jófejségből teszi a kutató, legalábbis nem csak.

   Fontos a továbbiak megértése szempontjából tudni, hogy egy ilyen folyóiratban ha állítunk valamit, és az nem a mi kutatásunkból származó eredményen alapul, akkor meg kell adni a forrást, azaz, hogy honnan vettük az információt. Tehát meredek ötlet lenne megpróbálni egy semmiből kapott ötletet publikálni. Mikor leírom, hogy a korom fekete, megadom, hogy ezt ki, mikor és hol publikálta már. Ezzel biztosítható, hogy a tudomány csak a tudományos közélet által már elfogadott "tényekre" alapszik.

 

   Ki a nagyobb tudós? Mi alapján lehet eldönteni, hogy a C-vitamin felfedezője, vagy a relativitás-elmélet kidolgozója volt nagyobb? Ennek a kérdésnek a megválaszolására egy mérőrendszert alakított ki a tudós társaság, egymást számokkal lehet jellemezni.

   Egy kedves professzor tanított a következőre a kutatói pályám kezdetén (most sem vagyok messzebb tőle... :-)): "mindent mérni; ami nem mérhető, azt mérhetővé tenni". És ez milyen igaz! A tudomány nyelve a matematika. A színeket is számokkal jellemezzük.

   És hogyan lehet mérni a kutatókat? Ez már keményebb kérdés. A rendszer kiforratlan, igazából jelenleg úgy tűnik, egy átmeneti időszakban vagyunk, több mérési rendszer keveredik. A scientometria tudománya foglalkozik ezzel, azaz "tudománymérés" (ha valaki most azt mondja, ez őrület, nem mondom, hogy nincs igaza; de nem jól hangzik: én egy tudományméréssel foglalkozó tudós vagyok!).

   Egy elfogadott rendszer az ún. "impakt faktor" alapján méri a tudományos élet résztvevőit. A lényege nagyjából, hogy annál nagyobb valakinek az impakt faktora, minél színvonalasabb tudományos folyóiratban jelentek meg a publikációi. Tehát a folyóirat szerkesztősége eldönti, hogy a hozzájuk beküldött cikket leközlik-e (megjelenik-e nyomtatásban), vagy azt mondják a munkára, hogy jó ez, de gyenge.

   Az impakt faktor tehát folyóiratonként változik, az alapján számítják, hogy a folyóirat cikkeinek mekkora volt az idézettsége az elmúlt 2 évben (ennél picit bonyolultabb igazából). Az idézettség azt adja meg, hogy a folyóiratban az elmúlt 2 évben megjelent publikációkra, illetve az azokban közölt eredményekre hányan hivatkoztak. Egy publikált felfedezés természetesen minél értékesebb, annál többen hivatkoznak rá. Vagy éppen a téma mennyire felkapott. Ezek a számok azt hiszem, korrekt módon jelzik egy-egy mű tudományos értékét. A rák- vagy őssejtkutatás ma népszerűbb, mint a fakéreg szerkezetének kutatása.

  A szerző (tudós) impakt faktora pedig nem más, mint az általa publikált cikkek impakt faktorainak az összege. Ez így jó? Kérdéses. Az impakt faktor ugyanis a folyóiratot jellemző szám, nem a kutató munkáját minősíti. Igaz, hogy egy magasabb impakt faktorral rendelkező lapban gagyit publikálni nehéz, de azért a dolog mégsem teljesen korrekt. Vannak akik igazi impakt faktor-vadászok. Akinek sikerül a munkáiból származó eredményeket cikkek formájában jó impakttal rendelkező lapban "elsütni". Ám mivel az eredményei (bár valódiságuk megkérdőjelezhetetlen) senkit sem érdekelnek, nem fogják idézni, nem hivatkoznak rá. Ezek a szerzők tulajdonképpen rontják az adott folyóirat impakt faktorát, hiszen a lap idézettségének átlaga ezzel csökkenni fog! (Talán a folyóiratok kezdték az áttérést az impakt faktorról más mérőrendszerre?)

   Egy másik fontos paraméter a citációs index, azaz az adott kutató munkáját mennyire idézi a többi kutató. Ha felfedezzük, hogy a fenekünk gömbded, és sikerül publikálnunk, nem nagyon fogják idézni az eredményeinket, talán néhány művészeti anatómus. De ha felfedezzük, hogy van a Marson folyékony víz, feltehetően nagyon sok űr/életkutató hivatkozna a munkájában az miénkre. Ilyen lehetett, mikor Watson és Crick leírta a DNS szerkezetét, azt biztosan rengetegen idézték. Ezzel tehát úgy tűnik, hogy korrektebb mérőszámunk van, a nagy (vagy egy-egy tudományterületen áttörő) felfedezések szerzői óriási idézettségnek örvendhetnek.

   De a kutató is ember, és próbál csalni össze-vissza. Vannak szerzők, akik úgy növelik az idézettségüket, hogy folyamatosan egymást idézgetik. (Saját magát nem idézheti az ember, illetve idézheti, de az nem számít bele a citációs indexbe, csak az ún. "független" hivatkozások). Egy nemzetközi folyóirat szerkesztősége honnan tudhatja, hogy akit idézünk, a szomszéd asztalnál ül?

   H-index: egy Hirsch nevű kutatónak (azt hiszem, fizikus) alacsony volt az impaktja, de úgy érezte, hogy több elismerést érdemel. Jó erdményei voltak, sokan idézték, de csak alacsonyabb impakt faktorral rendelkező lapokban tudott publikálni. Ezért kidolgozott egy új rendszert, ennek eredménye a h-index. A lényegét egy példával tudnám érzékeltetni. Ha a h-indexem 34, az azt jelenti, hogy van 34 olyan publikációm, amit legalább 34-szer idéztek. Ha a h-indexem 2, akkor 2 cikkem van, amit legalább ketten idéztek. Nyilván, az első a jobb. Ha van 5000 cikkem, magas impakt faktorral, de senki sem idézte (mert lényegtelen marhaság), a h-indexem 0. Persze olyan is lehet, hogy a h-indexem 2, az egyik cikkemet egy kutató használta, a másikat viszont lehet, hogy 8753. Tehát ez a rendszer is torzít.

   Egy másik hátránya ezeknek a rendszereknek, hogy lassúak, azaz kell pár év, mire a mérőszám tükrözi azt, amit letettünk az asztalra. Ezeken kívül további mérőrendszerek is kialakultak, mindenféle bonyolult matematikai/statisztikai művelettel, mint említettem, jelenleg kialakulóban van, hogy mi a tuti rendszer.

   De ez az egész nem csak arról szól, hogy tudósok a kocsmában azzal arcoskodjanak, hogy kinek mennyi az impakt-faktora vagy h-indexe. Ha valaki tudományos fokozatot akar szerezni, az impakt-faktorhoz van (lehet) kötve. Ha az ember kutatási pénzt pályázna, akkor rákérdezhetnek a "számokra" is (a semmire én sem adnék pénzt). Egy-egy egész intézet, vagy egyetem is minősíthető az onnan származó összes publikáció (vagy szerző) minősítése alapján. Pénzosztáskor ezt figyelembe is veszik. Van ahol az embernek az állásáért évente x impaktot össze kell szednie, vagy ki van rúgva.

  Ez most jó vagy rossz? Egy kis pénzű kutatóintézet nagyon nehezen tudja publikációban überelni a hatalmas, pénzzel eleve jól ellátott másik intézetet. A fentiek alapján pedig a sok pénzű fog most még többet kapni. Jó, ha a kisebb intézetek egy idő után megszűnnek? Ha a munkahelyünk megtartásának érdekében kell publikálnunk, nem veszélyezteti ez a publikációnk hitelességét, minőségét?

   Ezekre a kérdésekre már nem próbálok meg válaszolni. Talán majd a scientomertiológusok...

Megnyomom a "Publikál" gombot inkább. :-)

 

Címkék: kutatás idéz dnsafazekban impakt tudományos folyóirat

Szólj hozzá!

HTML-szerkesztés

VasMacska 2011.03.10. 00:47

   Ma elkészült egy leadandó "absztrakt". És egy csomó RNS. Mindig ígérgetem, hogy ezeknek a "bűvös" szavaknak a jelentését elmagyarázom valamikor. Tehát biztos így is van. Ma a blog-oldal kinézetének formázásával vesződtem. Nos, elég sok időbe telt, míg megértettem, hogy ezek a sorok micsodák, meg mit hova írunk, és hogyan. Szerencsére kísérletezéssel ez is tökéletesen megérthető. :-)

   Az alapelvem az volt, hogy a sablonban szereplő számokat (vélhetően) irreálisan megváltoztattam, majd néztem, hogy mi történik. A "szövegeket" a szín átállításával térképeztem fel (magyarán parasztosan). Jó lesz ez így! :-)

   Még meg kell ismerkednem a linkek beillesztésének lehetőségeivel, esetleg videok beillesztésének módjával. A formába öntéshez egyébként szívesen fogadok javaslatokat. (Úgy értem, szabad konkrétan leírni, hogy mit és hová írjak. Ezúton köszönöm a blogolásra biztató barátom hathatós segítségét! :-))

  

Címkék: számítástechnika

Szólj hozzá!

Laza hétvége

VasMacska 2011.03.06. 20:01

Igen, ez a hétvége laza volt. Még nincs ugyan teljesen vége...

   A kutató sokszor pont olyan mint a parasztember. Menne az Görögországba két hétre, vagy ide-oda, de néhánynak ugyan úgy nincs pénze mint a parasztnak, meg nem nagyon tud mozdulni az állatai mellől, mert ki feji meg a feldolgozás alatt álló mintát (különösen, ha az biológiai minta), vagy ki ad enni a sejteknek?

   Aki a ranglétrán magasabban van, az persze mehet, mert rábízza valami alacsonyabb rangúra a piszkos munkát. Mint ahogy a téeszelnök sem gyakran fejt tehenet - gondolom. Nézzünk akkor egy hatalmas felfedezést: mi lehet a közös a paraszt bátyóban és a sejtek működését kutató "nemnormálisban"? Nem nehéz, mindkettő élőlényekkel foglalkozik, az élőlénynek pedig (kivéve ugye a teremtés koronáját), se karácsony, se Szilveszter, se hétvége, az minden nap kér enni, és hajlamos hosszú hétvégén is felügyeletet követelni. (Tehát ha valaki kutatásra adná a fejét, de szereti a hétvégét, vagy kéthetes sítúrákat, azt javaslom, ha teheti, kezdje rögtön valami magas beosztásban, mondjuk mint kutatásvezető, vagy ilyesmi.)

   Ezen a hétvégén csak egy röpke két órás munkám volt. Már ami a "fizikai" részt illeti. A sejteket egy nagyobb edényből szétosztottam több kicsibe, ezeken kezdődnek majd a vizsgálatok. Ha addig nem döglenek meg, mert bizonyos vicces kedvű vizsgálati alanyok ilyet is szoktak. Általában csak akkor, ha nagyon fontos lenne valami, és új adagot beszerezni - legalábbis - körülményes.

   A többi gyerekjáték volt. Itthon végezhető, egyszerű munka. Primitív dolgokat kell csak csinálni, de nagyon sokszor. Nagyon nagyon sokszor. Modern szoftverek segítségével nagyon sok dolgot le lehet egyszerűsíteni, de akármilyen okos is egy számítógép, nem mindig lehet beleverni, hogy pontosan mit is akarok...

  Kérdés az esetleges olvasók felé (eddig nem olvasta senki... :-) Lehet, nem is baj... :-)): A szabályzat szerint - ha jól értettem - nem nagyon kellene itt dolgokat reklámozni. Vajon azt leírhatom, hogy "Excel"? Hupsz, leírtam...

   Na, jó nyomom is tovább. Gondolkodom, mikről kellene írnom. A sejtek tenyésztéséről, a tudományos rendfokozatokról, kutatások menetéről. Az olvasottságom nulla (akkor ezt is minek írom? Reklámot kellene csinálni a blognak? Áá, nem, az milyen már... Mondják, a jó bornak nem kell cégér.) Várok.

Címkék: kutatás rendfokozat sejtkultura

Szólj hozzá!